| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第12-28页 |
| 1.1 引言 | 第12-13页 |
| 1.2 研究背景和意义 | 第13-26页 |
| 1.2.1 乳腺癌 | 第13-14页 |
| 1.2.2 DNA甲基化修饰 | 第14-16页 |
| 1.2.3 组蛋白修饰 | 第16-19页 |
| 1.2.4 DNA甲基化和组蛋白修饰在乳腺癌中的研究进展 | 第19-25页 |
| 1.2.5 DNA甲基化和组蛋白修饰测序技术 | 第25-26页 |
| 1.3 论文主要内容和结构 | 第26-28页 |
| 第二章 研究数据和方法 | 第28-37页 |
| 2.1 DNA甲基化修饰数据 | 第28-29页 |
| 2.1.1 DNA甲基化修饰数据与DNA甲基化修饰水平的计算 | 第28-29页 |
| 2.1.2 差异甲基化位点 | 第29页 |
| 2.2 组蛋白修饰数据 | 第29-30页 |
| 2.3 基因表达数据 | 第30-31页 |
| 2.3.1 RNA-Seq数据与基因表达水平的计算 | 第30-31页 |
| 2.3.2 差异表达基因 | 第31页 |
| 2.4 统计方法 | 第31-34页 |
| 2.4.1 Spearman相关性系数 | 第31-33页 |
| 2.4.2 ROC曲线 | 第33-34页 |
| 2.5 随机森林 | 第34-37页 |
| 第三章 乳腺癌不同功能区域DNA甲基化的修饰模式 | 第37-45页 |
| 3.1 数据集 | 第37-39页 |
| 3.2 乳腺癌组织与正常乳腺组织之间的差异甲基化位点 | 第39页 |
| 3.3 乳腺癌中DNA高甲基化和低甲基化的分布特征 | 第39-44页 |
| 3.3.1 乳腺癌组织中高甲基化和低甲基化在染色体中的分布 | 第39-40页 |
| 3.3.2 乳腺癌组织中高甲基化和低甲基化在基因组六个功能区域的分布 | 第40-42页 |
| 3.3.3 乳腺癌中增强子的DNA低甲基化修饰 | 第42-44页 |
| 3.4 讨论与小结 | 第44-45页 |
| 第四章 关键区域的DNA甲基化修饰对乳腺癌中基因表达的影响 | 第45-60页 |
| 4.1 乳腺癌组织与正常乳腺组织之间的差异表达基因 | 第45-47页 |
| 4.2 乳腺癌中不同功能区域的DNA甲基化与基因表达之间的关系 | 第47-50页 |
| 4.2.1 差异表达基因六个区域DNA甲基化修饰的改变 | 第47-48页 |
| 4.2.2 增强子区域的DNA甲基化修饰与乳腺癌中上调基因的表达相关 | 第48-50页 |
| 4.3 下调基因的DNA高甲基化与上调基因的DNA低甲基化 | 第50-57页 |
| 4.3.1 基因组的六个区域中DNA高甲基化和低甲基化对基因表达的影响 | 第50-52页 |
| 4.3.2 乳腺癌中增强子低甲基化对基因表达的促进作用 | 第52-57页 |
| 4.4 GO和 KEGG通路分析 | 第57-59页 |
| 4.5 讨论与小结 | 第59-60页 |
| 第五章 关键组蛋白修饰对乳腺癌相关基因表达的影响 | 第60-75页 |
| 5.1 数据集 | 第60页 |
| 5.2 乳腺癌细胞中11 种组蛋白修饰的异常变化 | 第60-63页 |
| 5.3 乳腺癌细胞中不同区域组蛋白修饰与基因表达之间的关系 | 第63-69页 |
| 5.3.1 不同区域组蛋白修饰的改变对MCF-7 中基因表达的促进或抑制作用 | 第65-67页 |
| 5.3.2 差异表达基因中组蛋白修饰之间的相互作用 | 第67-69页 |
| 5.4 各种组蛋白修饰对乳腺癌中基因表达改变的影响 | 第69-73页 |
| 5.4.1 乳腺癌基因表达改变中重要的组蛋白修饰及关键的调控区域 | 第69-70页 |
| 5.4.2 H3K79me2 在乳腺癌基因表达改变中的重要性 | 第70-73页 |
| 5.5 讨论与小结 | 第73-75页 |
| 第六章 总结和展望 | 第75-78页 |
| 6.1 工作总结 | 第75-76页 |
| 6.2 工作展望 | 第76-78页 |
| 参考文献 | 第78-90页 |
| 附录 | 第90-100页 |
| 致谢 | 第100-101页 |
| 攻读学位期间发表和完成的学术论文 | 第101页 |
