| 摘要 | 第1-11页 |
| ABSTRACT | 第11-15页 |
| 1 文献综述 | 第15-43页 |
| ·微卫星研究进展 | 第15-25页 |
| ·微卫星在基因编码区与非编码区的分布 | 第15-17页 |
| ·微卫星的功能观点 | 第17-25页 |
| ·染色体组织 | 第18页 |
| ·DNA高级结构 | 第18-19页 |
| ·端粒与着丝粒 | 第19页 |
| ·DNA代谢过程的调节 | 第19-20页 |
| ·DNA复制与细胞循环 | 第20-21页 |
| ·基因活性调节 | 第21-25页 |
| ·微卫星变异的突变机制 | 第25-27页 |
| ·复制滑动机理 | 第25-26页 |
| ·重组机理 | 第26-27页 |
| ·复制滑动与重组的互作 | 第27页 |
| ·进化基因组学上的遗传重组 | 第27-32页 |
| ·重组的生物学意义 | 第27-29页 |
| ·重组的检测 | 第29页 |
| ·检测重组的统计学方法 | 第29页 |
| ·重组检测方法的性能 | 第29-30页 |
| ·重组与亲缘关系的推断 | 第30-31页 |
| ·系统发生史估计的重组效应 | 第31页 |
| ·重组与分子钟 | 第31页 |
| ·网状进化论的表示 | 第31-32页 |
| ·着丝粒生物学 | 第32-39页 |
| ·着丝粒的生物学功能 | 第32页 |
| ·不同物种的着丝粒序列 | 第32-33页 |
| ·来自于非正常着丝粒的认识 | 第33-34页 |
| ·着丝粒决定模型 | 第34-36页 |
| ·着丝粒结构与功能的中的重复序列难题 | 第36页 |
| ·低等真核生物的着丝粒 | 第36-37页 |
| ·高等真核生物的着丝粒 | 第37页 |
| ·着丝粒的矛盾 | 第37-38页 |
| ·高等真核生物的着丝粒功能模型 | 第38-39页 |
| ·研究思路开题设想 | 第39-43页 |
| 2 、 数据收集与分析方法 | 第43-47页 |
| ·数据来源 | 第43页 |
| ·计算环境 | 第43页 |
| ·微卫星的计算标准 | 第43-44页 |
| ·微卫星含量的定义 | 第44页 |
| ·程序实现 | 第44-47页 |
| 3 结果与分析 | 第47-135页 |
| ·微卫星在物种间染色体上的分布 | 第47-81页 |
| ·微卫星在拟南芥(Arabidopsis thaliana)基因组染色体上的数量分布 | 第47-52页 |
| ·微卫星在水稻(Oryza sativa SSP.Japonica)基因组染色体上的分布 | 第52-59页 |
| ·微卫星在人类基因组染色体上的分布 | 第59-73页 |
| ·人类染色体测序与组装进展 | 第59-62页 |
| ·微卫星在人基因组染色体上的分布 | 第62-73页 |
| ·微卫星在人基因组染色体上的分布小节 | 第73页 |
| ·微卫星在酵母(Schizosaccharomyces pombe)基因组染色体上的分布 | 第73-80页 |
| ·微卫星在染色体上的分布小结 | 第80-81页 |
| ·微卫星在物种间的分布 | 第81-96页 |
| ·微卫星在真核生物物种间的分布 | 第81-91页 |
| ·真核生物基因组大小bps、微卫星motif数和含量之间的关系 | 第84页 |
| ·真核生物微卫星motif使用频率 | 第84-85页 |
| ·微卫星motif长度与重复次数的关系 | 第85页 |
| ·微卫星重复motif的变异能力统计 | 第85-86页 |
| ·真核生物不同重复motif长度的微卫星特点 | 第86-91页 |
| ·微卫星含量在病毒基因组上的分析 | 第91-93页 |
| ·病毒基因组大小bps、微卫星motif数与含量的相关分析 | 第92-93页 |
| ·真核生物微卫星与原核生物微卫星的比较 | 第93-94页 |
| ·微卫星含量的变异 | 第93-94页 |
| ·微卫星motif数的差异 | 第94页 |
| ·微卫星含量在原核和真核基因组上的比较 | 第94-95页 |
| ·微卫星在真核和原核基因组上的分布性质研究小结 | 第95-96页 |
| ·微卫星促进新基因的产生 | 第96-100页 |
| ·研究孤儿基因的意义 | 第96-97页 |
| ·水稻基因组的孤儿基因 | 第97-98页 |
| ·孤儿基因与非孤儿基因的微卫星含量关系 | 第98-99页 |
| ·在孤儿基因和非孤儿基因之间水稻微卫星的组成比较 | 第99-100页 |
| ·微卫星与孤儿基因的关系小结 | 第100页 |
| ·微卫星含量与遗传重组值的相关性 | 第100-101页 |
| ·微卫星在水稻基因组中的分布 | 第101-106页 |
| ·微卫星在水稻籼稻93-11和粳稻Nipponbare基因组之间的总量趋势的比较分析 | 第101-102页 |
