| 摘要 | 第5-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-14页 |
| 1.1 研究背景 | 第10-11页 |
| 1.2 细菌基因预测及注释 | 第11-12页 |
| 1.3 本文结构 | 第12-14页 |
| 第二章 细菌基因识别算法ZCURVE3.0 | 第14-21页 |
| 2.1 引言 | 第14-15页 |
| 2.2 细菌基因识别算法ZCURVE3.0 的理论 | 第15-20页 |
| 2.3 ZCURVE3.0 的基因识别效果 | 第20-21页 |
| 第三章 BAGA细菌基因注释系统的研发 | 第21-38页 |
| 3.1 引言 | 第21-22页 |
| 3.2 细菌蛋白质功能注释的参考数据集 | 第22-24页 |
| 3.2.1 注释比对数据集的预处理 | 第22-24页 |
| 3.2.2 建立本地BLAST数据库 | 第24页 |
| 3.3 ZCURVE3.0 的可视化实现 | 第24-31页 |
| 3.3.1 ZCURVE3.0 预测结果优化 | 第24-29页 |
| 3.3.2 蛋白质编码基因注释功能 | 第29-30页 |
| 3.3.3 BAGA预测的结果分析 | 第30-31页 |
| 3.4 ZCURVE3.0 和Prodigal联合使用的探索 | 第31-36页 |
| 3.4.1 Prodigal基因预测软件的介绍 | 第31-32页 |
| 3.4.2 ZCURVE3.0 和Prodigal联合预测的方法 | 第32-33页 |
| 3.4.3 BAGA2.0 预测的参数筛选 | 第33-34页 |
| 3.4.4 BAGA2.0 预测的效果讨论 | 第34-36页 |
| 3.5 本章小结 | 第36-38页 |
| 第四章 BAGA识别系统的集成和功能实现 | 第38-48页 |
| 4.1 引言 | 第38-39页 |
| 4.2 基因识别系统功能和结构 | 第39-46页 |
| 4.2.1 识别系统预测基因的实现 | 第39-40页 |
| 4.2.2 根据预测基因注释其功能的实现 | 第40-43页 |
| 4.2.3 基因识别系统的结构 | 第43-45页 |
| 4.2.4 集成Zisland Explorer预测功能 | 第45-46页 |
| 4.3 网络下载 | 第46-47页 |
| 4.4 本章小结 | 第47-48页 |
| 第五章 本文总结和展望 | 第48-50页 |
| 5.1 全文总结 | 第48-49页 |
| 5.2 未来工作展望 | 第49-50页 |
| 致谢 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-55页 |
| 附录 | 第55-59页 |
| 攻读硕士学位期间取得的成果 | 第59-60页 |
