面向生物信息学结构预测领域的算法加速器设计
| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 第一章 绪论 | 第11-24页 |
| ·应用背景 | 第11-12页 |
| ·技术背景 | 第12-15页 |
| ·可重构计算 | 第12-13页 |
| ·FPGA 基本结构 | 第13-14页 |
| ·FPGA 特点 | 第14-15页 |
| ·基于FPGA 的加速器设计平台 | 第15页 |
| ·研究现状 | 第15-22页 |
| ·RNA 二级结构预测 | 第15-17页 |
| ·蛋白质结构预测 | 第17-22页 |
| ·课题研究内容 | 第22-23页 |
| ·论文结构 | 第23-24页 |
| 第二章 RNA 二级结构预测算法加速器设计 | 第24-40页 |
| ·算法特征分析 | 第24-30页 |
| ·算法原理 | 第24-26页 |
| ·核心函数 | 第26页 |
| ·计算过程 | 第26-28页 |
| ·数据依赖关系 | 第28-29页 |
| ·设计挑战 | 第29-30页 |
| ·结构设计 | 第30-38页 |
| ·设计分析 | 第30-32页 |
| ·解决方案 | 第32-35页 |
| ·硬件设计 | 第35-38页 |
| ·实验结果 | 第38-39页 |
| ·FPGA 资源利用 | 第38-39页 |
| ·性能分析 | 第39页 |
| ·本章小结 | 第39-40页 |
| 第三章 蛋白质二级结构预测算法加速器设计 | 第40-51页 |
| ·算法特征分析 | 第40-44页 |
| ·算法原理 | 第40-41页 |
| ·算法分析 | 第41-44页 |
| ·硬件结构设计 | 第44-47页 |
| ·设计分析 | 第44页 |
| ·解决方案 | 第44-47页 |
| ·加速器总体结构 | 第47页 |
| ·软件加速 | 第47-49页 |
| ·加速思想 | 第48页 |
| ·优化方案 | 第48-49页 |
| ·实验结果 | 第49-50页 |
| ·FPGA 资源利用 | 第49页 |
| ·与现有的GOR 软件版本对比 | 第49-50页 |
| ·本章小结 | 第50-51页 |
| 第四章 蛋白质三级结构预测算法加速器设计 | 第51-59页 |
| ·算法背景 | 第51-52页 |
| ·格点模型 | 第51-52页 |
| ·HP 格点模型 | 第52页 |
| ·算法简介 | 第52-55页 |
| ·H-core | 第53页 |
| ·约束模型 | 第53-54页 |
| ·算法流程 | 第54-55页 |
| ·硬件设计 | 第55-58页 |
| ·设计分析 | 第55-56页 |
| ·总体结构 | 第56-57页 |
| ·多级并行搜索树 | 第57-58页 |
| ·本章小结 | 第58-59页 |
| 第五章 结束语 | 第59-60页 |
| ·工作总结 | 第59页 |
| ·进一步的工作 | 第59-60页 |
| 致谢 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-65页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第65页 |
