| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 前言 | 第11-31页 |
| 1. 耐冷微生物 | 第11-17页 |
| 1.1. 耐冷微生物简介 | 第11-12页 |
| 1.2. 耐冷微生物生长特性 | 第12-13页 |
| 1.3. 耐冷菌研究进展 | 第13-15页 |
| 1.4. 莓实假单胞菌简介 | 第15-17页 |
| 2. 微生物基因组学 | 第17-25页 |
| 2.1. 微生物基因组学简介 | 第17-18页 |
| 2.2. 基因组测序的发展 | 第18-19页 |
| 2.3. 假单胞菌基因组学 | 第19页 |
| 2.4. 基因组基本特征 | 第19-23页 |
| 2.4.1. 核心以及附属基因组 | 第19-20页 |
| 2.4.2. 基因岛 | 第20-21页 |
| 2.4.3. 插入元件 | 第21页 |
| 2.4.4. 重复序列 | 第21-22页 |
| 2.4.5. 假基因 | 第22-23页 |
| 2.5. 微生物比较基因组学研究进展 | 第23-24页 |
| 2.6. 微生物基因组学的应用 | 第24-25页 |
| 3. 细菌质粒的基本特征 | 第25-29页 |
| 3.1. 质粒的复制方式 | 第25-28页 |
| 3.1.1. Theta复制 | 第26-27页 |
| 3.1.2. 滚环复制 | 第27页 |
| 3.1.3. 链置换复制 | 第27-28页 |
| 3.2. 耐冷菌的质粒 | 第28页 |
| 3.3. 假单胞菌的质粒 | 第28-29页 |
| 4. 立题背景与研究内容 | 第29-31页 |
| 4.1. 立题背景 | 第29-30页 |
| 4.2. 研究内容 | 第30-31页 |
| 第二章 莓实假单胞菌A22和B25全基因组测序及生物信息学分析 | 第31-53页 |
| 1. 材料 | 第31-32页 |
| 1.1. 菌种与质粒 | 第31页 |
| 1.2. 培养基 | 第31-32页 |
| 1.3. 主要试剂及其来源 | 第32页 |
| 1.4. 主要设备及其来源 | 第32页 |
| 2. 方法 | 第32-37页 |
| 2.1. 莓实假单胞菌活化培养及基因组DNA的提取 | 第32-33页 |
| 2.2. 全基因组测序和拼接 | 第33页 |
| 2.3. 全基因组精细图的绘制 | 第33-34页 |
| 2.4. 开放阅读框的预测 | 第34页 |
| 2.5. 基因功能注释 | 第34-35页 |
| 2.6. 假基因预测 | 第35页 |
| 2.7. 蛋白序列功能分析 | 第35-37页 |
| 2.8. 其他元件的预测 | 第37页 |
| 2.9. 全基因组序列提交 | 第37页 |
| 3. 结果与分析 | 第37-50页 |
| 3.1. A22和B25基因组测序结果 | 第37-38页 |
| 3.2. 序列拼接 | 第38-39页 |
| 3.3. A22和B25基因组基本情况 | 第39-40页 |
| 3.4. 基因组岛 | 第40-42页 |
| 3.5. 重复序列预测与分析 | 第42-44页 |
| 3.5.1. 串联重复序列 | 第42-44页 |
| 3.5.2. 插入序列 | 第44页 |
| 3.6. 基因功能预测与分析 | 第44-50页 |
| 3.6.1. COG功能分类 | 第44-46页 |
| 3.6.2. GO(Gene Ontology)功能分类 | 第46页 |
| 3.6.3. 代谢途径分析 | 第46-47页 |
| 3.6.4. 次级代谢产物基因簇分析 | 第47-48页 |
| 3.6.5. 双组分调控系统 | 第48-49页 |
| 3.6.6. 假基因 | 第49页 |
| 3.6.7. 分泌系统 | 第49-50页 |
| 3.6.8. 低温诱导蛋白 | 第50页 |
| 4. 讨论 | 第50-53页 |
| 第三章 莓实假单胞菌A22与B25比较基因组学分析 | 第53-66页 |
| 1. 材料 | 第53页 |
| 2. 方法 | 第53-56页 |
| 2.1. 构建系统发生树 | 第53-55页 |
| 2.2. 基因组共线性分析 | 第55页 |
| 2.3. 基因组中插入与缺失区域的分析 | 第55页 |
| 2.4. 基因簇的比较分析 | 第55页 |
| 2.5. 直系同源分析 | 第55-56页 |
| 3. 结果与分析 | 第56-62页 |
| 3.1. 基因组基本情况比较 | 第56-57页 |
| 3.2. 系统发生数的构建与分析 | 第57页 |
| 3.3. 基因组共线性分析 | 第57-59页 |
| 3.4. 直系同源分析 | 第59-62页 |
| 3.4.1. 假单胞菌基因簇分析 | 第59-60页 |
