| 中文摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 第一章 序言 | 第10-13页 |
| ·精氨酸在蛋白质中的作用 | 第10-11页 |
| ·精氨酸-精氨酸二聚体的相互作用在蛋白质中的相关研究 | 第11-12页 |
| ·本论文设计 | 第12-13页 |
| 第二章 研究方法 | 第13-16页 |
| ·包含色散作用的密度泛函方法（DFT-D） | 第13-14页 |
| ·ADF 能量分解计算 | 第14-16页 |
| 第三章 介电常数对精氨酸-精氨酸二聚体稳定性的影响 | 第16-31页 |
| ·引言 | 第16页 |
| ·计算方法 | 第16-17页 |
| ·结果与讨论 | 第17-29页 |
| ·精氨酸-精氨酸二聚体在 PDB 中的统计结果 | 第17-20页 |
| ·精氨酸-精氨酸二聚体周围蛋白质环境分析 | 第20页 |
| ·精氨酸-精氨酸二聚体的结构优化以及能量计算分析 | 第20-29页 |
| ·本章小结 | 第29-31页 |
| 第四章 酸性氨基酸对精氨酸-精氨酸二聚体的稳定作用 | 第31-38页 |
| ·引言 | 第31-32页 |
| ·计算方法 | 第32页 |
| ·结果与讨论 | 第32-36页 |
| ·精氨酸-精氨酸二聚体周围水分子以及氨基酸出现频率的统计 | 第32-33页 |
| ·酸性氨基酸与精氨酸-精氨酸二聚体相互作用的计算 | 第33-36页 |
| ·本章小结 | 第36-38页 |
| 第五章 精氨酸-精氨酸二聚体和精氨酸-精氨酸-天冬氨酸/谷氨酸三聚体相互作用能的分解 | 第38-45页 |
| ·引言 | 第38页 |
| ·计算方法 | 第38-39页 |
| ·结果与讨论 | 第39-43页 |
| ·ADF 和 Gaussian09 研究精氨酸-精氨酸二聚体和精氨酸-精氨酸-天冬氨酸/谷氨酸三聚体相互作用的能量比较 | 第40-42页 |
| ·ADF 对精氨酸-精氨酸二聚体和精氨酸-精氨酸-天冬氨酸/谷氨酸三聚体相互作用能的分解 | 第42-43页 |
| ·本章小结 | 第43-45页 |
| 第六章 全文总结 | 第45-48页 |
| ·介电常数对精氨酸-精氨酸二聚体稳定性影响研究小结 | 第45-46页 |
| ·酸性氨基酸对精氨酸-精氨酸二聚体稳定性影响研究小结 | 第46页 |
| ·精氨酸-精氨酸二聚体和精氨酸-精氨酸-天冬氨酸/谷氨酸三聚体相互作用能的能量分解研究小结 | 第46-48页 |
| 参考文献 | 第48-59页 |
| 攻读学位期间本人出版或公开发表的论著、论文 | 第59-61页 |
| 附录一 精氨酸-精氨酸二聚体在不同溶剂中的优化结构图以及相互作用能的能量表 | 第61-66页 |
| 附录二 精氨酸-精氨酸-天冬氨酸/谷氨酸三聚体在不同溶剂中的优化结构以相互作用能的能量表 | 第66-71页 |
| 附录三 精氨酸-精氨酸二聚体和精氨酸-精氨酸-天冬氨酸/谷氨酸三聚体相互作用能分解的能量表 | 第71-76页 |
| 致谢 | 第76-77页 |
