| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-15页 |
| ·课题背景 | 第10-12页 |
| ·国内外研究现状 | 第12-13页 |
| ·课题任务及主要研究内容 | 第13-14页 |
| ·本文的研究成果 | 第14-15页 |
| 第二章 基因组测序与序列拼接 | 第15-20页 |
| ·基因组基本概念 | 第15-17页 |
| ·大规模全基因组测序方法简介 | 第17-19页 |
| ·序列测定(sequencing) | 第18页 |
| ·碱基读出(base calling) | 第18-19页 |
| ·片段拼接(assembly) | 第19页 |
| ·小结 | 第19-20页 |
| 第三章 序列拼接技术 | 第20-27页 |
| ·DNA序列拼接问题的数学描述 | 第20-21页 |
| ·基于Hamilton路径方法的拼接算法 | 第21-24页 |
| ·Phrap算法 | 第21-22页 |
| ·TIGR算法 | 第22-23页 |
| ·CAP3算法 | 第23-24页 |
| ·基于Euler路径方法的拼接算法 | 第24-25页 |
| ·Euler拼接算法 | 第25页 |
| ·小结 | 第25-27页 |
| 第四章 分布式存储环境下序列拼接的并行处理方法 | 第27-37页 |
| ·基于Hamilton路径方法的拼接算法可并行性分析 | 第27-28页 |
| ·PL_Nphrap拼接算法的推导和描述 | 第28-35页 |
| ·获得片段间的重叠信息(Overlap) | 第29-32页 |
| ·建立片段间的组合关系(Layout) | 第32-33页 |
| ·形成Consensus序列(Consensus) | 第33-35页 |
| ·PL_Nphrap拼接算法性能分析 | 第35-36页 |
| ·Overlap | 第35页 |
| ·Layout | 第35-36页 |
| ·Consensus | 第36页 |
| ·小结 | 第36-37页 |
| 第五章 PL_Nphrap拼接算法的实现与性能测试 | 第37-67页 |
| ·MPI并行环境简介 | 第37页 |
| ·PL_Nphrap拼接算法的实现 | 第37-65页 |
| ·PL_Nphrap的相关名词解释 | 第38-39页 |
| ·PL_Nphrap的结构及运行流程 | 第39-41页 |
| ·PL_Nphrap的数据结构 | 第41-47页 |
| ·PL_Nphrap的类图及类间关系图 | 第47-52页 |
| ·PL_Nphrap拼接过程描述 | 第52-65页 |
| ·测试与结果分析 | 第65-66页 |
| ·小结 | 第66-67页 |
| 第六章 结束语 | 第67-68页 |
| 致谢 | 第68-69页 |
| 附录：攻读硕士期间发表的论文 | 第69-70页 |
| 参考文献 | 第70-71页 |
