| 摘要 | 第1-14页 |
| ABSTRACT | 第14-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-30页 |
| ·引言 | 第16-17页 |
| ·研究背景 | 第17-25页 |
| ·蛋白质相互作用的意义 | 第18-19页 |
| ·蛋白质相互作用预测的相关研究 | 第19-22页 |
| ·基于蛋白质相互作用网络的功能预测相关研究 | 第22-25页 |
| ·蛋白质相互作用研究给生物信息学带来的挑战 | 第25页 |
| ·论文的研究内容和创新点 | 第25-29页 |
| ·主要研究内容 | 第25-27页 |
| ·主要创新点 | 第27-29页 |
| ·论文的结构 | 第29-30页 |
| 第二章 基于序列的蛋白质相互作用预测方法研究 | 第30-58页 |
| ·蛋白质对编码方法研究 | 第30-43页 |
| ·常用的蛋白质对编码方法 | 第30-31页 |
| ·蛋白质对的对称编码方法 | 第31-34页 |
| ·基于PCA-HKNN的预测算法 | 第34-37页 |
| ·数据集和预测性能评价标准 | 第37-39页 |
| ·结果分析 | 第39-43页 |
| ·分类算法的改进Ⅰ:核局部超平面分类算法 | 第43-51页 |
| ·核局部超平面分类算法 | 第43-45页 |
| ·用于蛋白质相互作用预测的核函数 | 第45-47页 |
| ·实验结果和讨论 | 第47-51页 |
| ·分类算法的改进Ⅱ:局部支持向量机 | 第51-57页 |
| ·支持向量机分类方法 | 第51-53页 |
| ·局部支持向量机方法 | 第53-55页 |
| ·实验结果和讨论 | 第55-57页 |
| ·本章小结 | 第57-58页 |
| 第三章 结构域相互作用预测方法研究 | 第58-80页 |
| ·结构域相互作用问题描述 | 第58-60页 |
| ·常用算法及存在的问题 | 第60-63页 |
| ·关联方法 | 第61页 |
| ·最大似然估计方法 | 第61-62页 |
| ·结构域对排除分析方法 | 第62页 |
| ·简约解释方法 | 第62-63页 |
| ·基于支持-反对模型的结构域预测方法 | 第63-68页 |
| ·支持模型 | 第63-66页 |
| ·反对模型 | 第66-67页 |
| ·支持-反对模型 | 第67-68页 |
| ·实验结果和讨论 | 第68-78页 |
| ·数据集 | 第68页 |
| ·数据集分析 | 第68-72页 |
| ·不同模型对结构域相互作用预测性能的比较 | 第72-74页 |
| ·具有较高SO得分的结构域对分析 | 第74页 |
| ·结构域介导蛋白质相互作用情况分析 | 第74-77页 |
| ·与其它方法进行比较 | 第77-78页 |
| ·本章小结 | 第78-80页 |
| 第四章 蛋白质相互作用可信度对功能预测的影响 | 第80-94页 |
| ·高通量蛋白质相互作用数据的可信度问题 | 第80-81页 |
| ·数据和方法 | 第81-84页 |
| ·数据准备 | 第81-82页 |
| ·基本的蛋白质功能预测方法 | 第82-83页 |
| ·蛋白质功能预测的加权方法 | 第83-84页 |
| ·蛋白质功能预测的性能评价指标 | 第84页 |
| ·结果与讨论 | 第84-93页 |
| ·不同可信度的相互作用数据分析 | 第84-87页 |
| ·样本权重对预测性能的影响 | 第87-89页 |
| ·样本权重的确定 | 第89-93页 |
| ·本章小结 | 第93-94页 |
| 第五章 基于全局优化的蛋白质功能预测方法研究 | 第94-110页 |
| ·引言 | 第94-95页 |
| ·相关的蛋白质功能预测方法 | 第95-96页 |
| ·全局优化方法GOM | 第95-96页 |
| ·改进的全局优化方法MFGO | 第96页 |
| ·基于广义优化框架和随机游走的蛋白质功能预测方法 | 第96-100页 |
| ·广义优化框架 | 第96-99页 |
| ·基于RWR的蛋白质功能相似性度量 | 第99-100页 |
| ·实验结果 | 第100-109页 |
| ·数据 | 第100-101页 |
| ·预测性能评价标准 | 第101页 |
| ·蛋白质功能相似性分析 | 第101-104页 |
| ·参数γ对预测性能的影响 | 第104-105页 |
| ·与其它方法的性能比较 | 第105-109页 |
| ·本章小结 | 第109-110页 |
| 第六章 基于Logistic回归的蛋白质功能预测方法研究 | 第110-130页 |
| ·引言 | 第110页 |
| ·方法描述 | 第110-114页 |
| ·蛋白质编码方法 | 第111-112页 |
| ·Logistic回归 | 第112-114页 |
| ·实验结果和讨论 | 第114-119页 |
| ·数据准备 | 第114-115页 |
| ·预测性能评价标准 | 第115-116页 |
| ·相互作用可信度对算法性能的影响 | 第116-117页 |
| ·不同分类方法的性能比较 | 第117-118页 |
| ·不同功能预测方法的性能比较 | 第118-119页 |
| ·蛋白质特征选择 | 第119-128页 |
| ·特征选择简介 | 第119-121页 |
| ·蛋白质特征选择 | 第121-123页 |
| ·结果分析 | 第123-128页 |
| ·本章小结 | 第128-130页 |
| 第七章 结束语 | 第130-134页 |
| ·论文工作总结 | 第130-131页 |
| ·未来工作展望 | 第131-134页 |
| 致谢 | 第134-136页 |
| 参考文献 | 第136-146页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第146-147页 |