| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 英文缩写及中英文对照表 | 第10-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-23页 |
| 1. MIRNA的研究进展 | 第12-20页 |
| 1.1 植物中MIRNA的发现 | 第12-13页 |
| 1.2 植物中MIRNA的特征和生物合成机制 | 第13-14页 |
| 1.3 植物中MIRNA的功能 | 第14-19页 |
| 1.3.1 miRNA参与调控植物的叶片生长 | 第15页 |
| 1.3.2 miRNA参与调控植物花的发育 | 第15-16页 |
| 1.3.3 miRNA参与调控植物激素信号转导 | 第16-17页 |
| 1.3.4 miRNA参与调控植株响应外界胁迫 | 第17-18页 |
| 1.3.5 一些常见miRNA的功能 | 第18-19页 |
| 1.4 MIRNA的研究方法 | 第19-20页 |
| 2. 银杏的研究进展及本研究的目的与意义 | 第20-23页 |
| 2.1 银杏胚珠的研究进展 | 第20-21页 |
| 2.2 本研究的目的与意义 | 第21-23页 |
| 第二章 材料与方法 | 第23-35页 |
| 2.1 实验材料 | 第23-24页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第23页 |
| 2.1.2 菌株和质粒载体 | 第23页 |
| 2.1.3 主要试剂 | 第23页 |
| 2.1.4 主要仪器 | 第23-24页 |
| 2.1.5 所需试剂配制 | 第24页 |
| 2.1.6 所需网站与软件 | 第24页 |
| 2.2 实验方法 | 第24-35页 |
| 2.2.1 银杏胚珠与雌株叶片的总RNA的提取 | 第25-26页 |
| 2.2.2 RT-PCR实验 | 第26-27页 |
| 2.2.3 目的片段的克隆 | 第27-28页 |
| 2.2.4 DNA片断的回收和连接 | 第28-29页 |
| 2.2.5 大肠杆菌转化 | 第29-30页 |
| 2.2.6 菌落阳性鉴定和序列比对 | 第30页 |
| 2.2.7 质粒的提取 | 第30-31页 |
| 2.2.8 实时荧光定量PCR | 第31-33页 |
| 2.2.9 深度测序及数据处理 | 第33-35页 |
| 第三章 结果与分析 | 第35-73页 |
| 3.1 银杏胚珠小RNA的初级信息分析 | 第35-36页 |
| 3.2 银杏胚珠小RNA的高级信息分析 | 第36-39页 |
| 3.2.1 基因组比对 | 第36-37页 |
| 3.2.2 Rfam (10.1)数据库以及 Genbank 比对 | 第37-38页 |
| 3.2.3 小RNA分类注释 | 第38-39页 |
| 3.3 银杏胚珠已知的MIRNA碱基偏向性分析 | 第39-40页 |
| 3.4 银杏胚珠生物信息学分析 | 第40-65页 |
| 3.4.1 已知的miRNA分析 | 第40-47页 |
| 3.4.2 新的miRNA预测 | 第47-55页 |
| 3.4.3 已知的和新的miRNA靶基因预测 | 第55-62页 |
| 3.4.4 已知的和新的miRNA的靶基因GO富集分析 | 第62-65页 |
| 3.5 银杏胚珠已知的和新的前体序列验证分析 | 第65-67页 |
| 3.6 银杏胚珠与银杏雌株叶片中MIRNA差异分析 | 第67-73页 |
| 3.6.1 已知的miRNA和新的miRNA差异分析 | 第67-71页 |
| 3.6.2 不同时期miRNA表达量差异分析 | 第71-73页 |
| 第四章 结果与讨论 | 第73-76页 |
| 4.1 深度测序的可行性分析 | 第73页 |
| 4.2 小RNA数据库的质量分析 | 第73-74页 |
| 4.3 保守的和新的MIRNA序列分析 | 第74页 |
| 4.4 靶基因预测及其功能分析 | 第74-76页 |
| 参考文献 | 第76-83页 |
| 致谢 | 第83-85页 |
| 在学期间发表的学术论文 | 第85-86页 |
