| 内容摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 缩略词表 | 第11-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-41页 |
| 1.1 陆生蓝藻发菜的研究进展 | 第15-22页 |
| 1.1.1 发菜的自然分布及生境特性 | 第15-16页 |
| 1.1.2 发菜的生理生化特性研究进展 | 第16-19页 |
| 1.1.3 发菜耐旱的机制研究 | 第19-21页 |
| 1.1.4 发菜人工培养的进展 | 第21-22页 |
| 1.2 蓝藻基因组及复苏植物回复吸水转录组的研究进展 | 第22-33页 |
| 1.2.1 高通量测序技术的发展 | 第22-27页 |
| 1.2.2 蓝藻基因组的研究进展 | 第27-32页 |
| 1.2.3 复苏植物回复吸水转录组的研究进展 | 第32-33页 |
| 1.3 紫外吸收物质伪枝藻素和MAAs的研究进展 | 第33-39页 |
| 1.3.1 伪枝藻素的分布和生理生态学作用 | 第34-35页 |
| 1.3.2 伪枝藻素的生物合成及调控 | 第35-37页 |
| 1.3.3 MAAs的分布和生理生态学作用 | 第37页 |
| 1.3.4 MAAs的生物合成及调控 | 第37-39页 |
| 1.4 本研究的立题依据及意义 | 第39-41页 |
| 第二章 发菜全基因组测序及比较基因组研究 | 第41-67页 |
| 2.1 前言 | 第41-42页 |
| 2.2 实验材料与方法 | 第42-44页 |
| 2.2.1 发菜基因组DNA的提取 | 第42页 |
| 2.2.2 高通量测序及组装 | 第42页 |
| 2.2.3 发菜基因组注释 | 第42-43页 |
| 2.2.4 系统发育树的构建 | 第43页 |
| 2.2.5 比较基因组分析 | 第43页 |
| 2.2.6 发菜次生代谢物合成基因簇的挖掘 | 第43-44页 |
| 2.3 实验结果 | 第44-63页 |
| 2.3.1 发菜基因组基本特征 | 第44-49页 |
| 2.3.2 发菜系统发育分析 | 第49-52页 |
| 2.3.3 发菜比较基因组分析 | 第52-55页 |
| 2.3.4 发菜基因组适应生境的机制 | 第55-63页 |
| 2.3.5 发菜次生代谢物合成基因簇分析 | 第63页 |
| 2.4 讨论 | 第63-67页 |
| 第三章 发菜回复吸水转录组的研究 | 第67-79页 |
| 3.1 前言 | 第67-68页 |
| 3.2 实验材料与方法 | 第68-70页 |
| 3.2.1 发菜RNA的提取 | 第68页 |
| 3.2.2 cDNA文库构建和测序 | 第68页 |
| 3.2.3 差异表达基因的获取 | 第68-69页 |
| 3.2.4 差异表达基因的聚类和GO富集 | 第69-70页 |
| 3.3 实验结果 | 第70-76页 |
| 3.3.1 RNA-seq高通量测序数据质量评估 | 第70页 |
| 3.3.2 差异表达基因聚类分析 | 第70-74页 |
| 3.3.3 差异表达基因的GO富集分析 | 第74-76页 |
| 3.4 讨论 | 第76-79页 |
| 第四章 发菜MAAs生物合成基因的转录调控 | 第79-100页 |
| 4.1 前言 | 第79-80页 |
| 4.2 实验材料与方法 | 第80-84页 |
| 4.2.1 实验材料的来源 | 第80页 |
| 4.2.2 生物信息和统计学分析 | 第80页 |
| 4.2.3 RT-PCR和蛋白质免疫印迹(western blot) | 第80-82页 |
| 4.2.4 细菌荧光素酶LuxAB发光实验 | 第82页 |
| 4.2.5 DNA-蛋白亲和层析分析 | 第82-83页 |
| 4.2.6 电泳迁移率变动分析(EMSA) | 第83页 |
| 4.2.7 酵母单杂和双杂交实验 | 第83页 |
| 4.2.8 免疫共沉淀(CO-ip) | 第83-84页 |
| 4.2.9 GST pull-down实验 | 第84页 |
| 4.3 实验结果 | 第84-98页 |
| 4.3.1 发菜MAAs合成基因簇的比较 | 第84-89页 |
| 4.3.2 发菜MAAs合成对UV-B的响应 | 第89-90页 |
| 4.3.3 发菜MAAs合成基因有效启动子鉴定 | 第90-91页 |
| 4.3.4 发菜MAAs合成途径转录调控因子的筛选 | 第91-93页 |
| 4.3.5 转录调控因子特异性的验证 | 第93-95页 |
| 4.3.6 转录因子相互作用蛋白的筛选和验证 | 第95-98页 |
| 4.4 讨论 | 第98-100页 |
| 本研究论文的创新点 | 第100-101页 |
| 参考文献 | 第101-121页 |
| 在读期间发表的论文 | 第121-122页 |
| 致谢 | 第122-123页 |
| 附录 | 第123-167页 |
