| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-8页 |
| 第1章 绪论 | 第8-15页 |
| ·研究背景 | 第8-10页 |
| ·研究目的和意义 | 第10页 |
| ·研究内容、方法和技术路线 | 第10-13页 |
| ·本文的主要贡献 | 第13-15页 |
| 第2章 相关理论与文献综述 | 第15-35页 |
| ·相关理论 | 第15-27页 |
| ·基本概念与术语 | 第15-16页 |
| ·光学图谱 | 第16-17页 |
| ·序列比对算法 | 第17-20页 |
| ·隐马尔科夫模型 | 第20-27页 |
| ·文献综述 | 第27-35页 |
| ·基因组结构变异的研究内容 | 第28-30页 |
| ·基因组结构变异的检测方法 | 第30-33页 |
| ·隐马尔科夫模型在生物信息学中的应用 | 第33-35页 |
| 第3章 基于光学图谱数据模型的理论分析与模型构建 | 第35-45页 |
| ·基因组光学图谱数据 | 第35-38页 |
| ·光学图谱数据 | 第35-36页 |
| ·光学图谱数据的误差 | 第36-38页 |
| ·基因组光学图谱误差数据的建模 | 第38-41页 |
| ·模型的假设 | 第38-39页 |
| ·光学图谱数据误差模型 | 第39-41页 |
| ·光学图谱数据拷贝数建模 | 第41-45页 |
| ·光学图谱数据拷贝数建模的背景 | 第41页 |
| ·模型的简化 | 第41-43页 |
| ·光学图谱数据拷贝数建模 | 第43-45页 |
| 第4章 基于光学图谱模型对基因组结构变异的实证研究 | 第45-59页 |
| ·数据的来源 | 第45页 |
| ·光学图谱数据的拼装与比对 | 第45-48页 |
| ·光学图谱数据的拼装 | 第45-47页 |
| ·光学图谱数据的比对 | 第47-48页 |
| ·对隐马尔科夫模型算法的应用 | 第48-51页 |
| ·隐马尔科夫模型的计算 | 第48-49页 |
| ·Baum-Welch算法的应用 | 第49-51页 |
| ·软件与代码 | 第51-52页 |
| ·基于光学图谱模型的结构变异结果分析 | 第52-57页 |
| ·基因组结构变异汇总 | 第52-53页 |
| ·基于隐马尔科夫模型的基因组拷贝数多态性的检测 | 第53-57页 |
| ·基于光学图谱模型的结构变异结果讨论 | 第57-59页 |
| 第5章 总结与展望 | 第59-61页 |
| 致谢 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-68页 |
| 附录 | 第68-74页 |