| 致谢 | 第1-6页 |
| 中文摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-55页 |
| 1. 文蛤的生物学特性及增养殖现状 | 第16-19页 |
| 2. 遗传标记的发展 | 第19-24页 |
| ·形态学标记 | 第20页 |
| ·细胞学标记 | 第20-21页 |
| ·生物化学标记 | 第21页 |
| ·分子标记 | 第21-24页 |
| ·限制性酶切片段长度多态性（ Restriction Fragment Length Polymorphism，RFLP） | 第22-23页 |
| ·微卫星（Microsatellite）标记技术 | 第23页 |
| ·单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP） | 第23-24页 |
| 3. 微卫星标记和 SNP 标记技术的介绍 | 第24-44页 |
| ·微卫星标记技术 | 第24-37页 |
| ·微卫星形成和消亡的原因 | 第24-25页 |
| ·微卫星 DNA 的类型及功能 | 第25-26页 |
| ·微卫星标记的优缺点 | 第26-27页 |
| ·微卫星标记的开发方法 | 第27-34页 |
| ·微卫星的应用 | 第34-37页 |
| ·SNP 标记技术 | 第37-44页 |
| ·SNP 的分类 | 第37-38页 |
| ·SNP 的优越性及局限性 | 第38-39页 |
| ·SNP 检测技术 | 第39-41页 |
| ·SNP 在水产动物遗传学与育种学研究中的应用 | 第41-43页 |
| ·SNP 在水产动物的应用前景 | 第43-44页 |
| 4. 贝类遗传连锁图谱的构建 | 第44-51页 |
| ·遗传标记的选择 | 第45-46页 |
| ·作图群体的选择 | 第46-48页 |
| ·F1 群体 | 第46页 |
| ·F2 群体 | 第46-47页 |
| ·回交群体 | 第47页 |
| ·RIL 群体 | 第47页 |
| ·单倍体和双单倍体 | 第47-48页 |
| ·作图群体的大小 | 第48页 |
| ·遗传图谱的应用 | 第48-51页 |
| ·定位重要的目标基因 | 第48-49页 |
| ·定位克隆 | 第49页 |
| ·比较基因组作图 | 第49-50页 |
| ·标记辅助选育（Marker-assisted Selection，MAS） | 第50页 |
| ·QTL 定位 | 第50-51页 |
| 5. 海洋经济贝类 QTL 的定位 | 第51-54页 |
| ·QTL 定位的原理和策略 | 第51页 |
| ·QTL 定位方法 | 第51-53页 |
| ·基于标记的分析方法 | 第52页 |
| ·基于性状的分析方法 | 第52-53页 |
| ·贝类 QTL 定位的研究进展 | 第53-54页 |
| 6. 研究目的与意义 | 第54-55页 |
| 第二章 文蛤微卫星标记的开发及其特征分析 | 第55-72页 |
| 1. 前言 | 第55-56页 |
| 2. 实验材料与方法 | 第56-63页 |
| ·实验材料 | 第56页 |
| ·文蛤样品 | 第56页 |
| ·主要试剂 | 第56页 |
| ·实验方法 | 第56-63页 |
| ·文蛤基因组 DNA 提取 | 第56-57页 |
| ·富集文库的构建 | 第57-61页 |
| ·TA 克隆和转化 | 第61-62页 |
| ·微卫星序列的获得 | 第62页 |
| ·微卫星引物的设计和筛选 | 第62-63页 |
| ·多态性检测和数据分析 | 第63页 |
| 3. 实验结果 | 第63-70页 |
| ·基因组 DNA 的酶切和回收 | 第63-64页 |
| ·连接接头以及 PCR 检测 | 第64页 |
| ·连接前检验 | 第64-65页 |
| ·富集文库的测序和幼虫转录组 EST 数据库的 SSRs | 第65-68页 |
| ·引物设计和筛选 | 第68页 |
| ·富集文库来源和 EST 数据库来源微卫星的遗传特征比较 | 第68-70页 |
| 4. 讨论 | 第70-72页 |
| 第三章 微卫星结合 COI 标记在文蛤家系鉴别中的应用 | 第72-84页 |
| 1. 前言 | 第72-73页 |
| 2. 试验材料 | 第73-78页 |
| ·实验材料 | 第73-74页 |
| ·实验家系的建立 | 第73-74页 |
| ·实验试剂 | 第74页 |
| ·实验方法 | 第74-78页 |
| ·抽样和基因组 DNA 抽提 | 第74-75页 |
| ·微卫星标记分型和评估 | 第75-76页 |
| ·基于微卫星数据的计算机模拟分析 | 第76页 |
| ·利用微卫星标记在混合家系中进行亲缘分析 | 第76-77页 |
| ·利用 COI 标记获得母本信息 | 第77-78页 |
| 3. 实验结果 | 第78-81页 |
| ·微卫星位点的评估 | 第78-79页 |
| ·基于微卫星位点的计算机模拟 | 第79页 |
| ·混合家系中的亲缘分析 | 第79-80页 |
| ·在已知母本信息时进行亲缘鉴定 | 第80-81页 |
| 4. 讨论 | 第81-83页 |
| 小结 | 第83-84页 |
| 第四章 文蛤群体双列杂交后代的生长和遗传差异分析 | 第84-97页 |
| 1. 前言 | 第84-85页 |
| 2. 材料与方法 | 第85-88页 |
| ·试验材料 | 第85页 |
