基于动态蛋白互作网络的蛋白质复合物识别算法研究
| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第11-17页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第11-13页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第13-15页 |
| 1.3 本文主要工作 | 第15-16页 |
| 1.4 本文的组织结构 | 第16-17页 |
| 第2章 蛋白质网络与复合物识别概述 | 第17-30页 |
| 2.1 蛋白质网络与复杂网络简介 | 第17-19页 |
| 2.1.1 蛋白质网络与复杂网络的概念 | 第17-18页 |
| 2.1.2 复杂网络研究简史 | 第18-19页 |
| 2.2 蛋白质网络的特性 | 第19-22页 |
| 2.2.1 复杂性 | 第19-21页 |
| 2.2.2 小世界特性 | 第21页 |
| 2.2.3 无标度特性 | 第21-22页 |
| 2.3 蛋白质复合物 | 第22-24页 |
| 2.3.1 蛋白质复合物的定义 | 第22页 |
| 2.3.2 蛋白质复合物的种类 | 第22-23页 |
| 2.3.3 蛋白质网络功能模块与蛋白质复合物关系 | 第23-24页 |
| 2.4 经典蛋白质复合物识别算法 | 第24-29页 |
| 2.4.1 MCODE 算法 | 第24-25页 |
| 2.4.2 谱平分算法 | 第25-26页 |
| 2.4.3 GN 算法 | 第26-27页 |
| 2.4.4 MCL 算法 | 第27-29页 |
| 2.5 本章小结 | 第29-30页 |
| 第3章 动态加权蛋白质网络构建 | 第30-41页 |
| 3.1 研究背景 | 第30-31页 |
| 3.2 动态蛋白质网络 | 第31-36页 |
| 3.2.1 静态蛋白质网络 | 第31页 |
| 3.2.2 蛋白质关系数据库 | 第31-33页 |
| 3.2.3 动态蛋白质网络构建及拓扑分析 | 第33-36页 |
| 3.3 动态加权蛋白质网络 | 第36-38页 |
| 3.3.1 GO-Slim 注释 | 第36-37页 |
| 3.3.2 动态加权网络构建过程 | 第37-38页 |
| 3.4 动态加权蛋白质网络构建实例 | 第38-40页 |
| 3.5 本章小结 | 第40-41页 |
| 第4章 基于动态加权蛋白质网络的复合物识别算法 | 第41-53页 |
| 4.1 GECLUSTER 算法 | 第41-43页 |
| 4.1.1 算法主要思想 | 第41-42页 |
| 4.1.2 算法实现过程 | 第42-43页 |
| 4.2 算法性能评估 | 第43-45页 |
| 4.3 算法实验 | 第45-52页 |
| 4.3.1 实验数据集 | 第45-46页 |
| 4.3.2 实验结果 | 第46-52页 |
| 4.4 本章小结 | 第52-53页 |
| 第5章 总结与展望 | 第53-55页 |
| 5.1 总结 | 第53页 |
| 5.2 展望 | 第53-55页 |
| 参考文献 | 第55-59页 |
| 作者简介及在学期间所取得的科研成果 | 第59-60页 |
| 致谢 | 第60页 |
