| 摘要 | 第1-12页 |
| Abstract | 第12-16页 |
| 缩略词表 | 第16-18页 |
| 第一章 研究背景与立题依据 | 第18-30页 |
| ·研究背景 | 第18-27页 |
| ·海洋氮循环简介 | 第18页 |
| ·海洋硫循环简介 | 第18-20页 |
| ·细菌的肽转运系统简介 | 第20-22页 |
| ·肽转运系统在海洋细菌中的重要作用 | 第20页 |
| ·细菌肽转运系统的分类 | 第20-21页 |
| ·细菌肽转运系统中底物结合蛋白(OppA/DppA)的底物特异性 | 第21-22页 |
| ·海洋中的氧化三甲胺(TMAO)和三甲胺(TMA) | 第22-25页 |
| ·TMAO和TMA在海洋氮循环中的重要作用 | 第22-23页 |
| ·海洋细菌中渗透保护剂类小分子的转运系统 | 第23-24页 |
| ·黄素单加氧酶简介 | 第24页 |
| ·细菌中TMA单加氧酶(Tmm)在海洋氮循环中的重要作用 | 第24-25页 |
| ·Tmm的催化机制研究 | 第25页 |
| ·海洋中的二甲基巯基丙酸内盐(DMSP)和二甲基硫(DMS) | 第25-27页 |
| ·DMSP和DMS在海洋硫循环中的重要作用 | 第25-26页 |
| ·海洋细菌对DMSP的降解 | 第26-27页 |
| ·立题依据与研究内容 | 第27-30页 |
| ·立题依据 | 第27-29页 |
| ·研究内容 | 第29-30页 |
| 第二章 深海适冷菌Pseudoalteromonas sp.SM9913对二肽分子多重特异性识别的分子机制研究 | 第30-50页 |
| ·引言 | 第30页 |
| ·材料与方法 | 第30-34页 |
| ·菌株和载体 | 第30-31页 |
| ·主要药品和试剂盒 | 第31页 |
| ·主要仪器设备 | 第31页 |
| ·主要分析软件 | 第31页 |
| ·基因克隆及突变体构建 | 第31-32页 |
| ·蛋白异源表达及纯化 | 第32-33页 |
| ·等温滴定量热(ITC)分析 | 第33页 |
| ·蛋白结晶及数据收集 | 第33页 |
| ·晶体结构解析及数据提交 | 第33-34页 |
| ·蛋白质二级结构分析 | 第34页 |
| ·结果与分析 | 第34-48页 |
| ·Ps.sp.SM9913 DppA的底物特异性分析 | 第34-36页 |
| ·Ps.sp.SM9913 DppA的整体结构分析 | 第36-39页 |
| ·Ps.sp.SM9913 DppA与底物相互作用的结构分析 | 第39-42页 |
| ·Ps.sp.SM9913 DppA与底物相互作用的突变分析 | 第42-45页 |
| ·Ps.sp.SM9913 DppA对二肽底物多重特异性识别的分子机制 | 第45-48页 |
| ·讨论 | 第48-49页 |
| ·结论 | 第49-50页 |
| 第三章 海洋细菌识别氧化三甲胺(TMAO)的分子机制研究 | 第50-69页 |
| ·引言 | 第50页 |
| ·材料与方法 | 第50-54页 |
| ·菌株和载体 | 第50-51页 |
| ·主要药品和试剂盒 | 第51页 |
| ·主要仪器设备 | 第51页 |
| ·主要分析软件 | 第51页 |
| ·基因克隆及突变体构建 | 第51页 |
| ·蛋白异源表达及纯化 | 第51-52页 |
| ·等温滴定量热(ITC)分析 | 第52页 |
| ·蛋白结晶及数据收集 | 第52页 |
| ·晶体结构解析及数据提交 | 第52-53页 |
| ·金属离子检测 | 第53页 |
| ·荧光光谱检测 | 第53页 |
| ·差示扫描量热(DSC)分析 | 第53页 |
| ·蛋白质二级结构分析 | 第53-54页 |
