| 摘要 | 第9-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-32页 |
| 1 微生物 | 第11-13页 |
| 1.1 微生物的特征 | 第11-12页 |
| 1.2 微生物引起的危机 | 第12-13页 |
| 1.3 抗生素耐药性的起源 | 第13页 |
| 2 抗生素耐药性的作用机制及分子基础 | 第13-18页 |
| 2.1 细胞壁或者外膜通透性改变 | 第14-15页 |
| 2.2 抗生素主动外排泵 | 第15-16页 |
| 2.3 抗生素作用靶标的改变 | 第16-17页 |
| 2.3.1 青霉素结合蛋白改变 | 第16页 |
| 2.3.2 诺酮类药物作用靶标的改变 | 第16页 |
| 2.3.3 rRNA甲基化酶 | 第16-17页 |
| 2.4 抗生素灭活酶 | 第17-18页 |
| 2.4.1 β-内酰胺酶 | 第17页 |
| 2.4.2 氨基糖苷修饰酶 | 第17-18页 |
| 2.4.3 喹诺酮类修饰酶 | 第18页 |
| 3 重金属与抗生素耐药性 | 第18-21页 |
| 3.1 重金属对抗生素耐药性的协同选择 | 第18-20页 |
| 3.1.1 协同抗性机制 | 第19页 |
| 3.1.2 交叉抗性机制 | 第19页 |
| 3.1.3 抗性机制的协同调节 | 第19-20页 |
| 3.1.4 生物膜感应 | 第20页 |
| 3.2 重金属在养殖业中的应用及产生的危害 | 第20-21页 |
| 4 宏基因组在耐药性研究中的应用 | 第21-22页 |
| 4.1 抗生素耐药性研究的传统方法 | 第21页 |
| 4.2 宏基因组及其在抗生素耐药性研究中的应用 | 第21-22页 |
| 5 抗生素耐药性现状 | 第22-25页 |
| 5.1 抗生素耐药性的发展 | 第22页 |
| 5.2 抗生素耐药性的扩散 | 第22-23页 |
| 5.3 抗生素在畜牧业中的应用及危害 | 第23-25页 |
| 参考文献 | 第25-32页 |
| 第二章 山西奶牛场抗生素耐药基因流行情况 | 第32-48页 |
| 1 材料方法 | 第33-39页 |
| 1.1 实验材料 | 第33页 |
| 1.1.1 实验试剂 | 第33页 |
| 1.1.2 实验仪器设备 | 第33页 |
| 1.2 试验方法 | 第33-38页 |
| 1.2.1 样品采集 | 第33-34页 |
| 1.2.2 宏基因组DNA提取 | 第34-35页 |
| 1.2.3 DNA测序文库构建 | 第35-38页 |
| 1.3 生物信息学分析 | 第38-39页 |
| 1.4 统计分析 | 第39页 |
| 2 结果 | 第39-44页 |
| 2.1 测序数据量 | 第39-40页 |
| 2.2 粪便和土壤中的耐药基因丰度 | 第40页 |
| 2.3 粪便和土壤中耐药基因相关性分析 | 第40-41页 |
| 2.4 粪便和土壤中耐药基因分类 | 第41-42页 |
| 2.5 抗生素耐药基因谱 | 第42-43页 |
| 2.6 耐药基因丰度和奶牛场规模相关性分析 | 第43-44页 |
| 3 讨论 | 第44-45页 |
| 3.1 山西奶牛场抗生素耐药基因流行分布情况 | 第44-45页 |
| 3.2 集约化的饲养模式促进耐药基因增加 | 第45页 |
| 4 小结 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-48页 |
| 第三章 山西奶牛场粪便及土壤的重金属含量和转座酶丰度 | 第48-67页 |
| 1 材料方法 | 第49-56页 |
| 1.1 试验材料 | 第49页 |
| 1.1.1 试验试剂 | 第49页 |
| 1.1.2 试验仪器 | 第49页 |
