| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 第一章 分子动力学模拟在继发性主动转运体研究中的应用 | 第8-23页 |
| 1.1 继发性主动转运体的分类和结构特征 | 第8-15页 |
| 1.1.1 转运体的一般分类 | 第8-10页 |
| 1.1.2 继发性主动转运体的结构特征和转运机制 | 第10-15页 |
| 1.2 分子动力学模拟方法理论简介 | 第15-18页 |
| 1.2.1 分子动力学模拟的基本原理 | 第16页 |
| 1.2.2 分子动力学模拟的一般步骤 | 第16-18页 |
| 1.2.3 常用的分子动力学模拟软件和力场 | 第18页 |
| 1.3 分子动力学模拟在继发性主动转运体研究中的应用和进展 | 第18-21页 |
| 1.4 小结 | 第21-23页 |
| 第二章 NO_3~-/NO_2~-交换转运体转运机理的分子动力学模拟研究 | 第23-37页 |
| 2.1 选题背景 | 第23-24页 |
| 2.2 模型搭建和实验方法 | 第24-27页 |
| 2.2.1 体系构建 | 第24-26页 |
| 2.2.2 体系的分子动力学模拟 | 第26-27页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第27-36页 |
| 2.3.1 蛋白结构的稳定性变化 | 第27-28页 |
| 2.3.2 NO_2~-的结合诱导蛋白转变为细胞内闭合构象 | 第28-30页 |
| 2.3.3 NO_2~-及其活性位点的动态变化 | 第30-32页 |
| 2.3.4 NO_2~-的释放路径 | 第32-34页 |
| 2.3.5 NarK的转运机制研究 | 第34-36页 |
| 2.4 结论 | 第36-37页 |
| 第三章 质子耦合的多药转运体转运机理的分子动力学模拟研究 | 第37-51页 |
| 3.1 研究背景 | 第37-39页 |
| 3.2 模型搭建和实验方法 | 第39-40页 |
| 3.2.1 体系构建 | 第39-40页 |
| 3.2.2 体系的分子动力学模拟 | 第40页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第40-49页 |
| 3.3.1 蛋白结构的稳定性 | 第41页 |
| 3.3.2 质子化Asp41诱导蛋白细胞外通道变大 | 第41-43页 |
| 3.3.3 质子化Asp41诱导TM1的“bent”使底物的释放 | 第43-45页 |
| 3.3.4 去质子化Asp41使结构转变为细胞外闭合构象 | 第45-48页 |
| 3.3.5 pfMATE转运机理解释 | 第48-49页 |
| 3.4 结论 | 第49-51页 |
| 参考文献 | 第51-57页 |
| 在学期间的研究成果 | 第57-58页 |
| 致谢 | 第58页 |
