| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| Chapter 1. Introduction | 第10-43页 |
| ·Some basic aspects of proteins and protein structures | 第10-12页 |
| ·Molecular Modeling | 第12-25页 |
| ·Energy Landscape | 第12页 |
| ·Potential Energy functions | 第12-20页 |
| ·Molecular Mechanics Force Fields | 第12-14页 |
| ·Implicit Solvent model and GB/SA model | 第14-18页 |
| ·Knowledge-based Potential | 第18-20页 |
| ·Conformational sampling | 第20-25页 |
| ·Molecular dynamics simulations | 第20-21页 |
| ·Improvement of Conformational Space Sampling | 第21-22页 |
| ·Genetic and Evolutionary algorithms | 第22-25页 |
| ·Applications | 第25-33页 |
| ·CASP and Protein structure prediction | 第25-27页 |
| ·Protein-protein Docking | 第27-29页 |
| ·Structure-based Drug Discovery | 第29-33页 |
| ·Ligand Docking | 第30-32页 |
| ·Structure-based De Novo Ligand Design | 第32-33页 |
| ·Outline of this Thesis | 第33-43页 |
| Chapter 2. Genetic algorithms for protein conformation sampling and optimization in a discrete backbone dihedral angle space | 第43-67页 |
| ·Introduction | 第44-47页 |
| ·Materials and Methods | 第47-54页 |
| ·Results and discussions | 第54-61页 |
| ·Conclusions | 第61-67页 |
| Chapter 3. Separated treatments of local and non-local interactions in statistical distance-dependent, pair-wise potentials | 第67-83页 |
| ·Introduction | 第68-70页 |
| ·Materials and Methods | 第70-73页 |
| ·Results and discussions | 第73-79页 |
| ·Conclusions | 第79-83页 |
| Chapter 4. Structural basis for SUMO-E2 interaction revealed by a complex model using Docking approach in combination with NMR data | 第83-104页 |
| ·Introduction | 第84-86页 |
| ·Materials and Methods | 第86-89页 |
| ·Results and discussions | 第89-97页 |
| ·Conclusions | 第97-104页 |
| Chapter 5. Developments on DycoBlock Package | 第104-109页 |
| ·Introduction | 第104-105页 |
| ·Methods and Results | 第105-109页 |
| ·Graphical User Interface | 第105-107页 |
| ·Inclusion of the Solvent Effect using GBSA | 第107-109页 |
| List of Related Publications | 第109-110页 |
| Curriculum Vitae (CV) | 第110-112页 |
| 致谢 | 第112页 |
