| 摘要 | 第4-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第一章 绪论 | 第15-39页 |
| 1.1 研究的背景及意义 | 第15-17页 |
| 1.1.1 东方田鼠是中国重要的模式动物资源 | 第15页 |
| 1.1.2 中国东方田鼠分子系统地理学及遗传结构研究的重要性 | 第15-16页 |
| 1.1.3 东方田鼠分子遗传标记发掘的意义 | 第16页 |
| 1.1.4 研究东亚地区动物分子系统地理学的意义 | 第16-17页 |
| 1.2 东方田鼠的概述 | 第17-20页 |
| 1.2.1 东方田鼠形态学特征 | 第17-18页 |
| 1.2.2 东方田鼠现有的亚种分类以及在中国的地理分布概况 | 第18-19页 |
| 1.2.3 东方田鼠亚种分类的争议 | 第19页 |
| 1.2.4 东方田鼠的生活习性 | 第19-20页 |
| 1.3 东方田鼠的实验动物化进程以及国内外研究进展 | 第20-24页 |
| 1.3.1 东方田鼠的实验动物化研究进程 | 第20-21页 |
| 1.3.2 东方田鼠的遗传学研究进展 | 第21-24页 |
| 1.4 动物分子系统地理学与群体遗传学的发展及应用 | 第24-29页 |
| 1.4.1 分子系统地理学 | 第24-25页 |
| 1.4.2 地理隔离对遗传结构的影响 | 第25页 |
| 1.4.3 种群的扩散与基因流 | 第25-26页 |
| 1.4.4 DNA分子标记在动物分子系统地理学中的应用 | 第26页 |
| 1.4.5 线粒体DNA与母系遗传 | 第26页 |
| 1.4.6 细胞色素b基因和CR控制区序列在系统地理学研究中的应用 | 第26-27页 |
| 1.4.7 微卫星分子标记与常染色体遗传结构分析 | 第27页 |
| 1.4.8 群体遗传学与分子系统地理学之间的关系 | 第27-28页 |
| 1.4.9 分子系统地理学与生物保护 | 第28-29页 |
| 1.5 啮齿目动物相关的分子系统地理学研究 | 第29-31页 |
| 1.6 冰期生物避难所的研究 | 第31-32页 |
| 1.7 本研究的前期基础和拟解决的科学问题 | 第32-33页 |
| 1.7.1 中国6个地区野生东方田鼠样本的采集 | 第32页 |
| 1.7.2 东方田鼠微卫星（STR）分子遗传标记的获得 | 第32页 |
| 1.7.3 本研究拟解决的科学问题 | 第32-33页 |
| 参考文献 | 第33-39页 |
| 第二章 东方田鼠线粒体全基因组的研究 | 第39-64页 |
| 2.1 引言 | 第39页 |
| 2.2 实验材料 | 第39-44页 |
| 2.2.1 东方田鼠封闭群实验样本 | 第39页 |
| 2.2.2 野生东方田鼠样本的采集 | 第39-41页 |
| 2.2.3 实验仪器与试剂 | 第41-43页 |
| 2.2.4 本研究主要数据分析软件及版本号 | 第43-44页 |
| 2.3 实验方法 | 第44-47页 |
| 2.3.1 东方田鼠样本基因组DNA提取 | 第44页 |
| 2.3.2 东方田鼠指名亚种的线粒体全基因组扩增 | 第44-46页 |
| 2.3.3 东方田鼠指名亚种的线粒体基因注释 | 第46页 |
| 2.3.4 东方田鼠指名亚种的线粒体基因组二级结构分析 | 第46页 |
| 2.3.5 线粒体基因组上多态性位点的统计及系统进化初步分析 | 第46-47页 |
| 2.4 结果 | 第47-60页 |
| 2.4.1 东方田鼠线粒体基因组的拼接及基因注释 | 第47-50页 |
| 2.4.2 东方田鼠线粒体基因组的二级结构比较及特征分析 | 第50-51页 |
| 2.4.3 东方田鼠线粒体基因组的非编码控制区结构 | 第51-52页 |
| 2.4.4 东方田鼠线粒体基因组上tRNA二级结构分析 | 第52-53页 |
| 2.4.5 东方田鼠线粒体全长基因组序列的提交 | 第53-54页 |
