| 第1章 引言 | 第1-16页 |
| ·课题的目的和意义 | 第10-11页 |
| ·国际国内研究现状和进展 | 第11-15页 |
| ·转录因子结合位点的预测 | 第11-13页 |
| ·转录调控网络的研究 | 第13-15页 |
| ·论文主要内容 | 第15-16页 |
| 第2章 出现频率高的转录因子结合位点的识别算法研究 | 第16-42页 |
| ·材料与方法 | 第18-30页 |
| ·测试序列集 | 第18-19页 |
| ·对照序列的选取 | 第19-20页 |
| ·位置权重矩阵 | 第20页 |
| ·矩阵相似度打分的计算 | 第20-22页 |
| ·相似度分布的统计 | 第22-23页 |
| ·对称矩阵的识别 | 第23-25页 |
| ·对称矩阵相似度分布 | 第25页 |
| ·识别出现频率高的转录因子结合位点 | 第25-28页 |
| ·和已有预测算法结果的比较 | 第28-30页 |
| ·结果与讨论 | 第30-40页 |
| ·出现频率高的序列片段及其对应的转录因子 | 第30-35页 |
| ·与MEME算法预测结果的比较 | 第35-39页 |
| ·出现频率高的转录因子结合位点预测软件 | 第39-40页 |
| ·小结 | 第40-42页 |
| 第3章 真核生物组合调控模式的研究 | 第42-77页 |
| ·本章引论 | 第42-44页 |
| ·材料与方法 | 第44-56页 |
| ·数据来源 | 第44-45页 |
| ·基因表达谱预处理 | 第45页 |
| ·转录模块活性的概率模型 | 第45-47页 |
| ·用EM算法估计每个模块的参数 | 第47-50页 |
| ·EM算法初始值的选取 | 第50-51页 |
| ·模型的评估 | 第51-52页 |
| ·转录模块活性的推导 | 第52页 |
| ·不同模块间活性相似度的计算 | 第52-53页 |
| ·基因的转录活性和motif之间的相关性统计 | 第53-56页 |
| ·结果与讨论 | 第56-64页 |
| ·49个模块的模建结果与评估 | 第56页 |
| ·不同模块活性的相似情况 | 第56-58页 |
| ·基因转录活性与上游区motif的相关性 | 第58-64页 |
| ·基于模型的模块搜索 | 第64-73页 |
| ·根据ChiP-chip数据选定候选基因 | 第65-66页 |
| ·搜索算法 | 第66-67页 |
| ·搜索结果与讨论 | 第67-73页 |
| ·小结 | 第73-77页 |
| 结论 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-85页 |
| 致谢与声明 | 第85-86页 |
| 个人简历、在学期间的研究成果及发表的论文 | 第86页 |