| 致谢 | 第5-7页 |
| 中文摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 中英文缩略 | 第11-17页 |
| 1 绪论 | 第17-38页 |
| 1.1 HLA简介 | 第17-21页 |
| 1.1.1 HLA基因概述 | 第17-18页 |
| 1.1.2 HLA的结构与分布 | 第18-19页 |
| 1.1.3 HLA功能与器官移植 | 第19-21页 |
| 1.2 传统HLA分型技术 | 第21-25页 |
| 1.2.1 HLA命名规则 | 第22-23页 |
| 1.2.2 血清学HLA分型技术 | 第23页 |
| 1.2.3 细胞学HLA分型技术 | 第23页 |
| 1.2.4 限制性片段长度多态性聚合酶链反应分型技术 | 第23-24页 |
| 1.2.5 聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸法 | 第24页 |
| 1.2.6 聚合酶链反应-序列特异性引物法 | 第24-25页 |
| 1.2.7 聚合酶链反应-直接测序法 | 第25页 |
| 1.2.8 总结 | 第25页 |
| 1.3 下一代测序技术与HLA分型 | 第25-37页 |
| 1.3.1 下一代测序技术的原理及应用 | 第26-30页 |
| 1.3.2 基于第二代测序的长片段PCR方法对HLA基因分型 | 第30-33页 |
| 1.3.3 基于靶向捕获测序技术对HLA基因分型 | 第33-35页 |
| 1.3.4 基于第二代测序技术HLA分型算法的开发 | 第35-37页 |
| 1.4 展望 | 第37-38页 |
| 2 材料与方法 | 第38-64页 |
| 2.1 分子生物学实验 | 第38-59页 |
| 2.1.1 样品来源 | 第38页 |
| 2.1.2 细菌培养和菌种保存 | 第38-40页 |
| 2.1.3 凝胶回收DNA | 第40-42页 |
| 2.1.4 质粒提取 | 第42-43页 |
| 2.1.5 HLA探针基因型选取与获得 | 第43-44页 |
| 2.1.6 超声破碎法片段化DNA | 第44-45页 |
| 2.1.7 二代测序文库构建 | 第45-49页 |
| 2.1.8 二代测序文库质量控制分析 | 第49页 |
| 2.1.9 靶向捕获芯片制备 | 第49-50页 |
| 2.1.10 靶向捕获 | 第50-55页 |
| 2.1.11 完整的HLA基因的捕获 | 第55页 |
| 2.1.12 靶向捕获HLA-B*73:01的第五号外显子 | 第55-56页 |
| 2.1.13 荧光实时定量PCR | 第56-57页 |
| 2.1.14 二代测序 | 第57-59页 |
| 2.2 计算方法及流程 | 第59-64页 |
| 2.2.1 HLA基因分型流程 | 第59-61页 |
| 2.2.2 HLA外显子序列相似性分析 | 第61页 |
| 2.2.3 Null等位基因判断 | 第61-62页 |
| 2.2.4 序列两两比对 | 第62-63页 |
| 2.2.5 基因组比对及可视化 | 第63页 |
| 2.2.6 分型敏感度测试 | 第63-64页 |
| 3 瓦状垒叠靶向捕获测序技术能捕获14个HLA基因 | 第64-74页 |
| 3.1 捕获探针具备捕获14个HLA基因的能力 | 第64-69页 |
| 3.1.1 用作探针的等位基因的选择 | 第64-65页 |
| 3.1.2 探针序列与所有等位基因的相似性比较 | 第65-67页 |
| 3.1.3 与探针相似性最低的序列能被捕获 | 第67-68页 |
| 3.1.4 探针制备及长度 | 第68-69页 |
| 3.1.5 探针覆盖度 | 第69页 |
| 3.2 瓦状垒叠靶向捕获测序技术的芯片特性 | 第69-71页 |
| 3.2.1 靶向HLA基因捕获芯片上探针的含量 | 第69-70页 |
| 3.2.2 相似性最低序列的靶向捕获测序结果 | 第70-71页 |
| 3.3 靶向捕获后的文库特征与方法比较 | 第71-74页 |
| 3.3.1 靶向捕获后的文库特征 | 第71-72页 |
| 3.3.2 与HLAssign靶向捕获方法的比较 | 第72-74页 |
| 4 HLA基因分型算法 | 第74-87页 |
| 4.1 HLA基因分型算法开发 | 第74-80页 |
| 4.1.1 HLA候选等位基因初筛 | 第74-76页 |
| 4.1.2 HLA候选等位基因复筛 | 第76-77页 |
| 4.1.3 交互筛选分型 | 第77-80页 |
| 4.2 HLA基因分型结果及比较 | 第80-83页 |
| 4.2.1 瓦状垒叠靶向捕获测序数据的基因分型结果及对比 | 第80-81页 |
| 4.2.2 HLAssign靶向捕获数据的基因分型结果及对比 | 第81-82页 |
| 4.2.3 两种基因分型方法所需数据量及对比 | 第82-83页 |
| 4.3 HLA基因分型质量控制与Null-allele等位基因鉴定 | 第83-87页 |
| 4.3.1 HLA基因分型质量控制体系的建立 | 第83页 |
| 4.3.2 Null等位基因鉴定 | 第83-87页 |
| 5 瓦状垒叠靶向捕获应用于三代测序技术 | 第87-89页 |
| 5.1 用于捕获的片段化基因组DNA | 第87页 |
| 5.2 捕获效果 | 第87-89页 |
| 6 讨论与总结 | 第89-91页 |
| 参考文献 | 第91-99页 |
| 附录 | 第99-211页 |
