| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-10页 |
| 第1章 绪论 | 第10-17页 |
| ·生物信息学 | 第10-12页 |
| ·系统生物学 | 第12-14页 |
| ·本文的研究概述 | 第14-17页 |
| 第2章 信号通路与癌症 | 第17-36页 |
| ·信号通路 | 第17-24页 |
| ·信号通路概述 | 第17页 |
| ·信号通路的生物学效应 | 第17-18页 |
| ·信号通路的组成 | 第18-24页 |
| ·信号通路中的生物化学 | 第24页 |
| ·真核生物的基因表达调控与转录因子 | 第24-28页 |
| ·基因的活化 | 第24-25页 |
| ·顺式作用元件 | 第25页 |
| ·转录因子 | 第25-26页 |
| ·转录因子的活化 | 第26-28页 |
| ·癌症基本理论 | 第28-33页 |
| ·概述 | 第28-29页 |
| ·癌症的遗传学机制 | 第29-30页 |
| ·癌症的细胞生物学机制 | 第30-33页 |
| ·信号通路与癌症 | 第33-35页 |
| ·与细胞异常增殖的相关的分子和信号通路 | 第33页 |
| ·与细胞凋亡有关的信号通路 | 第33-34页 |
| ·与细胞分化有关的信号通路 | 第34-35页 |
| ·本章小结 | 第35-36页 |
| 第3章 基于贝叶斯统计的转录因子文献挖掘 | 第36-54页 |
| ·概述 | 第36页 |
| ·文献挖掘的概念 | 第36-37页 |
| ·生物医学文献挖掘的历史、现状和趋势 | 第37-38页 |
| ·信息检索的理论基础 | 第38-41页 |
| ·PubMed的信息检索模型 | 第41-42页 |
| ·关键词法 | 第41页 |
| ·MeSH(Medical Subject Headings)主题词查询 | 第41页 |
| ·相关文献法 | 第41-42页 |
| ·文献挖掘中的贝叶斯统计 | 第42-44页 |
| ·转录因子结合位点文献检索与挖掘 | 第44-50页 |
| ·背景介绍 | 第44-45页 |
| ·数据处理 | 第45-48页 |
| ·性能分析 | 第48-49页 |
| ·通过信息指纹技术消除文献重复下载 | 第49-50页 |
| ·转录因子结合位点的信息抽取 | 第50-53页 |
| ·本章小结 | 第53-54页 |
| 第4章 磷酸化位点文献挖掘与预测 | 第54-73页 |
| ·生物背景介绍 | 第54-56页 |
| ·蛋白磷酸化的概念 | 第54页 |
| ·蛋白质磷酸化在细胞信号通路中的作用 | 第54-55页 |
| ·蛋白激酶与疾病 | 第55-56页 |
| ·磷酸化位点文献搜集与整理 | 第56-61页 |
| ·磷酸化位点数据库现状 | 第56-57页 |
| ·构建数据集 | 第57页 |
| ·选择有区别意义的单词 | 第57-58页 |
| ·获得分数阈值 | 第58页 |
| ·获取相关文献并打分 | 第58页 |
| ·从摘要中提取蛋白的磷酸化位点 | 第58-59页 |
| ·蛋白名称的归一化与验证 | 第59页 |
| ·结果和讨论 | 第59-60页 |
| ·小结 | 第60-61页 |
| ·磷酸化位点的预测 | 第61-72页 |
| ·常用预测工具 | 第61-63页 |
| ·PPSP(Predictionof PK-specific phosphorylation sites) | 第63-66页 |
| ·PPSP的预测性能分析 | 第66-69页 |
| ·磷酸化位点在线预测平台 | 第69-72页 |
| ·本章小结 | 第72-73页 |
| 第5章 癌症基因芯片中异常转录因子和信号通路分析 | 第73-98页 |
| ·概述 | 第73-74页 |
| ·相关背景介绍 | 第74-80页 |
| ·基因芯片 | 第74-75页 |
| ·信号通路相关资源 | 第75-80页 |
| ·转录因子介导的信号通路分析 | 第80-82页 |
| ·基本原理 | 第80-81页 |
| ·数据准备与分析处理 | 第81-82页 |
| ·癌症中异常通路的分析 | 第82-94页 |
| ·乳腺癌中的异常信号通路 | 第82-86页 |
| ·胃癌中的异常信号通路 | 第86-88页 |
| ·多种癌症中异常的信号通路 | 第88-91页 |
| ·异常信号通路与免疫编辑理论 | 第91-94页 |
| ·算法的软件实现 | 第94-95页 |
| ·数据输入格式 | 第94页 |
| ·输出格式 | 第94-95页 |
| ·程序说明 | 第95页 |
| ·讨论 | 第95-96页 |
| ·本章小结 | 第96页 |
| ·附录:理论分析 | 第96-98页 |
| 第6章 总结与展望 | 第98-101页 |
| 参考文献 | 第101-110页 |
| 作者在读博期间发表的有关论文 | 第110-111页 |
| 致谢 | 第111页 |