| ·实验动物 | 第85页 |
| ·实验试剂 | 第85页 |
| ·实验方法 | 第85-88页 |
| ·取样和数据收集 | 第85-86页 |
| ·基因分型和片段分析 | 第86-87页 |
| ·统计分析 | 第87-88页 |
| 3. 实验结果 | 第88-94页 |
| ·群体间的遗传差异 | 第88-90页 |
| ·群体间的生长差异 | 第90-93页 |
| ·杂合度与生长性能之间的关系 | 第93-94页 |
| 4. 讨论 | 第94-96页 |
| 小结 | 第96-97页 |
| 第五章 微卫星标记在文蛤群体遗传监测中的应用 | 第97-109页 |
| 1. 前言 | 第97-98页 |
| 2. 材料与方法 | 第98-102页 |
| ·实验材料 | 第98-100页 |
| ·实验动物 | 第98-99页 |
| ·实验试剂 | 第99-100页 |
| ·实验方法 | 第100-102页 |
| ·基因组 DNA 的提取与微卫星分型 | 第100-101页 |
| ·遗传多样性分析 | 第101页 |
| ·不同时期或相同时期内样本间的遗传分化分析 | 第101页 |
| ·有效群体大小（Ne）的估计 | 第101-102页 |
| ·近交估计 | 第102页 |
| 3. 实验结果 | 第102-106页 |
| ·相同时期或不同时期样本间的遗传多样性差异 | 第102-103页 |
| ·相同时期或不同时期样本间的遗传分化 | 第103-105页 |
| ·有效群体大小（Ne）的估计 | 第105页 |
| ·近交系数的估计 | 第105-106页 |
| 4. 讨论 | 第106-108页 |
| 小结 | 第108-109页 |
| 第六章 与文蛤生长 QTL 关联微卫星标记的筛选 | 第109-124页 |
| 1. 前言 | 第109-111页 |
| 2. 实验材料与方法 | 第111-117页 |
| ·实验材料 | 第111-114页 |
| ·实验动物 | 第111-112页 |
| ·实验引物 | 第112-114页 |
| ·实验方法 | 第114-117页 |
| ·取样和 DNA 提取 | 第114-115页 |
| ·从与文蛤生长有关的基因中 EST-SSRs 的筛选 | 第115页 |
| ·EST-SSR 的扩增与分型 | 第115-116页 |
| ·遗传分析 | 第116页 |
| ·基于等位基因频率差异的 marker-QTL 关联分析 | 第116-117页 |
| 3. 实验结果 | 第117-122页 |
| ·表型差异分析 | 第117-118页 |
| ·在 30 个 EST-SSR 位点的遗传差异 | 第118页 |
| ·Marker-QTL 关联分析 | 第118-119页 |
| ·与壳长相关标记的确认 | 第119-120页 |
| ·在三个生长相关位点的遗传变异 | 第120页 |
| ·关联 EST-SSR 标记的潜在功能 | 第120-122页 |
| 4. 讨论 | 第122-123页 |
| 小结 | 第123-124页 |
| 第七章 超氧化物歧化酶基因中 SNP 位点与文蛤抗性的关联分析 | 第124-136页 |
| 1. 前言 | 第124-125页 |
| 2. 实验材料与方法 | 第125-129页 |
| ·实验材料 | 第125-127页 |
| ·实验动物 | 第125-126页 |
| ·实验试剂 | 第126-127页 |
| ·实验方法 | 第127-129页 |
| ·取样和 DNA 提取 | 第127页 |
| ·PCR 扩增 | 第127-129页 |
| ·文蛤 CuZn-SOD 基因中 SNP 位点的分析 | 第129页 |
| ·显著性 SNP 位点在独立群体中的验证 | 第129页 |
| 3. 实验结果 | 第129-134页 |
| ·文蛤 CuZn-SOD 基因中的 SNPs | 第129-131页 |
| ·文蛤 CuZn-SOD 基因中的 SNPs 与弧菌抗性的相关性 | 第131-132页 |
| ·SNP 位点的相关性在独立群体中的验证 | 第132-134页 |
| 4. 讨论 | 第134-135页 |
| 小结 | 第135-136页 |
| 第八章 文蛤遗传连锁图的构建及生长相关 QTL 的定位 | 第136-149页 |
| 1. 前言 | 第136-137页 |
| 2. 实验材料与方法 | 第137-140页 |
| ·实验材料 | 第137页 |
| ·作图家系的构建 | 第137页 |
| ·作图群体的检测与目标性状的测量 | 第137页 |
| ·实验方法 | 第137-140页 |
| ·基因组 DNA 的提取与多态性微卫星标记的筛选 | 第137-138页 |
| ·微卫星标记数据的统计 | 第138-139页 |
| ·遗传连锁图谱的构建 | 第139页 |
| ·遗传连锁图相关参数的计算 | 第139-140页 |
| ·QTL 分析 | 第140页 |
| 3. 实验结果 | 第140-145页 |
| ·作图家系的检测及生长性状分析 | 第140-143页 |
| ·遗传图谱构建 | 第143-144页 |
| ·QTL 的定位 | 第144-145页 |
| 4. 讨论 | 第145-148页 |
| 小结 | 第148-149页 |
| 结论 | 第149-150页 |
| 参考文献 | 第150-176页 |
| 个人简历 | 第176-177页 |
| 博士期间发表和完成的文章及专利 | 第177页 |
