| 摘要 | 第4-8页 |
| Abstract | 第8-12页 |
| 第1章 引言 | 第16-34页 |
| 1.1 系统发育 | 第16-20页 |
| 1.1.1 系统发育学的兴起与发展 | 第16-18页 |
| 1.1.2 直系同源基因和旁系同源基因的区别与筛选 | 第18-19页 |
| 1.1.3 构建系统发育树的方法 | 第19-20页 |
| 1.2 群体遗传 | 第20-21页 |
| 1.2.1 群体遗传的多样性以及评估手段 | 第20页 |
| 1.2.2 群体遗传的种群扩张和瓶颈效应 | 第20-21页 |
| 1.3 生物地理和洋流 | 第21-23页 |
| 1.3.1 生物地理学的发展简史 | 第21页 |
| 1.3.2 太平洋西部的地质、气候及洋流 | 第21-23页 |
| 1.4 鲱形目鱼类及鳓鱼群体研究概况 | 第23-28页 |
| 1.4.1 基于形态学证据鲱形目鱼类的系统发育关系 | 第23-24页 |
| 1.4.2 基于分子学证据鲱形目鱼类的系统发育关系 | 第24-28页 |
| 1.5 太平洋西部鳓鱼群体遗传多样性研究状况 | 第28-30页 |
| 1.6 本研究的内容和意义 | 第30-34页 |
| 1.6.1 研究内容 | 第30-31页 |
| 1.6.2 研究意义 | 第31-33页 |
| 1.6.3 技术路线 | 第33-34页 |
| 第2章 核基因数据分析鲱形目鱼类的系统发育关系 | 第34-61页 |
| 2.1 引言 | 第34-35页 |
| 2.2 材料与方法 | 第35-36页 |
| 2.2.1 鲱形目鱼类的样本收集 | 第35页 |
| 2.2.2 本实验的主要仪器和试剂 | 第35-36页 |
| 2.2.2.1 主要仪器 | 第35页 |
| 2.2.2.2 主要试剂 | 第35-36页 |
| 2.3 实验方法 | 第36-42页 |
| 2.3.1 核基因DNA的提取 | 第36页 |
| 2.3.2 RNA baits的设计 | 第36-37页 |
| 2.3.3 核基因文库的构建 | 第37-39页 |
| 2.3.4 靶基因富集 | 第39-41页 |
| 2.3.5 Illumina 2500高通量测序 | 第41-42页 |
| 2.4 高通量测序数据处理 | 第42-45页 |
| 2.4.1 测序数据的组装 | 第42-44页 |
| 2.4.2 数据的过滤 | 第44页 |
| 2.4.3 测序覆盖度(coverge)和深度(depth)计算 | 第44页 |
| 2.4.4 根据GG含量筛选数据 | 第44-45页 |
| 2.5 结果与分析 | 第45-53页 |
| 2.5.1 测序数据和组装结果的统计 | 第45-47页 |
| 2.5.2 重建鲱形目系统发育关系 | 第47-53页 |
| 2.6 讨论 | 第53-61页 |
| 2.6.1 鲱形目鱼类分类地位的确定 | 第53-54页 |
| 2.6.2 单系性 | 第54页 |
| 2.6.3 系统发育关系 | 第54-61页 |
| 第3章 依据核基因数据分析太平洋西部鳓鱼群体的遗传现状 | 第61-94页 |
| 3.1 引言 | 第61-62页 |
| 3.2 材料与方法 | 第62-65页 |
| 3.2.1 鳓鱼样本的采集 | 第62页 |
| 3.2.2 DNA提取和线粒体D-loop的扩增 | 第62-63页 |
| 3.2.3 文库构建和目的基因的富集以及高通量测序 | 第63页 |
| 3.2.4 测序数据的过滤及序列的组装 | 第63-64页 |
| 3.2.5 SNP数据的获取 | 第64-65页 |
| 3.3 生物信息学分析 | 第65-66页 |
| 3.3.1 概括统计量 | 第65页 |
| 3.3.2 单倍型网络图和群体遗传结构 | 第65页 |
| 3.3.3 太平洋西部鳓鱼群体间的遗传变异 | 第65-66页 |
| 3.3.4 太平洋西部鳓鱼群体的历史动态 | 第66页 |
| 3.4 结果 | 第66-68页 |
| 3.4.1 核基因SNP数据的差异 | 第66页 |
| 3.4.2 鳓鱼群体间的遗传分化分析 | 第66-67页 |
| 3.4.3 太平洋西部鳓鱼群体的历史动态 | 第67-68页 |
| 3.5 讨论 | 第68-94页 |
| 第4章 基于线粒体基因组界定丹东鳓鱼群体 | 第94-100页 |
| 4.1 材料与方法 | 第94页 |
| 4.1.1 样本采集 | 第94页 |
| 4.1.2 DNA提取和引物设计及线粒体基因组的扩增 | 第94页 |
| 4.1.3 数据校正及数据组装 | 第94页 |
| 4.2 数据分析 | 第94-95页 |
| 4.2.1 序列分析 | 第94页 |
| 4.2.2 基于GMYC模型分析 | 第94-95页 |
| 4.3 结果分析 | 第95页 |
| 4.3.1 鳓鱼线粒体基因组序列特征 | 第95页 |
| 4.3.2 GMYC分析的结果 | 第95页 |
| 4.4 讨论 | 第95-100页 |
| 第5章 结论与展望 | 第100-102页 |
| 5.1 研究结论 | 第100-101页 |
| 5.2 研究展望 | 第101-102页 |
| 参考文献 | 第102-113页 |
| 在校期间的科研情况 | 第113-114页 |
| 致谢 | 第114-115页 |
