| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 第一章 绪论 | 第13-26页 |
| 1.1 引言 | 第13-14页 |
| 1.2 研究背景 | 第14-15页 |
| 1.3 国内外研究近况 | 第15-24页 |
| 1.3.1 关于毛竹的研究 | 第15-17页 |
| 1.3.2 组蛋白修饰分布及功能概况 | 第17-20页 |
| 1.3.3 关于ChIP技术和其他技术的联合应用 | 第20-21页 |
| 1.3.4 新一代测序技术 | 第21-23页 |
| 1.3.5 ChIP-seq实验数据的分析软件介绍 | 第23-24页 |
| 1.4 研究目的和意义 | 第24页 |
| 1.5 实验的主要方法和技术路线 | 第24-26页 |
| 1.5.1 实验方法 | 第24-25页 |
| 1.5.2 实验设计路线图 | 第25-26页 |
| 第二章 ChIP-seq实验 | 第26-50页 |
| 2.1 取样地概况 | 第26页 |
| 2.2 实验材料准备 | 第26-27页 |
| 2.3 ChIP实验所需药品试剂和仪器的准备 | 第27-30页 |
| 2.4 毛竹笋尖和鞭笋尖ChIP实验操作步骤 | 第30-37页 |
| 2.4.1 笋尖和鞭笋尖组织的甲醛固定 | 第31-32页 |
| 2.4.2 细胞核的提取 | 第32页 |
| 2.4.3 染色质破碎 | 第32-33页 |
| 2.4.4 免疫沉淀实验 | 第33-34页 |
| 2.4.5 解交联 | 第34页 |
| 2.4.6 DNA片段的抽提 | 第34-35页 |
| 2.4.7 实验结果分析和实验过程的重点步骤总结 | 第35-37页 |
| 2.5 ChIP-seq上机文库构建 | 第37-44页 |
| 2.5.1 末端修复 | 第37-38页 |
| 2.5.2 DNA3'末端加A尾巴 | 第38-39页 |
| 2.5.3 添加测序接头 | 第39-40页 |
| 2.5.4 纯化连接产物 | 第40-42页 |
| 2.5.5 富集DNA片段 | 第42-43页 |
| 2.5.6 实验结果分析 | 第43-44页 |
| 2.6 Snyder实验室的ChIP-seq上机文库构建的方法的初步尝试 | 第44-48页 |
| 2.6.1 末端修复 | 第45-46页 |
| 2.6.2 DNA3'末端加A尾巴 | 第46页 |
| 2.6.3 接头连接 | 第46页 |
| 2.6.4 琼脂糖凝胶筛选除去多余的接头 | 第46-47页 |
| 2.6.5 用Illumina引物PCR扩增 | 第47-48页 |
| 2.6.6 2%琼脂糖凝胶上进行分子量筛选 | 第48页 |
| 2.7 两种建库方法的简单比较 | 第48-50页 |
| 第三章 实验数据生物信息学分析 | 第50-55页 |
| 3.1 生成reads | 第50-51页 |
| 3.2 原始序列对比 | 第51-52页 |
| 3.3 识别组蛋白的结合峰 | 第52-55页 |
| 第四章 实验数据结果分析 | 第55-69页 |
| 4.1 对组蛋白修饰图谱的分析 | 第55-56页 |
| 4.2 对差异基因统计分析 | 第56-60页 |
| 4.3 GO分析 | 第60-67页 |
| 4.3.1 笋尖H3K27me3修饰的基因生物过程GO分析 | 第61-63页 |
| 4.3.2 笋尖H3K27me3修饰的基因细胞组成GO分析 | 第63页 |
| 4.3.3 笋尖H3K27me3修饰的基因分子功能GO分析 | 第63-64页 |
| 4.3.4 鞭笋尖H3K27me3修饰的基因生物过程GO分析 | 第64-66页 |
| 4.3.5 鞭笋尖H3K27me3修饰的基因细胞组成GO分析 | 第66-67页 |
| 4.3.6 鞭笋尖H3K27me3修饰的基因分子功能GO分析 | 第67页 |
| 4.4 对于个别重点基因的分析: | 第67-69页 |
| 第五章 结论与展望 | 第69-71页 |
| 5.1 实验总结与创新之处 | 第69页 |
| 5.2 尚待解决问题 | 第69-70页 |
| 5.3 展望 | 第70-71页 |
| 参考文献 | 第71-74页 |
| 攻读学位期间的学术论文与研究成果 | 第74-75页 |
| 致谢 | 第75页 |
