| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 引言 | 第8-9页 |
| 1 分子力学与粗粒化模型 | 第9-18页 |
| 1.1 分子力学 | 第9-12页 |
| 1.1.1 分子力学方法 | 第9页 |
| 1.1.2 分子力场形式 | 第9-10页 |
| 1.1.3 分子力场分类 | 第10-11页 |
| 1.1.4 分子动力学模拟对 DNA 研究的重要意义 | 第11-12页 |
| 1.2 粗粒化模型 | 第12-18页 |
| 1.2.1 粗粒化模型的优势 | 第12页 |
| 1.2.2 常见粗粒化模型 | 第12-13页 |
| 1.2.3 GB-EMP 粗粒化模型 | 第13-18页 |
| 2 DNA 全原子模拟 | 第18-25页 |
| 2.1 DNA 溶液动力学模拟模型的建立 | 第18-22页 |
| 2.2 DNA 溶液盒子的动力学模拟 | 第22-25页 |
| 3 DNA 粗粒化模型 | 第25-41页 |
| 3.1 DNA 的 GB-EMP 粗粒化模型 | 第25-28页 |
| 3.2 DNA 粗粒化模型参数的确定 | 第28-41页 |
| 3.2.1 DNA GB 参数的确定 | 第28-29页 |
| 3.2.2 DNA EMP 参数的确定 | 第29-31页 |
| 3.2.3 DNA 键长、键角参数的确定 | 第31-41页 |
| 4 DNA 粗粒化模型结果的分析 | 第41-53页 |
| 4.1 范德瓦尔斯作用的分析 | 第41-46页 |
| 4.2 粗粒化模型合理性及稳定性的分析 | 第46-53页 |
| 总结 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-57页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第57-58页 |
| 致谢 | 第58页 |