| 缩略词索引表 | 第1-8页 |
| 摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-14页 |
| 引言 | 第14-21页 |
| 1. 粪肠球菌的概念及耐药状况 | 第14-15页 |
| 2. 细菌的耐药机制 | 第15-17页 |
| 3. 蛋白质组学概念及相关技术 | 第17-21页 |
| ·双向凝胶电泳(Two-dimensional electrophoresis, 2-DE) | 第18-19页 |
| ·生物质谱技术 | 第19页 |
| ·生物信息学 | 第19-21页 |
| 第一章 万古霉素耐药肠球菌的耐药基因鉴定 | 第21-33页 |
| 材料与方法 | 第22-25页 |
| 1 菌株、培养基和生长条件 | 第22页 |
| ·菌株 | 第22页 |
| ·主要试剂和试纸条 | 第22页 |
| ·培养基 | 第22页 |
| 2 主要仪器 | 第22页 |
| 3 实验方法 | 第22-25页 |
| ·16S rRNA 基因测序 | 第22-23页 |
| ·K-B 纸片法 | 第23页 |
| ·增加浓度梯度法(Etest) | 第23页 |
| ·细菌DNA 提取与PCR 扩增 | 第23-24页 |
| ·重叠PCR 扩增携带万古霉素耐药基因的转座子Tn1546 | 第24-25页 |
| 结果 | 第25-32页 |
| 1 VRE 的筛选结果 | 第25-30页 |
| 2 万古霉素耐药基因检测结果 | 第30-31页 |
| 3 万古霉素耐药基因周围基因基因序列检测及比较 | 第31-32页 |
| 讨论 | 第32页 |
| 小结 | 第32-33页 |
| 第二章 耐万古霉素粪肠球菌的比较蛋白质组研究 | 第33-66页 |
| 材料与方法 | 第33-40页 |
| 1 菌种 | 第33页 |
| 2 试剂与耗材 | 第33页 |
| 3 仪器 | 第33-34页 |
| 4 Enterococcus Faecalis 全细胞蛋白的样品制备 | 第34页 |
| 5 双向电泳 | 第34-36页 |
| ·样品制备 | 第34页 |
| ·上样 | 第34页 |
| ·等电聚焦(isoelectric focusing, IEF) | 第34-35页 |
| ·SDS-聚丙烯酰胺凝胶(SDS-PAGE)与电极缓冲液的配制 | 第35页 |
| ·第一向电泳胶条的平衡 | 第35页 |
| ·IEF 胶条转移至第二向SDS-PAGE | 第35页 |
| ·第二向SDS-PAGE 电泳 | 第35-36页 |
| 6 分析型电泳凝胶的银氨法染色(银染) | 第36页 |
| 7 制备型电泳凝胶的考马斯亮蓝染色(考染) | 第36页 |
| 8 图像扫描与分析 | 第36-37页 |
| 9 胶内酶切（考染） | 第37-38页 |
| 10 胰酶解肽段混合物的MALDI-TOF/TOF 质谱检测 | 第38页 |
| 11 数据库查询 | 第38-39页 |
| 12 蛋白质表达情况的分析 | 第39页 |
| 13 代谢通路分析 | 第39页 |
| 14 密码子使用偏好性分析及疏水性的主要平均值 | 第39-40页 |
| 结果 | 第40-57页 |
| 1 EFV583 及EF309 蛋白质图谱的比较 | 第40-48页 |
| 2 粪肠球菌全细胞蛋白的双向电泳图谱图像分析和蛋白质鉴定 | 第48页 |
| 3 理论预测与实验结果的比较 | 第48-50页 |
| ·Enterococcus Faecalis v583 的理论蛋白质组 | 第48-49页 |
| ·不同pI 和 MW 范围蛋白质的理论分布及检测、鉴定情况 | 第49页 |
| ·所鉴定的蛋白质在等电点和分子量方面与理论预测的符合情况 | 第49-50页 |
| ·凝胶斑点与蛋白质的对应关系分析 | 第50页 |
| 4 所鉴定蛋白质的细胞内功能分类情况 | 第50-51页 |
| 5 所鉴定蛋白质的细胞内定位情况 | 第51-52页 |
| 6 蛋白质密码子使用偏好性分析 | 第52页 |
| 7 鉴定蛋白的GRAVY 值 | 第52-53页 |
| 8 所鉴定的蛋白质在粪肠球菌代谢通路中的分布 | 第53-56页 |
| ·糖代谢和能量代谢 | 第53-55页 |
| ·氨基酸代谢 | 第55-56页 |
| 9 鉴定到的假想蛋白 | 第56-57页 |
| 讨论 | 第57-65页 |
| 1 蛋白质组学技术及其在粪肠球菌中的应用 | 第57页 |
| 2 高通量全自动质谱鉴定方法在本研究中的应用 | 第57-59页 |
| 3 粪肠球菌中的翻译后修饰 | 第59页 |
| 4 对数生长中期粪肠球菌的蛋白表达特点 | 第59页 |
| 5 研究中鉴定到的粪肠球菌膜转运蛋白 | 第59-60页 |
| 6 万古霉素耐药蛋白 | 第60-65页 |
| 小结 | 第65-66页 |
| 全文总结 | 第66-67页 |
| 参考文献 | 第67-70页 |
| 综述 | 第70-80页 |
| 附录 | 第80-106页 |
| 在读期间发表的文章 | 第106-107页 |
| 个人简历 | 第107-108页 |
| 致谢 | 第108页 |
