| 致谢 | 第1-10页 |
| 摘要 | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-31页 |
| 1 基因芯片技术及其应用与发展 | 第11-21页 |
| ·基因芯片技术 | 第11-12页 |
| ·基因芯片技术的概念 | 第11-12页 |
| ·基因芯片技术的原理 | 第12页 |
| ·基因芯片的分类 | 第12页 |
| ·基因芯片技术的操作流程 | 第12-15页 |
| ·基因芯片的设计 | 第13页 |
| ·载体材料的预处理 | 第13页 |
| ·基因芯片的制备 | 第13-14页 |
| ·原位合成法 | 第13-14页 |
| ·合成点样法 | 第14页 |
| ·靶基因的制备和标记 | 第14页 |
| ·芯片的杂交反应 | 第14-15页 |
| ·杂交信号的扫描和分析 | 第15页 |
| ·基因芯片检测技术的应用 | 第15-20页 |
| ·单核苷酸多态性（SNP）的鉴定 | 第15页 |
| ·基因表达分析 | 第15-16页 |
| ·克隆选择及文库筛选 | 第16页 |
| ·基因突变检测及在遗传病和肿瘤诊断中的应用 | 第16-17页 |
| ·在微生物检测中的应用 | 第17-18页 |
| ·研究病毒的抗药和致病机制 | 第17页 |
| ·对病原体进行鉴定和分型 | 第17-18页 |
| ·研究宿主与病原体的相互影响 | 第18页 |
| ·在药物研究中的应用 | 第18-20页 |
| ·发现药物靶标 | 第18页 |
| ·筛选新药 | 第18-19页 |
| ·在毒理学研究中的应用 | 第19页 |
| ·指导临床合理用药 | 第19页 |
| ·在中医药研究中的应用 | 第19-20页 |
| ·基因芯片技术的发展前景 | 第20-21页 |
| 2 致病菌检测技术的研究进展 | 第21-31页 |
| ·传统的鉴定方法 | 第21-24页 |
| ·菌落形态学观察 | 第21页 |
| ·细菌个体形态学观察 | 第21-22页 |
| ·生化试验 | 第22页 |
| ·常规血清学检测技术及免疫标记检测技术 | 第22-24页 |
| ·常规血清学检测技术 | 第22页 |
| ·酶标法（ELISA） | 第22-23页 |
| ·磁珠法(immunomagnetie separation，IMS) | 第23页 |
| ·金标法(immunogold labelling technique) | 第23页 |
| ·酶联荧光法（VIDAS） | 第23页 |
| ·免疫印迹法（immunoblot assay） | 第23-24页 |
| ·细菌毒力的测定 | 第24页 |
| ·自动化微生物分析仪 | 第24页 |
| ·分子生物学技术 | 第24-31页 |
| ·G-C mol%含量 | 第25页 |
| ·质粒图谱分析法（Plasmid profile analysis，PPA） | 第25-26页 |
| ·PCR 技术 | 第26页 |
| ·核酸杂交技术 | 第26-27页 |
| ·限制性核酸内切酶分析法 | 第27页 |
| ·rDNA 鉴定法 | 第27-31页 |
| ·16S rRNA 基因 | 第28-29页 |
| ·23S rRNA 基因 | 第29页 |
| ·16S-23S rRNA 基因间区 | 第29-31页 |
| 第二章 试验研究 | 第31-49页 |
| 试验一 六种猪常见致病菌基因芯片的构建 | 第31-42页 |
| 1 引言 | 第31页 |
| 2 材料与方法 | 第31-36页 |
| ·材料 | 第31-32页 |
| ·参考标准菌株 | 第31-32页 |
| ·主要试剂 | 第32页 |
| ·主要仪器 | 第32页 |
| ·芯片材料 | 第32页 |
| ·方法 | 第32-36页 |
| ·细菌的培养 | 第32-33页 |
| ·模板的制备及注意事项 | 第33-34页 |
| ·提取细菌基因组 DNA | 第33页 |
| ·提取过程中的注意事项 | 第33-34页 |
| ·探针的设计 | 第34页 |
| ·探针的合成 | 第34页 |
| ·寡核苷酸芯片的制备 | 第34页 |
| ·芯片阵列的设计 | 第34页 |
| ·芯片的点样及处理 | 第34页 |
| ·引物的设计合成和靶序列扩增 | 第34-35页 |
| ·靶标的检测 | 第35页 |
| ·基因芯片的杂交 | 第35页 |
| ·基因芯片的洗涤和干燥 | 第35页 |
| ·基因芯片的扫描及扫描结果判定依据 | 第35-36页 |
| 3 结果 | 第36-39页 |
| ·引物设计结果及其通用性检测 | 第36-37页 |
| ·探针特异性检测 | 第37-39页 |
| ·不对称 PCR 和引物比例的优化 | 第39页 |
| 4 讨论 | 第39-42页 |
| 试验二 基因芯片杂交条件的优化 | 第42-49页 |
| 1 材料与方法 | 第42-45页 |
| ·材料 | 第42-43页 |
| ·标准菌株 | 第42页 |
| ·主要试剂 | 第42页 |
| ·主要仪器 | 第42-43页 |
| ·芯片材料 | 第43页 |
| ·方法 | 第43-44页 |
| ·细菌的培养 | 第43页 |
| ·模板的制备 | 第43页 |
| ·使用的探针 | 第43页 |
| ·芯片的点样及处理 | 第43-44页 |
| ·靶序列扩增 | 第44页 |
| ·基因芯片的杂交 | 第44页 |
| ·基因芯片的洗涤和干燥 | 第44页 |
| ·基因芯片的扫描及扫描结果分析 | 第44页 |
| ·杂交条件优化 | 第44-45页 |
| ·探针间隔臂（spacer）的优化 | 第44页 |
| ·杂交温度的优化 | 第44-45页 |
| ·杂交时间的优化 | 第45页 |
| ·靶标浓度的优化 | 第45页 |
| 2 结果 | 第45-47页 |
| ·有无间隔臂（spacer）对杂交结果的影响 | 第45页 |
| ·不同杂交温度对杂交结果的影响 | 第45-46页 |
| ·不同杂交时间对杂交信号的影响 | 第46-47页 |
| ·不同靶标浓度对杂交信号的影响 | 第47页 |
| 3 讨论 | 第47-48页 |
| 4 全文总结与创新点 | 第48-49页 |
| ·全文总结 | 第48页 |
| ·本研究的创新点 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-59页 |
| ABSTRACT | 第59-61页 |
| 发表论文 | 第61-62页 |
| 附录 | 第62-64页 |
| 附录 1：主要培养基和溶液的配制 | 第62-63页 |
| 附录 2：缩略词 | 第63-64页 |
