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基于GB-EMP粗粒化模型对DNA的分子动力学模拟

摘要第4-5页
Abstract第5-6页
引言第8-9页
1 分子力学与粗粒化模型第9-18页
    1.1 分子力学第9-12页
        1.1.1 分子力学方法第9页
        1.1.2 分子力场形式第9-10页
        1.1.3 分子力场分类第10-11页
        1.1.4 分子动力学模拟对 DNA 研究的重要意义第11-12页
    1.2 粗粒化模型第12-18页
        1.2.1 粗粒化模型的优势第12页
        1.2.2 常见粗粒化模型第12-13页
        1.2.3 GB-EMP 粗粒化模型第13-18页
2 DNA 全原子模拟第18-25页
    2.1 DNA 溶液动力学模拟模型的建立第18-22页
    2.2 DNA 溶液盒子的动力学模拟第22-25页
3 DNA 粗粒化模型第25-41页
    3.1 DNA 的 GB-EMP 粗粒化模型第25-28页
    3.2 DNA 粗粒化模型参数的确定第28-41页
        3.2.1 DNA GB 参数的确定第28-29页
        3.2.2 DNA EMP 参数的确定第29-31页
        3.2.3 DNA 键长、键角参数的确定第31-41页
4 DNA 粗粒化模型结果的分析第41-53页
    4.1 范德瓦尔斯作用的分析第41-46页
    4.2 粗粒化模型合理性及稳定性的分析第46-53页
总结第53-54页
参考文献第54-57页
攻读硕士学位期间发表学术论文情况第57-58页
致谢第58页

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