| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第1章 文献综述 | 第11-16页 |
| 1.1 果树自交不亲和S基因研究进展 | 第11-12页 |
| 1.1.1 果树花柱S基因的研究进展 | 第11-12页 |
| 1.1.2 果树花粉S基因的研究进展 | 第12页 |
| 1.2 介导SI反应的其他因子 | 第12-13页 |
| 1.3 miRNA研究进展 | 第13-14页 |
| 1.3.1 miRNA的形成 | 第13页 |
| 1.3.2 miRNA调控方式 | 第13-14页 |
| 1.3.3 转录组测序技术研究植物miRNA | 第14页 |
| 1.4 柚类自交不亲和研究进展 | 第14-15页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第15-16页 |
| 第2章 材料与方法 | 第16-24页 |
| 2.1 | 第16-17页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第16页 |
| 2.1.2 试剂 | 第16页 |
| 2.1.3 主要仪器设备 | 第16页 |
| 2.1.4 RT-PCR引物 | 第16-17页 |
| 2.1.5 使用的数据库和软件 | 第17页 |
| 2.2 实验方法 | 第17-19页 |
| 2.2.1 花柱总RNA的提取 | 第17-18页 |
| 2.2.2 小分子RNA文库的构建 | 第18页 |
| 2.2.3 信息分析流程简介 | 第18-19页 |
| 2.3 深度测序结果的生物信息学分析 | 第19-22页 |
| 2.3.1 序列测序质量的初步分析 | 第19页 |
| 2.3.2 花柱中miRNA的鉴定 | 第19-20页 |
| 2.3.3 miRNA差异表达分析 | 第20-21页 |
| 2.3.4 miRNA靶基因的预测 | 第21页 |
| 2.3.5 靶基因GO功能注释 | 第21-22页 |
| 2.3.6 靶基因KEGG代谢通路分析 | 第22页 |
| 2.4 荧光定量PCR检测miRNA | 第22-24页 |
| 2.4.1 cDNA第一链的合成 | 第22-23页 |
| 2.4.2 荧光定量PCR检测 | 第23-24页 |
| 第3章 结果分析 | 第24-59页 |
| 3.1 序列分析 | 第24-32页 |
| 3.1.1 测序数据统计 | 第24-25页 |
| 3.1.2 small RNA片段长度分布统计 | 第25-26页 |
| 3.1.3 基因组比对 | 第26-28页 |
| 3.1.4 sRNA分类注释 | 第28-29页 |
| 3.1.5 新miRNA预测 | 第29-30页 |
| 3.1.6 已知miRNA的家族分析 | 第30页 |
| 3.1.7 miRNA靶基因的预测 | 第30-32页 |
| 3.2 沙田柚花柱已知miRNA的鉴定 | 第32页 |
| 3.3 沙田柚花柱新的miRNA鉴定 | 第32-33页 |
| 3.4 自交与异交花柱间差异表达的已知和新miRNA分析 | 第33-36页 |
| 3.5 自交和异交上调或下调差异表达miRNA分析 | 第36-38页 |
| 3.6 靶基因的预测及功能分析 | 第38-39页 |
| 3.7 与自交不亲和相关miRNA及靶基因 | 第39-45页 |
| 3.8 在自交和异交花柱特有差异表达miRNA及其靶基因功能 | 第45-53页 |
| 3.9 差异表达miRNA的qRT-PCR分析 | 第53-59页 |
| 3.9.1 候选miRNA荧光定量PCR | 第53页 |
| 3.9.2 Actin和miRNA加尾反转录产物扩增的熔解曲线 | 第53-56页 |
| 3.9.3 候选miRNA相对表达量 | 第56-59页 |
| 第4章 讨论 | 第59-64页 |
| 4.1 深度测序挖掘miRNA | 第59页 |
| 4.2 差异表达miRNA与沙田柚自交不亲和 | 第59-60页 |
| 4.3 与自交不亲和相关的代谢通路 | 第60-61页 |
| 4.4 miRNA参与调控沙田柚自交不亲和反应 | 第61-64页 |
| 第5章 结论与展望 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-77页 |
| 攻读硕士学位期间发表论文情况 | 第77-78页 |
| 致谢 | 第78-79页 |