| ·水稻基因组微卫星在基因内和基因间的比较分析 | 第102-103页 |
| ·二聚体核苷酸微卫星在基因组各成分上的关系 | 第103-106页 |
| ·水稻基因组微卫星分布性质小结 | 第106页 |
| ·本地BLAST比对与结果分解 | 第106-107页 |
| ·本地BLAST比对与结果分解 | 第107-111页 |
| ·本地BLAST比对 | 第107-108页 |
| ·比对结果分解 | 第108-111页 |
| ·大规模数据的远程计算方法研究 | 第111-135页 |
| ·大规模数据的TIGR的internet远程BLAST计算方法 | 第111-114页 |
| ·大规模数据的NCBI的internet远程BLAST计算方法 | 第114-126页 |
| ·基于Bioperi的NCBI远程网络BLAST | 第114-118页 |
| ·基于LWP的NCBI远程BLAST | 第118-120页 |
| ·通过Berkeley套接字(socket)的编程技术 | 第120-126页 |
| ·internet远程计算中的多进程与多线程程序设计实现 | 第126-133页 |
| ·internet远程计算中的基于socket的无阻塞技术 | 第133-135页 |
| 4 讨论 | 第135-146页 |
| ·微卫星分布的动力学模型 | 第135-140页 |
| ·微卫星在染色体上的分布 | 第135-137页 |
| ·微卫星含量与重组率相关性的直接证据 | 第137页 |
| ·微卫星在物种之间的变异。 | 第137-139页 |
| ·基因组内微卫星的变异性与PCR多态性的关系 | 第138-139页 |
| ·微卫星促进新基因的产生 | 第139-140页 |
| ·关于微卫星是生物进化动力还是生物进化的痕迹的问题 | 第140-141页 |
| ·生物信息学计算之我见 | 第141-146页 |
| ·数据库技术是计算生物学必须的数据组织与存取基础 | 第141-142页 |
| ·免费资源的重要性 | 第142-143页 |
| ·网络在生物信息学研究中起了关键作用 | 第143-144页 |
| ·计算生物学算法语言的选择 | 第144-146页 |
| 5 结论 | 第146-147页 |
| 参考文献(REFERENCES) | 第147-160页 |
| 光盘附件1 (SUPP1.DOC) | 第160-161页 |
| 程序1 9311_syd_com_parse.pl:比对(Aligning)并且把比对结果存入SQL数据库，比对与应用Bioperl的BPlite模块进行本地blast的报告分解(parse) | 第160页 |
| 程序2 9311_931lest.pl:93-11基因组序列与93-11 EST序列的比对与分解程序 | 第160页 |
| 程序3 3rduniq_irgp_com_parse.pl:93-11剩余序列与nipponbare shortgun数据的比对与分解程序 | 第160页 |
| 程序4 ssr.pl:这是发表(Temnykh等2001)的ssr的Perl计算程序 | 第160页 |
| 程序5 ssr_nature.pm:这是在ssr.pl基础上按照nature论文建议的ssr motif长度值设定的Perl模块，本模块有将在后面的ssr计算程序中大量应用的ssr函数。 | 第160页 |
| 程序6 irgp_assembly_parse.pl:解读TIGR水稻基因组的XML坐标文件，提取水稻基因组的组装办法 | 第160页 |
| 程序7 irgp_assembled_coordset.pl:irsgp水稻基因组的组装程序 | 第160页 |
| 程序8 irgp_assembly_Ij.pl:计算水稻基因组组装之后的累计长度 | 第160页 |
| 程序9 irgp_cdna_seq.pl:读去irsgp水稻基因组的cDNA的fasta格式文件到本地程序11 irgp_cdna_ssr_concat.pl:cDNA ssr motif合并程序数据库中 | 第160页 |
| 程序12 irgp_epcr.pl:解读电子PCR的结果，并判断epcr的结果片段在基因组上各部分如基因、utr、intron等上的交叉情况 | 第160页 |
| 程序13: 用ssr_nature.pm计算epcr结果片段中的微卫星 | 第160页 |
| 程序14 irgp_genome_ssr_seg.pl:分段计算水稻基因组序列的微卫星 | 第160页 |
| 程序15 ncbiestblast.pl:应用BioPerl的remoteblast模块进行的NCBI远程水稻EST比对与blast报告分解程序 | 第160页 |
| 程序16 sca_reputer.pl:应用reputer在http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/cgi-bin/reputer_run上进行的远程重复序列计算 | 第160页 |