| 2.4.6 东方田鼠线粒体种内系统进化初步分析 | 第54页 |
| 2.4.7 六个地区东方田鼠代表样本的线粒体全基因组多态性位点统计 | 第54-60页 |
| 2.5 小结与讨论 | 第60-62页 |
| 参考文献 | 第62-64页 |
| 第三章 中国东方田鼠6个地理种群的系统进化及遗传结构分析 | 第64-88页 |
| 3.1 引言 | 第64页 |
| 3.2 实验方法 | 第64-68页 |
| 3.2.1 线粒体细胞色素b基因及CR控制区序列的重测序 | 第64-65页 |
| 3.2.2 东方田鼠群体遗传多样性分析及系统进化树的构建 | 第65-66页 |
| 3.2.3 东方田鼠分歧时间及种群历史的分析 | 第66-67页 |
| 3.2.4 东方田鼠细胞色素b基因及控制区序列的种间及种内SNP统计 | 第67-68页 |
| 3.3 结果 | 第68-82页 |
| 3.3.1 系统进化分析结果 | 第68页 |
| 3.3.2 种群遗传结构 | 第68-72页 |
| 3.3.3 东方田鼠分歧时间（Divergence time）的分析 | 第72-74页 |
| 3.3.4 东方田鼠种群历史 (Demographic history)的分析 | 第74-78页 |
| 3.3.5 东方田鼠细胞色素b基因及控制区序列的SNP统计 | 第78-82页 |
| 3.4 小结与讨论 | 第82-86页 |
| 3.4.1 东方田鼠系统进化及各亚种分类的探讨 | 第82-83页 |
| 3.4.2 东方田鼠的分歧时间的研究 | 第83页 |
| 3.4.3 中国东方田鼠的分子遗传结构及冰期避难所的分析 | 第83-84页 |
| 3.4.4 地理屏障对东方田鼠南北种群的遗传结构影响 | 第84-85页 |
| 3.4.5 人类活动对东方田鼠种群数量的影响分析 | 第85-86页 |
| 参考文献 | 第86-88页 |
| 第四章 中国东方田鼠4个地理种群间的微卫星遗传检测 | 第88-103页 |
| 4.1 引言 | 第88页 |
| 4.2 实验方法 | 第88-91页 |
| 4.2.1 东方田鼠微卫星分子标记的筛选 | 第88-89页 |
| 4.2.2 东方田鼠STR引物的荧光标记及多重PCR扩增及产物检测 | 第89-90页 |
| 4.2.3 微卫星数据的统计及分析 | 第90-91页 |
| 4.3 研究结果 | 第91-100页 |
| 4.3.1 群体遗传学参数检测 | 第91-95页 |
| 4.3.2 遗传分化与基因流 | 第95-96页 |
| 4.3.3 哈迪-温伯格平衡检测 | 第96-98页 |
| 4.3.4 遗传距离与聚类分析 | 第98-100页 |
| 4.4 小结与讨论 | 第100-102页 |
| 4.4.1 东方田鼠微卫星的遗传多态性 | 第100页 |
| 4.4.2 东方田鼠种群遗传结构与地理环境间的分析 | 第100-102页 |
| 参考文献 | 第102-103页 |
| 第五章 结论与展望 | 第103-109页 |
| 5.1 结论 | 第103-106页 |
| 5.1.1 获得了东方田鼠指名亚种、长江亚种的线粒体全基因组信息 | 第103-104页 |
| 5.1.2 东方田鼠线粒体母系遗传结构及系统进化分析 | 第104-105页 |
| 5.1.3 东方田鼠的微卫星遗传结构分析 | 第105页 |
| 5.1.4 东方田鼠线粒体基因组上的单核苷酸多态性（SNP）的发掘 | 第105-106页 |
| 5.2 创新点 | 第106页 |
| 5.3 展望 | 第106-109页 |
| 5.3.1 本研究对东方田鼠抗血吸虫感染机理研究的提示 | 第106-107页 |
| 5.3.2 东亚地区啮齿类动物的分子系统地理学研究意义 | 第107页 |
| 5.3.3 东方田鼠分子生态学研究的价值 | 第107-109页 |
| 博士期间发表的相关研究论文 | 第109-110页 |
| 致谢 | 第110页 |
