| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-21页 |
| 1 动物肠道微生物的构成与发展 | 第10-11页 |
| 2 动物肠道微生物的功能 | 第11-15页 |
| 2.1 对肠道发育的影响 | 第11页 |
| 2.2 免疫功能 | 第11-12页 |
| 2.3 屏障功能 | 第12-13页 |
| 2.4 营养功能 | 第13-14页 |
| 2.5 代谢功能 | 第14页 |
| 2.6 其他功能 | 第14-15页 |
| 3 动物消化道内微生物结构和多样性改变因素 | 第15-16页 |
| 3.1 宿主年龄因素影响 | 第15页 |
| 3.2 宿主饮食因素影响 | 第15-16页 |
| 3.3 疾病因素影响 | 第16页 |
| 3.4 其他因素影响 | 第16页 |
| 4 动物肠道微生物多样性研究方法及进展 | 第16-19页 |
| 4.1 传统研究方法 | 第16-17页 |
| 4.2 现代分子生物学技术 | 第17-19页 |
| 4.2.1 基于16SrDNA基因克隆文库技术 | 第17-18页 |
| 4.2.2 指纹图谱技术 | 第18页 |
| 4.2.3 高通量测序技术 | 第18-19页 |
| 4.2.4 其他分子生物学技术 | 第19页 |
| 5 肠道微生物总DNA提取方法 | 第19-20页 |
| 6 实验的目的和意义 | 第20-21页 |
| 第二章 野生动物粪便总细菌DNA提取方法比较 | 第21-36页 |
| 1 材料 | 第21-23页 |
| 1.1 主要试剂 | 第21页 |
| 1.2 主要相关试剂配置 | 第21-22页 |
| 1.3 设备 | 第22页 |
| 1.4 引物 | 第22-23页 |
| 2 方法 | 第23-27页 |
| 2.1 样品采集 | 第23页 |
| 2.2 粪便微生物总DNA提取 | 第23-25页 |
| 2.2.1 总DNA提取策略 | 第23页 |
| 2.2.2 总DNA提取方法 | 第23-25页 |
| 2.3 目测总DNA溶液颜色及洁净度 | 第25页 |
| 2.4 总DNA琼脂糖凝胶电泳分析 | 第25页 |
| 2.5 总DNA的得率和纯度测定分析 | 第25页 |
| 2.6 总DNAPCR扩增分析 | 第25-26页 |
| 2.7 总DNA巢式PCR-DGGE分析 | 第26-27页 |
| 2.8 分析 | 第27页 |
| 3 结果 | 第27-34页 |
| 3.1 目测总DNA溶液颜色和洁净度结果 | 第27-28页 |
| 3.2 粪便微生物总DNA琼脂糖电泳检测结果 | 第28-29页 |
| 3.3 粪便微生物总DNA得率和纯度结果 | 第29-30页 |
| 3.4 总DNA巢式PCR-DGGE分析 | 第30-34页 |
| 3.4.1 巢式PCR扩增 | 第30-32页 |
| 3.4.2 总DNA DGGE分析 | 第32-34页 |
| 4 讨论 | 第34-35页 |
| 4.1 样品采集和保存 | 第34页 |
| 4.2 粪便样品总DNA提提取质量比较 | 第34-35页 |
| 5 小结 | 第35-36页 |
| 第三章 野生动物肠道微生物多样性研究 | 第36-57页 |
| 1 材料 | 第36-37页 |
| 1.1 试剂 | 第36页 |
| 1.2 设备 | 第36页 |
| 1.3 样品采集与保存 | 第36-37页 |
| 2 方法 | 第37-39页 |
| 2.1 总DNA提取 | 第37页 |
| 2.2 目标片段PCR扩增 | 第37页 |
| 2.3 上机测序 | 第37-38页 |
| 2.4 高通量测序数据处理和分析 | 第38-39页 |
| 2.4.1 数据的处理和质控 | 第38页 |
| 2.4.2 OTU分类及物种注释 | 第38页 |
| 2.4.3 Alpha多样性分析 | 第38页 |
| 2.4.4 Beta多样性分析 | 第38-39页 |
| 2.4.5 菌群结构分析 | 第39页 |
| 2.4.6 16S功能基因预测分析 | 第39页 |
| 3 结果 | 第39-53页 |
| 3.1 总DNA提取 | 第39页 |
| 3.2 野生动物粪便细菌总DNAPCR扩增结果 | 第39-40页 |
| 3.3 测序处理和信息分析 | 第40-42页 |
| 3.3.1 测序数据统计及质控 | 第40-41页 |
| 3.3.2 OTU分类及统计结果 | 第41-42页 |
| 3.4 Alpha多样性分析 | 第42-44页 |
| 3.5 Beta多样性分析 | 第44-46页 |
| 3.6 菌群结构分析 | 第46-53页 |
| 3.6.1 基于门水平(phylumlevel)分析 | 第46-47页 |
| 3.6.2 基于目水平(orderlevel)分析 | 第47-49页 |
| 3.6.3 不同野生动物组粪便菌群差异性分析 | 第49-51页 |
| 3.6.4 不同野生动物组粪便菌群功能差异性分析 | 第51-53页 |
| 4 讨论 | 第53-56页 |
| 4.1 Illumina高通量测序技术的应用 | 第53-54页 |
| 4.2 食性对野生动物肠道微生物的影响 | 第54-55页 |
| 4.3 消化道生理结构对野生动物肠道微生物影响 | 第55-56页 |
| 5 小结 | 第56-57页 |
| 全文总结 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-68页 |
| 致谢 | 第68-69页 |
| 作者简介 | 第69页 |