| 摘要 | 第8-11页 |
| ABSTRACT | 第11-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-31页 |
| 1.1 棉纤维发育与纤维品质形成 | 第15-19页 |
| 1.1.1 纤维起始期 | 第16-17页 |
| 1.1.2 纤维伸长期 | 第17页 |
| 1.1.3 过渡期 | 第17-18页 |
| 1.1.4 纤维次生壁合成期 | 第18-19页 |
| 1.1.5 纤维脱水与成熟 | 第19页 |
| 1.2 棉花遗传图谱构建和QTL定位 | 第19-26页 |
| 1.2.1 DNA标记的类型 | 第19-20页 |
| 1.2.2 遗传图谱构建和QTL定位群体 | 第20-21页 |
| 1.2.3 四倍体棉花遗传图谱与QTL定位 | 第21-24页 |
| 1.2.4 关联分析QTL定位 | 第24-25页 |
| 1.2.5 棉花精细定位 | 第25-26页 |
| 1.3 棉花茸毛与纤维品质 | 第26页 |
| 1.4 棉花基因组研究进展 | 第26-28页 |
| 1.5 棉花纤维发育表达谱研究进展 | 第28-30页 |
| 1.6 棉花分子育种存在的问题及应对策略 | 第30-31页 |
| 第二章 陆地棉遗传图谱加密 | 第31-52页 |
| 2.1 引言 | 第31-32页 |
| 2.2 技术路线 | 第32-33页 |
| 2.3 实验材料与方法 | 第33-37页 |
| 2.3.1 实验材料 | 第33页 |
| 2.3.2 棉花基因组提取 | 第33-34页 |
| 2.3.3 SSR引物来源 | 第34页 |
| 2.3.4 SSR反应体系与PCR扩增 | 第34-35页 |
| 2.3.5 PCR产物的电泳及主要相关试剂 | 第35-36页 |
| 2.3.6 遗传连锁图谱构建 | 第36页 |
| 2.3.7 标记位点命名 | 第36-37页 |
| 2.4 结果与分析 | 第37-49页 |
| 2.4.1 引物多态性筛选 | 第37-38页 |
| 2.4.2 重组近交系群体标记基因型检测 | 第38-39页 |
| 2.4.3 遗传图谱构建 | 第39-49页 |
| 2.5 讨论 | 第49-50页 |
| 2.5.1 陆地棉种内遗传差异 | 第49页 |
| 2.5.2 SSR标记检测技术与作图效率 | 第49页 |
| 2.5.3 标记在染色体上分布不均匀 | 第49-50页 |
| 2.5.4 陆地棉种内遗传图谱 | 第50页 |
| 2.6 结论 | 第50-52页 |
| 2.6.1 陆地棉种内遗传背景狭窄 | 第50页 |
| 2.6.2 提高标记分辨率可提高作图效率 | 第50页 |
| 2.6.3 陆地棉种内高密度遗传连锁图 | 第50-52页 |
| 第三章 T_1区域纤维品质性状QTL精细定位 | 第52-76页 |
| 3.1 引言 | 第52-54页 |
| 3.2 技术路线 | 第54-55页 |
| 3.3 材料与方法 | 第55-58页 |
| 3.3.1 亲本材料 | 第55页 |
| 3.3.2 群体构建 | 第55页 |
| 3.3.3 性状调查 | 第55-57页 |
| 3.3.4 DNA提取 | 第57页 |
| 3.3.5 SSR引物的开发 | 第57页 |
| 3.3.6 遗传图谱构建与QTL定位 | 第57-58页 |
| 3.4 结果与分析 | 第58-72页 |
| 3.4.1 茸毛性状的遗传分析 | 第58页 |
| 3.4.2 亲本及F_2群体的纤维品质性状表型分析 | 第58-63页 |
| 3.4.3 T_1区域纤维品质性状QTL初步定位 | 第63-68页 |
| 3.4.4 纤维品质QTL的精细定位 | 第68-69页 |
| 3.4.5 替换作图定位纤维品质QTL | 第69-70页 |
| 3.4.6 纤维品质QTL在棉花参考基因组的物理定位 | 第70-72页 |
| 3.5 讨论 | 第72-74页 |
| 3.5.1 T_1区域存在纤维品质性状主效QTL | 第72-73页 |
| 3.5.2 T_1与纤维品质性状QTL的关系 | 第73页 |
| 3.5.3 T_1区域存在重组抑制 | 第73页 |
| 3.5.4 次级分离群体是精细定位QTL的理想材料 | 第73-74页 |
| 3.5.5 稳定主效QTL是图位克隆和分子标记辅助育种的基础 | 第74页 |
| 3.6 结论 | 第74-76页 |
| 3.6.1 T_1区域存在纤维品质性状主效QTL | 第74页 |
| 3.6.2 T_1位点与纤维品质性状主效QTL为基因连锁关系 | 第74页 |
| 3.6.3 T_1区域存在重组抑制 | 第74-76页 |
| 第四章 纤维品质QTL候选基因鉴定 | 第76-93页 |
| 4.1 引言 | 第76-77页 |
| 4.2 技术路线 | 第77-78页 |
| 4.3 材料与方法 | 第78-81页 |
| 4.3.1 实验材料 | 第78页 |
| 4.3.2 RNA提取 | 第78页 |
| 4.3.3 总RNA样品检测 | 第78页 |
| 4.3.4 文库构建 | 第78-79页 |
| 4.3.5 库检与上机测序 | 第79页 |
| 4.3.6 生物信息分析流程 | 第79-80页 |
| 4.3.7 cDNA合成 | 第80-81页 |
| 4.4 结果与分析 | 第81-89页 |
| 4.4.1 渝棉1号和RIL118的纤维发育观察 | 第81-82页 |
| 4.4.2 测序RNA样品的提取与检测 | 第82-83页 |
| 4.4.3 测序数据质量情况汇总 | 第83页 |
| 4.4.4 Read在参考基因组中的定位 | 第83-85页 |
| 4.4.5 基因表达水平分析 | 第85-86页 |
| 4.4.6 差异基因表达分析 | 第86-87页 |
| 4.4.7 QTL定位区间差异基因筛选 | 第87-88页 |
| 4.4.8 qRT-PCR对QTL定位区间差异基因验证 | 第88-89页 |
| 4.5 讨论 | 第89-91页 |
| 4.5.1 纤维发育早期影响纤维品质 | 第89页 |
| 4.5.2 纤维品质QTL候选基因 | 第89-91页 |
| 4.5.3 精细定位与RNA-seq相结合是QTL候选基因鉴定的新途径 | 第91页 |
| 4.6 结论 | 第91-93页 |
| 4.6.1 早期纤维发育影响棉花最终品质 | 第91页 |
| 4.6.2 三个可能为T_1区域纤维品质QTL候选基因 | 第91页 |
| 4.6.3 精细定位与RNA-seq相结合是鉴定QTL候选基因的重要途径 | 第91-93页 |
| 参考文献 | 第93-113页 |
| 附录 | 第113-119页 |
| 已发表与待发表论文一览表 | 第119-120页 |
| 致谢 | 第120页 |
