| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-7页 |
| 第一章 引言 | 第7-11页 |
| ·生物信息学 | 第7-8页 |
| ·序列比对算法的发展 | 第8-9页 |
| ·免疫遗传算法概述 | 第9页 |
| ·本文主要内容 | 第9-11页 |
| 第二章 生物序列比对 | 第11-24页 |
| ·生物学背景知识 | 第11-13页 |
| ·遗传信息的传递与表达 | 第11-12页 |
| ·物种进化与基因突变 | 第12-13页 |
| ·生物序列比对 | 第13-18页 |
| ·序列比对问题 | 第13页 |
| ·序列比对问题的数学模型 | 第13-15页 |
| ·序列比对的分类 | 第15-16页 |
| ·空位罚分 | 第16-17页 |
| ·打分矩阵 | 第17-18页 |
| ·基于动态规划的序列比对算法 | 第18-23页 |
| ·动态规划算法 | 第18页 |
| ·用动态规划算法进行序列比对 | 第18-21页 |
| ·基于动态规划的一些比对算法 | 第21-23页 |
| ·小结 | 第23-24页 |
| 第三章 免疫遗传算法的原理和应用 | 第24-35页 |
| ·遗传算法的原理及缺陷 | 第24-28页 |
| ·遗传算法中的基本概念 | 第24-25页 |
| ·基本遗传算法的流程 | 第25页 |
| ·模式定理 | 第25-26页 |
| ·遗传算子及其对遗传算法性能的影响 | 第26-28页 |
| ·生物免疫学基本原理 | 第28-30页 |
| ·生物免疫系统的作用原理 | 第28-29页 |
| ·免疫系统的特点及其对改进算法的启示 | 第29-30页 |
| ·免疫遗传算法的基本原理 | 第30-34页 |
| ·基于疫苗机制的IGA | 第30-31页 |
| ·利用抗体多样性保持策略的IGA | 第31-34页 |
| ·小结 | 第34-35页 |
| 第四章 基于IGA 的序列比对算法的分析与设计 | 第35-45页 |
| ·免疫遗传算法求解序列比对的模型 | 第35-37页 |
| ·应用于序列比对的免疫遗传算法的操作模型 | 第37-42页 |
| ·抗体适应度计算 | 第37-38页 |
| ·免疫选择模块 | 第38-40页 |
| ·遗传算子设计 | 第40-42页 |
| ·基于IGA 的序列比对算法的基本步骤 | 第42-44页 |
| ·小结 | 第44-45页 |
| 第五章 算法实现与实验结果分析 | 第45-56页 |
| ·PSAIGA 算法的实现 | 第45-47页 |
| ·参数的设置 | 第45-47页 |
| ·仿真程序的流程 | 第47页 |
| ·PSAGA 算法的实现 | 第47页 |
| ·实验结果及其分析 | 第47-52页 |
| ·PSAIGA 搜索序列最优比对的过程 | 第47-50页 |
| ·DNA 序列的比对结果及其分析 | 第50-51页 |
| ·蛋白质序列的比对结果及其分析 | 第51-52页 |
| ·算法比较 | 第52-54页 |
| ·PSAIGA 与基于遗传算法的序列比对方法PSAGA 的比较 | 第52-53页 |
| ·PSAIGA 与NW 算法的比较 | 第53-54页 |
| ·小结 | 第54-56页 |
| 结论 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-60页 |
| 致谢 | 第60-61页 |
| 在校期间公开发表论文及著作情况 | 第61页 |