| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩略词表 | 第10-11页 |
| 第1章 研究背景 | 第11-25页 |
| 1.1 系统学研究背景 | 第11-13页 |
| 1.2 叶绿体基因组简介 | 第13-14页 |
| 1.3 国内外本学科领域的发展现状与趋势 | 第14-25页 |
| 1.3.1 猕猴桃科简介 | 第14页 |
| 1.3.2 猕猴桃科的系统学研究进展 | 第14-15页 |
| 1.3.3 猕猴桃属的系统学研究进展 | 第15-19页 |
| 1.3.4 毒药树属的系统研究进展 | 第19-20页 |
| 1.3.5 水东哥属的系统研究进展 | 第20-21页 |
| 1.3.6 藤山柳属的系统发育研究现状 | 第21-22页 |
| 1.3.7 总结 | 第22-25页 |
| 第2章 材料和方法 | 第25-31页 |
| 2.1 材料来源 | 第25页 |
| 2.2 研究方法 | 第25-31页 |
| 2.2.1 DNA的提取和叶绿体基因组测序 | 第25-26页 |
| 2.2.2 叶绿体基因组组装、注释及物理图谱的构建 | 第26-27页 |
| 2.2.3 叶绿体基因组序列的比较基因组学分析 | 第27页 |
| 2.2.4 简单重复序列和重复序列的发现与定位 | 第27页 |
| 2.2.5 蛋白编码序列的进化分析 | 第27-28页 |
| 2.2.6 系统进化树的构建 | 第28-31页 |
| 第3章 结果 | 第31-53页 |
| 3.1 八个猕猴桃属物种的叶绿体基因组组装 | 第31-35页 |
| 3.1.1 八个猕猴桃属物种的叶绿体基因组组装结果 | 第31-32页 |
| 3.1.2 假基因ndhK的验证 | 第32-33页 |
| 3.1.3 简单重复序列(SSR)和重复序列分析 | 第33-35页 |
| 3.2 水东哥属叶绿体基因组测序结果 | 第35-48页 |
| 3.2.1 水东哥属叶绿体基因组特性 | 第35-40页 |
| 3.2.2 比较基因组学分析 | 第40-42页 |
| 3.2.3 简单重复序列(SSR)和重复序列分析 | 第42-45页 |
| 3.2.4 LLC、SSC和两个IR区的边界对比分析 | 第45-47页 |
| 3.2.5 非同义突变率(dn)、同义突变率(ds)以及dn/ds分析 | 第47-48页 |
| 3.3 基于叶绿体全基因组的猕猴桃科系统发育重建 | 第48-53页 |
| 第4章 讨论 | 第53-59页 |
| 4.1 水东哥属叶绿体基因组的特性 | 第53-56页 |
| 4.1.1 水东哥属叶绿体基因组的组装、注释以及结构特点 | 第53页 |
| 4.1.2 基因丢失 | 第53-54页 |
| 4.1.3 SSR和重复序列 | 第54-55页 |
| 4.1.4 蛋白编码基因的进化 | 第55-56页 |
| 4.2 猕猴桃科的系统发育关系 | 第56-59页 |
| 4.2.1 猕猴桃科及科下属的系统发育关系 | 第56-57页 |
| 4.2.2 猕猴桃属属下的系统发育关系 | 第57-59页 |
| 第5章 结论与展望 | 第59-61页 |
| 参考文献 | 第61-73页 |
| 附录 | 第73-89页 |
| 致谢 | 第89-91页 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第91页 |
