| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-10页 |
| ·序列比对的背景以及意义 | 第7-8页 |
| ·序列比对的研究现状 | 第8-9页 |
| ·论文的结构和主要工作 | 第9-10页 |
| 第二章 序列比对基础 | 第10-19页 |
| ·序列比对的基本概念 | 第10-11页 |
| ·空位罚分的概念和策略 | 第11-12页 |
| ·相似性替换矩阵 | 第12-14页 |
| ·核酸替换矩阵 | 第13页 |
| ·蛋白质替换矩阵 | 第13-14页 |
| ·目标函数 | 第14-16页 |
| ·SP 目标函数 | 第15页 |
| ·COFFEE 目标函数 | 第15-16页 |
| ·多序列比对结果的评判 | 第16-19页 |
| ·BAliBASE 测试集 | 第16-17页 |
| ·评价比对结果 | 第17-19页 |
| 第三章 经典多序列比对算法 | 第19-22页 |
| ·SAGA 算法 | 第20-21页 |
| ·Clustal 算法 | 第21页 |
| ·本章小结 | 第21-22页 |
| 第四章 基于PSO 的多序列比对 | 第22-30页 |
| ·粒子群优化算法（PSO ） | 第22页 |
| ·二进制粒子群优化算法（BPSO）及序列比对 | 第22-25页 |
| ·基于BPSO 的序列比对的表示法 | 第23页 |
| ·种群初始化 | 第23-24页 |
| ·适应值函数的选择 | 第24页 |
| ·程序流程 | 第24-25页 |
| ·量子行为粒子群优化算法（QPSO）及序列比对 | 第25-29页 |
| ·量子力学背景 | 第25-26页 |
| ·算法的提出 | 第26-27页 |
| ·量子行为粒子群优化算法 | 第27-28页 |
| ·算法描述 | 第28-29页 |
| ·本章小结 | 第29-30页 |
| 第五章 基于QPSO 和隐马尔可夫模型的多序列比对 | 第30-40页 |
| ·隐马尔可夫模型 | 第30-34页 |
| ·隐马尔可夫模型的基本原理 | 第30-31页 |
| ·隐马尔可夫模型算法描述 | 第31-34页 |
| ·基于隐马尔可夫模型的多序列比对 | 第34-36页 |
| ·HMM 用于序列比对的原理 | 第34页 |
| ·多重序列比对的隐马尔可夫模型 | 第34-35页 |
| ·基于HMM 的多序列比对算法 | 第35页 |
| ·多序列比对过程 | 第35-36页 |
| ·改进的隐马尔可夫模型 | 第36-37页 |
| ·基于隐马尔科夫模型和QPSO 算法的序列比对 | 第37-39页 |
| ·将HMM_QPSO 应用于序列比对的过程 | 第37-38页 |
| ·目标函数的选择 | 第38-39页 |
| ·本章小结 | 第39-40页 |
| 第六章 基于QPSO 和隐马尔可夫模型的多序列比对的软件实现 | 第40-56页 |
| ·总体设计部分 | 第40-41页 |
| ·系统分析 | 第41-45页 |
| ·系统静态结构模型 | 第41-43页 |
| ·系统功能模型 | 第43页 |
| ·系统设计 | 第43-45页 |
| ·各个功能模块的实现 | 第45-49页 |
| ·QPSO 算法实现过程 | 第45-46页 |
| ·HMM 模型转换思想与实现过程 | 第46-47页 |
| ·Viterbi 算法实现过程 | 第47-48页 |
| ·HMM_QPSO 序列比对实现过程 | 第48-49页 |
| ·软件使用说明 | 第49-50页 |
| ·对比实验 | 第50-55页 |
| ·实验环境 | 第50页 |
| ·实验结果分析 | 第50-55页 |
| ·本章小结 | 第55-56页 |
| 第七章 结论与展望 | 第56-58页 |
| ·总结 | 第56页 |
| ·工作展望 | 第56-58页 |
| 致谢 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-64页 |
| 附录:作者在攻读硕士学位期间发表的论文 | 第64页 |