| 论文摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第1章 研究背景与方法 | 第11-20页 |
| 1.1 鸟枪法蛋白质组学 | 第11-14页 |
| 1.2 生物质谱技术 | 第14-16页 |
| 1.2.1 串联质谱 | 第14-16页 |
| 1.3 单点氨基酸多态性(SAP) | 第16-18页 |
| 1.4 本文研究内容 | 第18-20页 |
| 第2章 人类蛋白质变异数据库构建 | 第20-27页 |
| 2.1 SNP数据库 | 第20-21页 |
| 2.1.1 dbSNP数据库 | 第20页 |
| 2.1.2 Ensembl变异数据库 | 第20-21页 |
| 2.2 突变数据库 | 第21-24页 |
| 2.2.1 MS-CanProVar数据库 | 第21-22页 |
| 2.2.2 癌症体细胞突变数据库(COSMIC) | 第22页 |
| 2.2.3 人类蛋白质突变数据库(HPMD) | 第22-23页 |
| 2.2.4 在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM) | 第23页 |
| 2.2.5 MSIPI数据库 | 第23页 |
| 2.2.6 蛋白质突变数据库(PMD) | 第23-24页 |
| 2.2.7 UniProt变异数据库 | 第24页 |
| 2.3 ANNOVAR注释 | 第24-25页 |
| 2.4 人类变异参考数据库构建 | 第25-27页 |
| 第3章 材料与方法 | 第27-39页 |
| 3.1 人类蛋白质组学数据收集 | 第27-28页 |
| 3.2 蛋白质定性分析 | 第28-31页 |
| 3.2.1 TPP | 第28-30页 |
| 3.2.2 并行化程序开发与优化 | 第30页 |
| 3.2.3 高通量自动化蛋白质组学并行分析平台构建 | 第30-31页 |
| 3.3 SAP蛋白鉴定 | 第31-34页 |
| 3.3.1 鸟枪法蛋白质鉴定的质量控制 | 第31-32页 |
| 3.3.2 蛋白质翻译后修饰(PTM) | 第32页 |
| 3.3.3 SAP蛋白鉴定结果质量控制流程 | 第32-34页 |
| 3.4 SAP蛋白功能分析 | 第34-37页 |
| 3.4.1 Gene Ontology | 第34页 |
| 3.4.2 KEGG | 第34-35页 |
| 3.4.3 DAVID | 第35-36页 |
| 3.4.4 GO分析和KEGG分析流程 | 第36-37页 |
| 3.5 dbSAP建立 | 第37-39页 |
| 第4章 鉴定结果 | 第39-47页 |
| 4.1 变异肽段的鉴定 | 第39-42页 |
| 4.2 翻译后修饰-磷酸化影响 | 第42-43页 |
| 4.3 谱图鉴定率增加 | 第43-44页 |
| 4.4 功能富集分析 | 第44-45页 |
| 4.5 dbSAP网站数据导入 | 第45-47页 |
| 第5章 总结和展望 | 第47-49页 |
| 附录一 | 第49-53页 |
| R脚本 | 第49-50页 |
| Python脚本 | 第50-53页 |
| 附录二 | 第53-56页 |
| 附录三 | 第56-58页 |
| 附件四 | 第58-60页 |
| 附录五 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-66页 |
| 后记 | 第66-67页 |