| 摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-12页 |
| ·隐马氏模型的研究现状与发展趋势 | 第7-8页 |
| ·生物信息学的基本知识 | 第8-11页 |
| ·生物信息学的发展背景与简介 | 第8-9页 |
| ·生物信息学的主要研究内容 | 第9-11页 |
| ·本文的主要内容和创新点 | 第11-12页 |
| 第二章 隐马尔科夫模型的基本理论知识及其相应算法 | 第12-31页 |
| ·HMM基本原理 | 第12-20页 |
| ·马尔可夫链 | 第12-13页 |
| ·HMM模型 | 第13-20页 |
| ·HMM的基本类型 | 第20-21页 |
| ·HMM模型的基本问题以及相应的算法 | 第21-31页 |
| ·HMM的三个基本问题 | 第21-22页 |
| ·HMM的算法 | 第22-31页 |
| 第三章 隐马尔可夫模型在生物信息学中的应用 | 第31-39页 |
| ·引言 | 第31页 |
| ·隐马氏模型在生物序列比对中的应用 | 第31-36页 |
| ·生物序列比对的意义及概念 | 第31-33页 |
| ·生物序列多重比对的隐马尔可夫模型 | 第33-35页 |
| ·生物序列观察概率的计算:前向-后向算法 | 第35页 |
| ·生物序列多重比对的隐马氏模型的参数估计 | 第35-36页 |
| ·CpG岛位置判别 | 第36-39页 |
| 第四章 对传统隐马氏过程算法的改进与推广 | 第39-48页 |
| ·对传统隐马氏过程前向—后向算法的改进与推广 | 第39-44页 |
| ·状态序列为二阶时的前向—后向算法 | 第39-41页 |
| ·状态序列为三阶时的前向—后向算法 | 第41-43页 |
| ·一般情况下，前向—后向算法的推导 | 第43-44页 |
| ·对Viterbi算法的推广 | 第44-45页 |
| ·对训练问题的算法—Baum-Welch算法的推广 | 第45-48页 |
| 第五章 总结与展望 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-53页 |
| 致谢 | 第53页 |