| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-19页 |
| ·蛋白质相互作用 | 第10-11页 |
| ·蛋白质互作的鉴定和预测 | 第11-15页 |
| ·鉴定蛋白质互作的实验方法 | 第11-13页 |
| ·预测蛋白质互作的生物信息学方法 | 第13-15页 |
| ·保守的蛋白质互作 | 第15-17页 |
| ·保守的蛋白质互作的发现 | 第16页 |
| ·同源蛋白质互作保守的理论依据 | 第16-17页 |
| ·保守的蛋白质互作的鉴定 | 第17页 |
| ·Interologs 法鉴定蛋白质互作（同源映射） | 第17页 |
| ·Interologs 方法的应用实例 | 第17页 |
| ·研究的目的和意义 | 第17-19页 |
| 第二章 材料与方法 | 第19-23页 |
| ·材料 | 第19-20页 |
| ·蛋白质互作数据集 | 第19页 |
| ·源物种 | 第19页 |
| ·目标物种 | 第19页 |
| ·金标准阳性（ Gold standard positive ， GSP ）互作集和金标准阴性（Goldstandard negative，GSN）互作集 | 第19-20页 |
| ·方法 | 第20-23页 |
| ·鉴定物种间直系同源蛋白质对 | 第20页 |
| ·联合序列相似度 | 第20-21页 |
| ·联合序列一致度（LI） | 第21页 |
| ·联合 E-value（LE） | 第21页 |
| ·寻找潜在的保守蛋白质互作 | 第21页 |
| ·鉴定真实的保守蛋白质互作 | 第21页 |
| ·有效性分析 | 第21-22页 |
| ·可传递度度评估 | 第22-23页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第23-34页 |
| ·结果 | 第23-26页 |
| ·物种间直系同源蛋白质数量 | 第23-25页 |
| ·物种间可鉴定真实 Interologs 的数量 | 第25-26页 |
| ·具有保守互作的直系同源蛋白质数量 | 第26页 |
| ·讨论 | 第26-34页 |
| ·直系同源蛋白质 | 第26-27页 |
| ·灵敏度和特异度评估 | 第27-29页 |
| ·影响 Interologs 方法准确性的随机因素 | 第29页 |
| ·Interologs 方法预测蛋白质互作的影响因素 | 第29-31页 |
| ·蛋白质互作保守性与联合序列一致度的关系 | 第29-30页 |
| ·蛋白质互作保守性与联合 E-value 的关系 | 第30-31页 |
| ·网络中节点的度 | 第31-32页 |
| ·本研究的创新与不足 | 第32-34页 |
| 第四章 结论 | 第34-35页 |
| 第五章 小麦赤霉病病菌蛋白质互作网络的构建 | 第35-40页 |
| ·赤霉病菌简介 | 第35页 |
| ·禾谷镰刀菌蛋白质互作网络的建立 | 第35-36页 |
| ·材料 | 第35页 |
| ·实验方法 | 第35-36页 |
| ·结果和分析 | 第36-38页 |
| ·整体蛋白质相互作用网络 | 第36页 |
| ·重要网络模块分析 | 第36-38页 |
| ·MAPK 通路 | 第36-37页 |
| ·细胞膜相关蛋白的互作网络 | 第37-38页 |
| ·讨论 | 第38-40页 |
| 参考文献 | 第40-45页 |
| 附录 | 第45-49页 |
| 致谢 | 第49-50页 |
| 作者简介 | 第50页 |