| ·结果与讨论 | 第54-68页 |
| ·TmoX的底物特异性分析 | 第54-55页 |
| ·TmoX的整体结构分析 | 第55-59页 |
| ·TmoX中Ca~(2+)作用的分析 | 第59-61页 |
| ·TmoX在结合TMAO前后的构象变化 | 第61-62页 |
| ·组成TmoX底物结合口袋的氨基酸残基的重要作用 | 第62-64页 |
| ·TmoX对TMAO的识别机制在海洋细菌中的普遍性分析 | 第64-65页 |
| ·TmoX结合TMAO的方式与其他Cbc型底物结合蛋白结合方式的比较 | 第65-67页 |
| ·TmoX结合TMAO的方式与TorT结合TMAO方式的比较 | 第67-68页 |
| ·结论 | 第68-69页 |
| 第四章 海洋细菌中TMA单加氧酶Tmm氧化TMA生成TMAO的分子机制研究 | 第69-85页 |
| ·引言 | 第69页 |
| ·材料与方法 | 第69-72页 |
| ·菌株和载体 | 第69页 |
| ·主要药品和试剂盒 | 第69-70页 |
| ·主要仪器设备 | 第70页 |
| ·主要分析软件 | 第70页 |
| ·基因克隆及突变体构建 | 第70页 |
| ·蛋白异源表达及纯化 | 第70页 |
| ·基本酶学性质分析 | 第70-71页 |
| ·蛋白结晶及数据收集 | 第71页 |
| ·晶体结构解析及数据提交 | 第71-72页 |
| ·结果与讨论 | 第72-83页 |
| ·Tmm的基本酶学性质分析 | 第72-73页 |
| ·Tmm的整体结构分析 | 第73-75页 |
| ·Tmm的底物进入通道分析 | 第75-77页 |
| ·Tmm催化反应氧化半反应中NADP~+的构象变化分析 | 第77-80页 |
| ·Tmm催化TMA产生TMAO的分子机制 | 第80-81页 |
| ·Tmm氧化TMA的分子机制在细菌中的普遍性分析 | 第81-83页 |
| ·讨论 | 第83-84页 |
| ·结论 | 第84-85页 |
| 第五章 海洋细菌中DMSP裂解酶DddQ裂解DMSP产生DMS的分子机制研究 | 第85-101页 |
| ·引言 | 第85页 |
| ·材料与方法 | 第85-88页 |
| ·菌株和载体 | 第85-86页 |
| ·主要药品和试剂盒 | 第86页 |
| ·主要仪器设备 | 第86页 |
| ·主要分析软件 | 第86页 |
| ·基因克隆及突变体构建 | 第86页 |
| ·蛋白异源表达及纯化 | 第86页 |
| ·基本酶学性质分析 | 第86-87页 |
| ·蛋白结晶及数据收集 | 第87页 |
| ·晶体结构解析及数据提交 | 第87页 |
| ·金属离子检测 | 第87-88页 |
| ·蛋白质二级结构分析 | 第88页 |
| ·结果与讨论 | 第88-99页 |
| ·DddQ的基本酶学性质分析 | 第88-89页 |
| ·DddQ的整体结构分析 | 第89-92页 |
| ·DddQ中两段卷曲(Lys74-Thr78和Asn184-Arg188)在底物进入过程中的门控作用分析 | 第92-94页 |
| ·DddQ催化中心中关键亲水氨基酸作用分析 | 第94-97页 |
| ·DddQ裂解DMSP的分子机制 | 第97-99页 |
| ·结论 | 第99-101页 |
| 全文总结及展望 | 第101-102页 |
| 参考文献 | 第102-116页 |
| 在读期间发表论文及主要获奖情况 | 第116-118页 |
| 致谢 | 第118-119页 |
| 附件 | 第119-145页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第145页 |
