| 中文摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第1章 引言 | 第8-15页 |
| ·复杂疾病及分类体系概述 | 第8-12页 |
| ·复杂疾病概述 | 第9-10页 |
| ·Disease Ontology | 第10-12页 |
| ·疾病相似性和基因相似性 | 第12-13页 |
| ·疾病相似性方法概述 | 第12页 |
| ·基因相似性方法概述 | 第12-13页 |
| ·R 语言概述 | 第13-15页 |
| 第2章 语义相似性 | 第15-20页 |
| ·本体论概述 | 第15页 |
| ·语义相似性研究中生物学中的意义和进展 | 第15-20页 |
| ·现有节点语义相似性方法概述 | 第17-18页 |
| ·现有基因语义相似性方法概述 | 第18-20页 |
| 第3章 疾病相似性和基因相似性等在 R 中的实现 | 第20-32页 |
| ·材料与方法 | 第20-30页 |
| ·Disease Ontology 的基因注释数据 | 第20页 |
| ·疾病相似性算法 | 第20-23页 |
| ·基因相似性算法 | 第23-25页 |
| ·疾病基因模块挖掘及多层注释 | 第25-27页 |
| ·基因的 Disease Ontology 富集分析 | 第27-29页 |
| ·描述和可视化 DO 结构和疾病节点 | 第29-30页 |
| ·结果 | 第30-32页 |
| 第4章 DOSim 软件实例应用 | 第32-39页 |
| ·癌症相关疾病的网络构建及其分析 | 第32-35页 |
| ·肥胖相关基因模块构建及其分析 | 第35-37页 |
| ·讨论 | 第37-39页 |
| 结论 | 第39-40页 |
| 参考文献 | 第40-43页 |
| 致谢 | 第43-44页 |
| 附录 | 第44-51页 |
| 攻读硕士学位期间发表论文 | 第51-52页 |
| 攻读硕士学位期间参加课题工作 | 第52-53页 |
| 个人简历 | 第53-54页 |