| 1.2 试验方法 | 第49-56页 |
| 1.2.1 重金属铜和锌的检测 | 第49-50页 |
| 1.2.2 宏基因组DNA的提取 | 第50页 |
| 1.2.3 宏基因组DNA中转座酶基因的检测 | 第50-56页 |
| 1.3 试验统计 | 第56页 |
| 2 结果 | 第56-63页 |
| 2.1 重金属含量 | 第56-57页 |
| 2.2 重金属抗性基因丰度 | 第57-58页 |
| 2.3 重金属对重金属抗性基因的选择作用 | 第58-59页 |
| 2.4 重金属抗性基因和抗生素耐药基因相关性分析 | 第59-61页 |
| 2.5 奶牛粪便和土壤微生物宏基因组中转座酶基因的丰度 | 第61页 |
| 2.6 粪便和土壤中转座酶及耐药基因丰度相关性分析 | 第61-63页 |
| 3 讨论 | 第63-64页 |
| 4 小结 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-67页 |
| 第四章 中国主要奶牛养殖省份奶牛场耐药基因流行情况 | 第67-86页 |
| 1 材料方法 | 第68-76页 |
| 1.1 实验材料 | 第68-69页 |
| 1.1.1 实验试剂 | 第68页 |
| 1.1.2 样品采集 | 第68-69页 |
| 1.1.3 实验仪器设备 | 第69页 |
| 1.2 实验方法 | 第69-76页 |
| 1.2.1 宏基因组DNA提取 | 第69-70页 |
| 1.2.2 宏基因组DNA中耐药基因的检测 | 第70-74页 |
| 1.2.2 耐药基因定量PCR | 第74-76页 |
| 1.3 统计方法 | 第76页 |
| 2 结果 | 第76-82页 |
| 2.1 成年奶牛粪便细菌耐药基因检测结果 | 第76-77页 |
| 2.2 奶牛场粪便堆肥样品中耐药基因丰度 | 第77页 |
| 2.3 犊牛粪便细菌耐药基因丰度 | 第77-78页 |
| 2.4 不同样品间耐药基因丰度比较 | 第78-79页 |
| 2.5 成年奶牛粪便细菌转座酶基因丰度 | 第79-80页 |
| 2.6 七个省份堆肥样品中转座酶基因总丰度 | 第80页 |
| 2.7 犊牛粪便细菌转座酶基因总丰度 | 第80-81页 |
| 2.8 耐药基因和转座酶基因丰度相关性分析 | 第81-82页 |
| 3 讨论 | 第82-83页 |
| 4 小结 | 第83-84页 |
| 参考文献 | 第84-86页 |
| 第五章 青藏高原牦牛粪便微生物多样性及耐药基因丰度的检测 | 第86-104页 |
| 1 材料方法 | 第87-95页 |
| 1.1 实验材料 | 第87-88页 |
| 1.1.1 实验试剂 | 第87页 |
| 1.1.2 样品采集 | 第87-88页 |
| 1.1.3 实验仪器 | 第88页 |
| 1.2 实验方法 | 第88-95页 |
| 1.2.1 粪便宏基因组DNA提取 | 第88页 |
| 1.2.2 16Sr RNA测序 | 第88-90页 |
| 1.2.3 宏基因组DNA中耐药基因的检测 | 第90-95页 |
| 2 结果 | 第95-99页 |
| 2.1 稀疏曲线及多样性指数 | 第95-96页 |
| 2.2 牦牛粪便菌群组成 | 第96-97页 |
| 2.3 牦牛粪便细菌结构 | 第97-98页 |
| 2.4 牦牛粪便宏基因组中耐药基因丰度 | 第98-99页 |
| 3 讨论 | 第99-101页 |
| 4 小结 | 第101-102页 |
| 参考文献 | 第102-104页 |
| 第六章 结论与展望 | 第104-107页 |
| ABSTRACT | 第107-108页 |
| 个人简介 | 第109-111页 |
| 致谢 | 第111页 |
