| 插图 | 第7-8页 |
| 表格 | 第8-9页 |
| 摘要 | 第9-10页 |
| ABSTRACT | 第10页 |
| 前言 | 第11-13页 |
| 1 绪论 | 第13-19页 |
| 1.1 “比较”的哲学 | 第13-14页 |
| 1.2 生物序列的context-object表示法及其一般化形式 | 第14-18页 |
| 1.3 本文研究的意义 | 第18-19页 |
| 2 无参考基因组的系统发生基因组学方法 | 第19-45页 |
| 2.1 研究背景 | 第19-20页 |
| 2.2 模型与算法 | 第20-28页 |
| 2.2.1 Context-object模型 | 第20-24页 |
| 2.2.2 Co-phylog算法及其复杂度 | 第24-28页 |
| 2.3 算法的测试数据集、参照标准与结果 | 第28-43页 |
| 2.3.1 选择不同结构式对co-phylog算法的影响 | 第28-31页 |
| 2.3.2 在Escherichia/Shigella属的26个基因组上的测试 | 第31-34页 |
| 2.3.3 在高阶分类学层次上的测试 | 第34-36页 |
| 2.3.4 使用计算机模拟进化摸索co-phylog算法的最佳工作区间 | 第36-38页 |
| 2.3.5 在无测序错误的高通量测序(NGS)数据集上的测试 | 第38-39页 |
| 2.3.6 在考虑测序质量的高通量测序数据集上的测试 | 第39-41页 |
| 2.3.7 在真实NGS数据集上的测试 | 第41-43页 |
| 2.3.8 在真实NGS数据集上co-phylog的运行效率 | 第43页 |
| 2.4 讨论 | 第43-45页 |
| 2.4.1 Co-phylog算法是一个“微比对”的过程 | 第43-44页 |
| 2.4.2 与非序列比对系统发生分析方法的比较 | 第44-45页 |
| 3 Co-phylog系统发生基因组学分析方法在实践中的应用 | 第45-55页 |
| 3.1 果蝇的系统发生研究 | 第45-49页 |
| 3.2 Saccharomyces的系统发生研究 | 第49-52页 |
| 3.3 co-phylog方法用于度量微生物菌群的β-多样性 | 第52-55页 |
| 4 无参考基因组的SNP位点检测 | 第55-84页 |
| 4.1 研究背景 | 第55-57页 |
| 4.2 模型及原理 | 第57-61页 |
| 4.2.1 Context-object模型 | 第57-58页 |
| 4.2.2 数据的存储结构 | 第58页 |
| 4.2.3 算法co-snp | 第58-60页 |
| 4.2.4 co-snp算法的复杂度分析 | 第60-61页 |
| 4.3 测试数据集及测试结果分析 | 第61-84页 |
| 4.3.1 朴素的co-snp算法 | 第62-67页 |
| 4.3.2 Co-snp结果的优化 | 第67-84页 |
| 5 参考文献 | 第84-90页 |
| 附录A 散列表数据结构简介 | 第90-95页 |
| 附录B 增补系统发生树 | 第95-98页 |
| 附录C 本文中所用数据的序列号 | 第98-107页 |
| 后记 | 第107-110页 |
| 已发表论文清单 | 第110-111页 |