| 程序17 segremoteblast.pl:ncbi进行远程部分93-11基因组的远程比对和blast报告解析，应用BioPerl模块进行 | 第160页 |
| 程序18 9311_syd_com__parse.pl:应用BioPerl的本地比对模块进行的93-11基因组与nipponbare shorgun基因组的本地比对，计算时间约4天 | 第160页 |
| 程序19 arab_ssr.pl:拟南芥基因组的微卫星计算程序 | 第160页 |
| 程序20 get_genbank_access.pl:NCBI取基因组序列的批处理程序，通过internet到entrez获取。 | 第160页 |
| 程序21 irgp_pseudo.pl:水稻拟(pseudo)染色体组装计算: | 第160页 |
| 程序23 eukaryotes.pl:同时读取所有真核生物基因组数据包括genbank和fasta格式到本地数据库，同时对genbank格式采用自己编写的分解程序，没有用Bioperl的SeqIO模块，因为此模块引起内存消耗太大，以至于引起内存溢出。 | 第160页 |
| 程序24 eukaryotes_ssr.pl:从数据库中调出序列一次计算完所有的真核生物基因组的微卫星，计算时间在双CPU电脑上大约2天。 | 第160页 |
| 程序25 eukaryotes_ssr_single.pl:单一化真核生物微卫星motif去掉重复的motif和与存在的motif互补的motif | 第160页 |
| 程序26 ncbi_send.pl:通过轮换使用多个代理服务器让NCBI认为是多个IP发送来的blast，以突破NCBI的每个IP地址同时50个在线blast任务的限制。 | 第160-161页 |
| 程序27 ncbi_threads_fetch.pl:10个固定线程用于同时10个blast报告获取程序，以加速NCBI的比对 | 第161页 |
| 程序28 virus_ssr.pl:病毒基因组的ssr计算程序 | 第161页 |
| 程序29 virus_genome.pl:病毒基因组的微卫星含量计算程序程序 | 第161页 |
| 程序30 virus_ssr_summary.pl:病毒微卫星含量计算及motif单一化程序 | 第161页 |
| 光盘附件2 (TABLES.XLS) | 第161-162页 |
| 光盘附表1 真核生物基因组情况表basic information of the eukaryotic genomes； | 第161页 |
| 光盘附表2 真核生物微卫星基因组大小与单一motif数、微卫星含量回归计算表computational tables of regression among the genome size，singular motifs and microsatellite content in eukaryotes； | 第161页 |
| 光盘附表3 真核生物物种微卫星重复数变异能力统计参数表microsatellite repeat number variation statistic in eukaryotes； | 第161页 |
| 光盘附表4 微卫星在真核生物物种中的重复频率(重复次数)一览表table of repeat frequencies(repeat number) of microsatellites in eukaryotes； | 第161页 |
| 光盘附表5: 不同长度聚类的各真核物种微卫星变异统计表statistic tables of microsatellites variation with different length in eukaryotes。 | 第161页 |
| 光盘附表6 原核基因组一览表prokaryotic genome table； | 第161页 |
| 附表7 原核基因组大小、单一motif和微卫星含量的数量关系及回归计算表tables of regression computation and quantitative relation among genome size，singular motif number and microsatellite content in prokaryotes； | 第161页 |
| 光盘附表8: 真核生物微卫星变异系数与gc含量的相关分析计算表computational table of relation between microsatellite variable coefficient and GC content in eukaryotic genomes。 | 第161-162页 |
| 本研究的创新点 | 第162-163页 |
| 致谢 | 第163-164页 |
