| 致谢 | 第4-5页 |
| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一章 引言 | 第12-34页 |
| 第一节 土壤铁循环 | 第12-14页 |
| 一、铁循环的基本过程 | 第12-13页 |
| 二、铁循环耦合其他元素的氧化还原过程 | 第13-14页 |
| 第二节 亚铁氧化过程及其相关微生物 | 第14-20页 |
| 一、亚铁氧化过程 | 第14-15页 |
| 二、亚铁氧化微生物类型 | 第15-20页 |
| 第三节 硝酸盐依赖型亚铁氧化过程及其微生物群落 | 第20-26页 |
| 一、硝酸盐依赖的中性厌氧亚铁氧化程 | 第20-23页 |
| 二、硝酸盐依赖的中性厌氧亚铁氧化微生物类群 | 第23-26页 |
| 第四节 亚铁氧化成矿过程及其环境意义 | 第26-32页 |
| 一、生物胞内/外成矿过程 | 第26-30页 |
| 二、生物成矿在地质变化过程中的意义 | 第30-32页 |
| 第五节 本论文的研究目的和内容 | 第32-34页 |
| 一、研究目的和意义 | 第32-33页 |
| 二、主要研究内容 | 第33-34页 |
| 第二章 三种母质发育的水稻土中性亚铁氧化耦合硝酸盐还原动力学及其微生物机制 | 第34-64页 |
| 第一节 材料和方法 | 第34-41页 |
| 一、水稻土样品的采集 | 第34页 |
| 二、实验试剂和器材 | 第34-37页 |
| 三、实验设计 | 第37页 |
| 四、理化指标的检测方法 | 第37-38页 |
| 五、DNA的提取，PCR的扩增和高通量测序方法 | 第38-40页 |
| 六、XRD/SEM/TEM表征成矿 | 第40-41页 |
| 第二节 水稻土中亚铁氧化与硝酸盐还原转化动力学 | 第41-47页 |
| 一、NO_3~-还原动力学 | 第41-44页 |
| 二、Fe(Ⅱ)氧化动力学 | 第44-47页 |
| 第三节 微生物群落结构响应 | 第47-60页 |
| 一、三种原始水稻土的土著微生物群落多样性 | 第47-53页 |
| 二、传代驯化富集后微生物群落响应 | 第53-58页 |
| 三、传代驯化富集后亚硝酸盐还原功能群落响应 | 第58页 |
| 四、传代驯化富集后氧化亚氮还原功能群落响应 | 第58-60页 |
| 第四节 生物成矿 | 第60-62页 |
| 第五节 本章小结 | 第62-64页 |
| 第三章 新菌Rhodocyclaceae sp. Paddy-1 的筛选及其亚铁氧化耦合硝酸盐还原过程 | 第64-86页 |
| 第一节 材料和方法 | 第65-70页 |
| 一、菌株Paddy-1 的分离和鉴定 | 第65-67页 |
| 二、实验设计 | 第67-68页 |
| 三、理化指标检测方法 | 第68页 |
| 四、16S r RNA的PCR扩增，克隆，序列测定和系统发育分析 | 第68-69页 |
| 五、全基因组测序方法 | 第69-70页 |
| 第二节 新菌Paddy-1 驱动的Fe(Ⅱ)氧化耦合NO_3~-还原动力学 | 第70-76页 |
| 一、Fe(Ⅱ)氧化动力学 | 第70-71页 |
| 二、NO_3~-还原动力学 | 第71-72页 |
| 三、生物成矿及其表征 | 第72-76页 |
| 第三节 菌株Paddy-1 驱动的亚铁氧化耦合硝酸盐还原的机制探讨 | 第76-83页 |
| 一、Fe(Ⅱ)氧化的相关基因 | 第76-81页 |
| 二、NO_3~-还原的相关基因 | 第81-82页 |
| 三、Fe(Ⅱ)氧化在细胞上代谢通路的构建 | 第82-83页 |
| 第四节 本章小结 | 第83-86页 |
| 第四章 Cupriavidus metallidurans Paddy-2 的筛选及其亚铁氧化耦合硝酸盐还原的机制探讨 | 第86-106页 |
| 第一节 材料和方法 | 第87-91页 |
| 一、菌株Paddy-2 的分离与鉴定 | 第87-90页 |
| 二、实验设计 | 第90-91页 |
| 三、理化指标检测方法 | 第91页 |
| 第二节Paddy-2 介导的Fe(Ⅱ)氧化耦合NO_3~-还原动力学 | 第91-93页 |
| 一、Fe(Ⅱ)氧化动力学 | 第91-92页 |
| 二、NO_3~-还原动力学 | 第92-93页 |
| 第三节 生物成矿及其表征 | 第93-97页 |
| 第四节Paddy-2 驱动的亚铁氧化耦合硝酸盐还原的机制探讨 | 第97-100页 |
| 一、Fe(Ⅱ)氧化的相关基因 | 第97-98页 |
| 二、NO_3~-还原的相关基因 | 第98页 |
| 三、Fe(Ⅱ)氧化的代谢通路的构建 | 第98-99页 |
| 四、生态效应探讨 | 第99-100页 |
| 第五节 本章小结 | 第100-106页 |
| 第五章 主要结论、创新之处和展望 | 第106-110页 |
| 第一节 主要结论 | 第106-108页 |
| 一、三种母质发育的水稻土中性亚铁氧化耦合硝酸盐还原动力学及其微生物机制 | 第106-107页 |
| 二、新菌Rhodocyclaceae sp. Paddy-1 的筛选及其亚铁氧化耦合硝酸盐还原过程 | 第107页 |
| 三、Cupriavidus metallidurans Paddy-2 的筛选及其亚铁氧化耦合硝酸盐还原的机制探讨 | 第107-108页 |
| 第二节 创新之处 | 第108页 |
| 第三节 存在问题和展望 | 第108-110页 |
| 参考文献 | 第110-130页 |
| 附录A | 第130-148页 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第148-149页 |
