| 中文摘要 | 第3-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第一章 绪论 | 第13-31页 |
| 1.1 研究背景 | 第13-14页 |
| 1.1.1 青藏高原的特点及面临的威胁 | 第13页 |
| 1.1.2 青藏高原畜牧业现状 | 第13页 |
| 1.1.3 反刍动物甲烷排放及减排措施 | 第13-14页 |
| 1.2 文献综述 | 第14-27页 |
| 1.2.1 肠道微生态研究进展 | 第14-15页 |
| 1.2.2 甲烷菌研究进展 | 第15-19页 |
| 1.2.3 反刍动物肠道细菌的功能 | 第19-21页 |
| 1.2.4 不同年龄瘤胃细菌/甲烷菌的定植过程 | 第21-24页 |
| 1.2.5 瘤胃细菌/甲烷菌对于季节响应模式的研究现状 | 第24-25页 |
| 1.2.6 不同肠道部位细菌的分布 | 第25-27页 |
| 1.3 本研究的意义与目的 | 第27-28页 |
| 1.4 研究内容 | 第28-30页 |
| 1.4.1 不同年龄牦牛瘤胃细菌/甲烷菌的定植过程 | 第28页 |
| 1.4.2 牦牛瘤胃细菌/甲烷菌的季节动态 | 第28页 |
| 1.4.3 相同日粮下不同肠道部位牦牛和黄牛细菌/甲烷菌的空间分布 | 第28-30页 |
| 1.5 技术路线 | 第30-31页 |
| 第二章 不同年龄牦牛瘤胃细菌/甲烷菌的定植过程 | 第31-70页 |
| 2.1 前言 | 第31页 |
| 2.2 材料和方法 | 第31-46页 |
| 2.2.1 试验地点 | 第31-32页 |
| 2.2.3 试验动物及管理方式 | 第32页 |
| 2.2.4 基因组DNA的提取 | 第32-34页 |
| 2.2.5 基因组DNA的测序分析 | 第34-36页 |
| 2.2.6 测序结果分析 | 第36-38页 |
| 2.2.7 功能基因预测 | 第38-39页 |
| 2.2.8 实时定量PCR分析功能菌的绝对数量 | 第39-46页 |
| 2.3 结果 | 第46-60页 |
| 2.3.1 瘤胃细菌/古菌Alpha多样性 | 第46-47页 |
| 2.3.2 不同年龄瘤胃细菌/古菌Beta多样性分析 | 第47-48页 |
| 2.3.3 门水平的细菌/甲烷菌组成 | 第48-49页 |
| 2.3.4 属水平的细菌/甲烷菌组成 | 第49-54页 |
| 2.3.5 基于 16S的功能预测 | 第54-58页 |
| 2.3.6 代表性功能菌的实时定量分析 | 第58页 |
| 2.3.7 瘤胃微生物定植来源 | 第58-60页 |
| 2.4 讨论 | 第60-69页 |
| 2.4.1 不同年龄牦牛瘤胃细菌/甲烷菌的多样性 | 第60-62页 |
| 2.4.2 不同年龄牦牛瘤胃细菌/甲烷菌门水平的变化 | 第62-64页 |
| 2.4.3 不同年龄牦牛瘤胃细菌/甲烷菌属水平的变化 | 第64-66页 |
| 2.4.4 细菌/甲烷菌功能基因家族预测 | 第66-67页 |
| 2.4.5 代表性功能菌的定量分析 | 第67-68页 |
| 2.4.6 瘤胃微生物定植来源 | 第68-69页 |
| 2.5 小结 | 第69-70页 |
| 第三章 牦牛瘤胃细菌/甲烷菌的季节动态 | 第70-87页 |
| 3.1 前言 | 第70-71页 |
| 3.2 材料和方法 | 第71-72页 |
| 3.2.1 试验地点 | 第71页 |
| 3.2.2 试验动物 | 第71页 |
