| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 引言 | 第10-16页 |
| 1.1 研究背景、目的及意义 | 第10-12页 |
| 1.2 国内外研究现状简介 | 第12-14页 |
| 1.3 本文的主要工作及结构安排 | 第14-16页 |
| 第2章 短序列匹配算法与支架算法原理 | 第16-34页 |
| 2.1 基于下一代测序的短序列匹配算法 | 第16-25页 |
| 2.1.1 双序列匹配与多序列匹配 | 第16-18页 |
| 2.1.2 基于BWT的短序列匹配算法 | 第18-24页 |
| 2.1.3 短序列匹配算法面临的挑战 | 第24-25页 |
| 2.2 基于下一代测序的支架算法 | 第25-32页 |
| 2.2.1 SOAPdenovo算法原理 | 第25-26页 |
| 2.2.2 SSPACE算法原理 | 第26-28页 |
| 2.2.3 SWA算法原理 | 第28-30页 |
| 2.2.4 支架算法面临的挑战 | 第30-32页 |
| 2.3 本章小结 | 第32-34页 |
| 第3章 一种完整、准确的重复短序列匹配算法 | 第34-46页 |
| 3.1 HashRepAligner算法介绍 | 第34-35页 |
| 3.2 HashRepAligner算法的核心原理 | 第35-37页 |
| 3.2.1 间接Hash索引 | 第35页 |
| 3.2.2 滑动窗口函数 | 第35-37页 |
| 3.3 HashRepAligner算法的具体步骤 | 第37-41页 |
| 3.3.1 构建Hash索引 | 第38-39页 |
| 3.3.2 滑动匹配点 | 第39-40页 |
| 3.3.3 确定覆盖深度 | 第40页 |
| 3.3.4 边界检测 | 第40-41页 |
| 3.4 HashRepAligner算法性能分析 | 第41-44页 |
| 3.4.1 性能指标 | 第41-43页 |
| 3.4.2 模拟研究 | 第43页 |
| 3.4.3 交叉比较 | 第43-44页 |
| 3.5 本章小结 | 第44-46页 |
| 第4章 一种扩展重复序列与非重复序列的基因组支架算法 | 第46-60页 |
| 4.1 HashRepScaffold算法介绍 | 第46-49页 |
| 4.2 HashRepScaffold算法的具体步骤 | 第49-56页 |
| 4.2.1 数据预处理并产生配对数据 | 第50-51页 |
| 4.2.2 构建Hash索引 | 第51-52页 |
| 4.2.3 计算映射关系 | 第52-55页 |
| 4.2.4 延长非重复Contigs | 第55-56页 |
| 4.3 HashRepScaffold算法性能分析 | 第56-59页 |
| 4.3.1 不同的重复类型序列对HashRepScaffold性能的影响 | 第57-58页 |
| 4.3.2 不同的覆盖深度对HashRepScaffold性能的影响 | 第58页 |
| 4.3.3 不同的片段长度对HashRepScaffold性能的影响 | 第58-59页 |
| 4.4 本章小结 | 第59-60页 |
| 第5章 总结与展望 | 第60-62页 |
| 致谢 | 第62-64页 |
| 参考文献 | 第64-68页 |
| 攻读学位期间获得与学位论文相关的科研成果目录 | 第68页 |
