| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-14页 |
| ·研究背景 | 第9页 |
| ·国内外研究现状 | 第9-11页 |
| ·研究目的及意义 | 第11-13页 |
| ·内容和论文结构 | 第13-14页 |
| 第二章 生物序列比对技术 | 第14-27页 |
| ·序列比对的基本概念 | 第14-15页 |
| ·参考基因组和短序列片段 | 第15-16页 |
| ·评价指标 | 第16页 |
| ·序列比对方法 | 第16-18页 |
| ·全局比对与局部比对 | 第16-17页 |
| ·双序列比对与多序列比对 | 第17-18页 |
| ·主要的比对策略 | 第18-25页 |
| ·基于哈希表的比对策略 | 第18-21页 |
| ·基本思想 | 第18-20页 |
| ·主要的比对工具或算法 | 第20-21页 |
| ·基于FM-index的比对策略 | 第21-25页 |
| ·基本思想 | 第21-24页 |
| ·主要的比对工具或算法 | 第24-25页 |
| ·SOAP2 与其它比对工具的比较 | 第25-26页 |
| ·小结 | 第26-27页 |
| 第三章 SOAP2 在龙芯平台的移植和优化方法 | 第27-36页 |
| ·移植及优化方案 | 第27页 |
| ·使用龙芯多媒体指令进行移植优化 | 第27-31页 |
| ·龙芯多媒体指令概述 | 第27-28页 |
| ·移植和优化详情 | 第28-30页 |
| ·实验平台和测试集 | 第30页 |
| ·优化实验结果及分析 | 第30-31页 |
| ·使用线程池进行优化 | 第31-34页 |
| ·线程池的基本概念 | 第31-32页 |
| ·移植和优化详情 | 第32-33页 |
| ·实验平台和测试集 | 第33页 |
| ·优化实验结果及分析 | 第33-34页 |
| ·其它优化方法 | 第34-35页 |
| ·小结 | 第35-36页 |
| 第四章 基于分治的BWT搜索算法 | 第36-49页 |
| ·SOAP2 现有的BWT算法 | 第36-38页 |
| ·基于分治的BWT搜索算法 | 第38-48页 |
| ·算法基本思想 | 第38-41页 |
| ·精确比对算法 | 第41-42页 |
| ·允许一个失配的比对算法 | 第42-44页 |
| ·允许两个失配的比对算法 | 第44-45页 |
| ·序列比对工具实现及性能数据对比分析 | 第45-48页 |
| ·实现描述 | 第45页 |
| ·实验平台及数据集 | 第45-46页 |
| ·实验结果及数据对比分析 | 第46-48页 |
| ·基于分治的BWT算法与SOAP2 现有的BWT算法对比 | 第48页 |
| ·小结 | 第48-49页 |
| 第五章 总结和展望 | 第49-51页 |
| ·总结 | 第49-50页 |
| ·工作展望 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-55页 |
| 致谢 | 第55-56页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第56-57页 |