| 3.2.3 基因组DNA的提取 | 第71页 |
| 3.2.4 基因组DNA的测序分析 | 第71-72页 |
| 3.2.5 测序结果分析 | 第72页 |
| 3.2.6 实时定量PCR分析功能菌的绝对数量 | 第72页 |
| 3.3 结果 | 第72-82页 |
| 3.3.1 不同季节瘤胃细菌/甲烷菌的多样性 | 第72-74页 |
| 3.3.2 不同季节瘤胃细菌/甲烷菌门水平的变化 | 第74-75页 |
| 3.3.3 不同季节瘤胃细菌/甲烷菌属水平的变化 | 第75-79页 |
| 3.3.4 不同季节细菌/甲烷菌功能预测 | 第79-81页 |
| 3.3.5 不同季节代表性功能菌的实时定量分析 | 第81-82页 |
| 3.4 讨论 | 第82-86页 |
| 3.4.1 不同季节瘤胃细菌/甲烷菌多样性 | 第82-84页 |
| 3.4.2 不同季节瘤胃细菌/甲烷菌门水平的变化 | 第84页 |
| 3.4.3 不同季节瘤胃细菌/甲烷菌属水平的变化 | 第84-85页 |
| 3.4.4 不同季节细菌/甲烷菌功能预测 | 第85-86页 |
| 3.4.5 不同季节代表性功能菌的实时定量分析 | 第86页 |
| 3.5 小结 | 第86-87页 |
| 第四章 相同日粮下不同肠道部位牦牛和黄牛细菌/甲烷菌的空间分布 | 第87-108页 |
| 4.1 前言 | 第87-88页 |
| 4.2 材料和方法 | 第88-92页 |
| 4.2.1 试验地点 | 第88页 |
| 4.2.2 试验动物与管理 | 第88-89页 |
| 4.2.3 日粮配比 | 第89页 |
| 4.2.4 样品采集 | 第89-91页 |
| 4.2.5 基因组DNA的测序分析 | 第91页 |
| 4.2.6 测序结果分析 | 第91页 |
| 4.2.7 实时定量PCR分析功能菌的数量 | 第91-92页 |
| 4.3 结果 | 第92-101页 |
| 4.3.1 相同低氮日粮下牦牛细菌/甲烷菌多样性随着不同肠道部位的变化 | 第92-93页 |
| 4.3.2 相同低氮日粮下牦牛不同肠道部位细菌/甲烷菌Beta多样性分析 | 第93页 |
| 4.3.3 相同低氮日粮下牦牛门水平不同肠道部位细菌/甲烷菌的组成 | 第93-94页 |
| 4.3.4 相同低氮日粮下牦牛不同肠道部位属水平的细菌/甲烷菌变化 | 第94-95页 |
| 4.3.5 不同肠道部位细菌/甲烷菌功能预测 | 第95-96页 |
| 4.3.6 相同低氮日粮下牦牛代表性功能菌在肠道不同部位的数量变化 | 第96-101页 |
| 4.4 讨论 | 第101-106页 |
| 4.4.1 不同肠道部位细菌/甲烷菌的多样性 | 第101-102页 |
| 4.4.2 不同肠道部位细菌/甲烷菌门水平的变化 | 第102-103页 |
| 4.4.3 不同肠道部位细菌/甲烷菌属水平的变化 | 第103-105页 |
| 4.4.4 不同肠道部位细菌/甲烷菌功能预测 | 第105-106页 |
| 4.4.5 不同肠道部位功能菌的实时定量分析 | 第106页 |
| 4.5 小结 | 第106-108页 |
| 第五章 结论与展望 | 第108-111页 |
| 5.1 结论 | 第108-110页 |
| 5.2 展望 | 第110-111页 |
| 创新点 | 第111-112页 |
| 参考文献 | 第112-121页 |
| 个人简历及在学期间科研成果 | 第121-123页 |
| 致谢 | 第123-124页 |
| 附录 | 第124-131页 |