| 3.4.2. A22与B25蛋白质功能分类比较 | 第60-62页 |
| 4. 讨论 | 第62-66页 |
| 第四章 莓实假单胞菌A22和B25内源质粒的发现与生物信息学分析 | 第66-82页 |
| 1. 材料 | 第66-68页 |
| 1.1. 菌种和质粒 | 第66页 |
| 1.2. 培养基 | 第66页 |
| 1.3. 主要实验试剂和来源 | 第66-67页 |
| 1.4. 主要仪器和设备 | 第67-68页 |
| 2. 方法 | 第68-73页 |
| 2.1. 一般基因操作方法 | 第68页 |
| 2.2. 莓实假单胞菌质粒DNA的提取 | 第68页 |
| 2.3. 莓实假单胞菌感受态细胞的制备和转化 | 第68-69页 |
| 2.4. A22与B25抗性实验 | 第69页 |
| 2.5. 重组质粒pHPF01,pHPF02,pHPF03和pHB25的构建 | 第69-71页 |
| 2.5.1. pHPF01的构建 | 第70页 |
| 2.5.2. pHPF02的构建 | 第70页 |
| 2.5.3. pHPF03的构建 | 第70页 |
| 2.5.4. pHB25的构建 | 第70-71页 |
| 2.6. 质粒pPF01,pPF02,pPF03和pB25的生物信息学分析 | 第71页 |
| 2.7. 莓实假单胞菌质粒消除实验 | 第71页 |
| 2.8. 质粒pPF01,pPF02,pPF03和pB25拷贝数检测 | 第71-73页 |
| 3. 结果与分析 | 第73-78页 |
| 3.1. A22和B25中质粒的筛选 | 第73页 |
| 3.2. 质粒的亚克隆测序 | 第73页 |
| 3.3. 质粒序列的生物信息学分析 | 第73-77页 |
| 3.3.1. pPF01 | 第75页 |
| 3.3.2. pPF02 | 第75-76页 |
| 3.3.3. pPF03 | 第76-77页 |
| 3.3.4. pB25 | 第77页 |
| 3.4. A22和B25抗性实验 | 第77页 |
| 3.5. A22和B25质粒消除实验 | 第77-78页 |
| 3.6. 质粒pPF01,pPF02,pPF03和pB25相对拷贝数 | 第78页 |
| 4. 讨论 | 第78-82页 |
| 第五章 质粒pPF02与pPF03复制性区域的分析 | 第82-95页 |
| 1. 材料 | 第82-84页 |
| 1.1. 菌株和质粒 | 第82页 |
| 1.2. 培养基 | 第82页 |
| 1.3. 主要实验试剂和来源 | 第82-84页 |
| 1.4. 主要仪器和设备 | 第84页 |
| 2. 方法 | 第84-88页 |
| 2.1. 一般基因操作方法 | 第84-85页 |
| 2.2. 莓实假单胞菌常规操作方法 | 第85页 |
| 2.3. 质粒pHPF0101、pHPF0102、pHPF0103及pHPF01-ori的构建 | 第85-86页 |
| 2.4. 质粒pPF02复制功能区域的研究 | 第86页 |
| 2.4.1. 重组质粒pHPF02ori01、pHPF02ori02、pHPF02ori03的构建 | 第86页 |
| 2.4.2. 重组质粒pHPF02ori04、pHPF02ori05、pHPF02ori06的构建 | 第86页 |
| 2.5. 质粒pPF03复制功能区域的研究 | 第86-87页 |
| 2.5.1. 重组质粒pHPF03ori01、pHPF03ori02、pHPF03ori03的构建 | 第86-87页 |
| 2.5.2. 重组质粒pHPF03ori04、pHPF03ori05、pHPF03ori06的构建 | 第87页 |
| 2.6. 质粒稳定性研究 | 第87-88页 |
| 2.6.1. 穿梭质粒pPFK01、pPFK02、pPFK03的构建 | 第87-88页 |
| 2.6.2. 穿梭质粒pPFK04、pPFK05、pPFK06的构建 | 第88页 |
| 2.6.3. 质粒稳定性试验 | 第88页 |
| 2.7. 宿主范围 | 第88页 |
| 3. 结果与讨论 | 第88-93页 |
| 3.1. pPF01最小复制元件 | 第88-89页 |
| 3.2. pPF02最小复制元件 | 第89页 |
| 3.3. pPF03最小复制元件 | 第89-91页 |
| 3.4. 穿梭质粒在B25M中遗传稳定性检测 | 第91-92页 |
| 3.5. 穿梭质粒宿主范围 | 第92-93页 |
| 4. 讨论 | 第93-95页 |
| 全文总结 | 第95-97页 |
| 展望 | 第97-98页 |
| 参考文献 | 第98-120页 |
| 附录 | 第120-128页 |
| 致谢 | 第128-129页 |
| 博士期间取得的科研成果 | 第129页 |
