| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-14页 |
| 第1章 引言 | 第14-36页 |
| ·蛋白质激酶的结构与调节 | 第14-17页 |
| ·蛋白质激酶的结构 | 第14-15页 |
| ·蛋白质激酶活力调节的结构基础 | 第15-17页 |
| ·AMPK 的发现 | 第17-19页 |
| ·哺乳动物AMPK 的发现 | 第18页 |
| ·酵母SNF1 的发现 | 第18-19页 |
| ·AMPK 序列和功能的保守性 | 第19页 |
| ·AMPK 的功能 | 第19-21页 |
| ·AMPK 的底物特异性 | 第19-20页 |
| ·AMPK 对代谢的调节 | 第20页 |
| ·AMPK 对转录的调节 | 第20页 |
| ·AMPK 对细胞生长和增殖的调节 | 第20-21页 |
| ·AMPK 对细胞极性建立和维持的调节 | 第21页 |
| ·AMPK 对寿命的调节 | 第21页 |
| ·AMPK 对生物节律的调节 | 第21页 |
| ·SNF1 的底物 | 第21页 |
| ·AMPK 的组成 | 第21-24页 |
| ·AMPK α亚基包含的结构域及其功能 | 第22-23页 |
| ·AMPK β亚基包含的结构域及其功能 | 第23-24页 |
| ·AMPK γ亚基包含的结构域及其功能 | 第24页 |
| ·AMPK 的相互作用蛋白 | 第24-26页 |
| ·NDPKA | 第24-25页 |
| ·Plectin | 第25页 |
| ·FNIP1 | 第25页 |
| ·GDE | 第25页 |
| ·Grb2 | 第25页 |
| ·PR65α | 第25-26页 |
| ·AMPK 的调节 | 第26-28页 |
| ·AMPK 的双层调节机制 | 第26-27页 |
| ·SNF1 的调节 | 第27-28页 |
| ·AMPKK 的研究 | 第28页 |
| ·AMPK 的结构生物学研究 | 第28-36页 |
| ·激酶结构域的结构 | 第28-30页 |
| ·GBD 的结构 | 第30-31页 |
| ·核心复合体的结构 | 第31-34页 |
| ·AMPK 全酶的结构研究 | 第34-35页 |
| ·AMPK 结构生物学研究中亟待解决的问题 | 第35-36页 |
| 第2章 实验材料与方法 | 第36-63页 |
| ·基本分子操作方法与策略 | 第36-48页 |
| ·菌种选择 | 第36-37页 |
| ·抗噬菌体菌种的筛选 | 第37页 |
| ·表达载体选择 | 第37-39页 |
| ·蛋白片段表达框架选择 | 第39页 |
| ·培养基配制 | 第39-40页 |
| ·抗生素 | 第40-41页 |
| ·菌种保存 | 第41页 |
| ·感受态制备及转化 | 第41-42页 |
| ·DNA 琼脂糖电泳 | 第42页 |
| ·PCR 概述 | 第42-44页 |
| ·Pfu PCR | 第44页 |
| ·Taq PCR | 第44-45页 |
| ·Prime Star HS PCR | 第45-46页 |
| ·Overlap PCR | 第46页 |
| ·Quickchange | 第46页 |
| ·质粒提取 | 第46页 |
| ·酵母基因组DNA 提取 | 第46-47页 |
| ·载体与DNA 片段的酶切 | 第47页 |
| ·连接 | 第47页 |
| ·PCR 筛选 | 第47-48页 |
| ·试表达 | 第48页 |
| ·Bac2Bac 系统 | 第48-50页 |
| ·Bac2Bac 系统的转化 | 第48-50页 |
| ·蛋白纯化 | 第50-57页 |
| ·SDS-PAGE | 第50-51页 |
| ·非变性PAGE | 第51-52页 |
| ·银染 | 第52页 |
| ·Western blot | 第52-53页 |
| ·蛋白的小量提取 | 第53页 |
| ·蛋白的大量提取 | 第53-54页 |
| ·层析技术概述 | 第54页 |
| ·亲和层析概述 | 第54-55页 |
| ·金属亲和层析 | 第55页 |
| ·GST 标签亲和层析 | 第55-56页 |
| ·离子交换层析 | 第56页 |
| ·分子筛 | 第56页 |
| ·蛋白的浓缩 | 第56-57页 |
| ·蛋白质激酶活力测定 | 第57-58页 |
| ·NADH 偶联酶系统 | 第57-58页 |
| ·MESG 偶联酶系统 | 第58页 |
| ·晶体生长 | 第58-60页 |
| ·数据收集 | 第60-61页 |
| ·防冻液 | 第60页 |
| ·晶体后处理 | 第60页 |
| ·数据收集 | 第60-61页 |
| ·结构解析 | 第61-62页 |
| ·生物信息学工具 | 第62-63页 |
| ·常用的软件 | 第62页 |
| ·常用数据库 | 第62-63页 |
| 第3章 AMPK AID 对KD 抑制机理的研究 | 第63-78页 |
| ·AID 功能上的保守性 | 第63页 |
| ·pombe KD-AID 蛋白的晶体生长 | 第63-64页 |
| ·pombe KD-AID 晶体结构的解析 | 第64-65页 |
| ·pombe KD-AID 结构的分析 | 第65-72页 |
| ·支持KD-AID 结构分析的体外生化研究 | 第72-74页 |
| ·在AMPK 全酶中AID 的功能分析 | 第74-78页 |
| 第4章 AMPK KD 磷酸化的晶体学研究 | 第78-82页 |
| ·SNF1 KD 磷酸化蛋白在新条件下的结晶 | 第78-80页 |
| ·新结晶条件下SNF1 KD 磷酸化蛋白的晶体结构分析 | 第80-82页 |
| 第5章 AMPK SPP 序列的晶体学研究 | 第82-86页 |
| ·AMPK KD-AID-SPP 蛋白的结晶 | 第82-84页 |
| ·pombe SPP 蛋白的晶体结构分析 | 第84-86页 |
| 第6章 糖原结合结构域（GBD）的位置研究 | 第86-99页 |
| ·对已发表的GBD 位置的质疑. | 第86-88页 |
| ·已发表的GBD 的位置及其依据. | 第86-87页 |
| ·GBD 可能结合的另一个位置. | 第87-88页 |
| ·对含有GBD 的核心结构域的晶体学研究. | 第88-92页 |
| ·含有GBD 核心结构域蛋白的晶体生长. | 第88-91页 |
| ·含有GBD 核心结构域蛋白的结构分析 | 第91-92页 |
| ·RS-GBD 融合蛋白的结构研究 | 第92-96页 |
| ·RS-GBD 融合蛋白的构建 | 第92-95页 |
| ·RS-GBD 融合蛋白的结构分析 | 第95-96页 |
| ·对GBD 位置的生化研究和体内功能研究. | 第96-99页 |
| ·酵母遗传学实验的设计 | 第96-97页 |
| ·生化实验设计 | 第97-99页 |
| 第7章 AMPK 全酶的结晶尝试 | 第99-102页 |
| ·AMPK 可溶蛋白的筛选策略 | 第99页 |
| ·可溶蛋白筛选结果 | 第99-101页 |
| ·AMPK 全酶的结晶尝试 | 第101-102页 |
| 第8章 论文工作总结及展望 | 第102-104页 |
| ·结论 | 第102页 |
| ·其它工作总结 | 第102-103页 |
| ·展望 | 第103-104页 |
| 参考文献 | 第104-116页 |
| 致谢 | 第116-117页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第117页 |