| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 主要符号对照表 | 第13-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-20页 |
| 1.1 课题背景 | 第14-15页 |
| 1.2 本文的研究内容和主要工作 | 第15-17页 |
| 1.2.1 本文的研究内容 | 第15-16页 |
| 1.2.2 本文的特色上作 | 第16-17页 |
| 1.3 本文的内容安排 | 第17-20页 |
| 第二章 面向DNA芯片合成技术的计算技术研究 | 第20-48页 |
| 2.1 引言 | 第20-24页 |
| 2.1.1 相关工作介绍 | 第20-23页 |
| 2.1.2 特色工作 | 第23-24页 |
| 2.2 面向芯片技术的基因合成设计 | 第24-26页 |
| 2.2.1 问题分析 | 第24-25页 |
| 2.2.2 方法 | 第25-26页 |
| 2.3 代谢路径合成设计系统MPS | 第26-34页 |
| 2.3.1 数据源及数据预处理 | 第27-29页 |
| 2.3.2 方法 | 第29-31页 |
| 2.3.3 系统架构和功能 | 第31-33页 |
| 2.3.4 应用 | 第33-34页 |
| 2.4 面向芯片合成技术的同源蛋白质库构建 | 第34-44页 |
| 2.4.1 方法与实现 | 第36-42页 |
| 2.4.2 应用 | 第42-44页 |
| 2.5 本章小结 | 第44-48页 |
| 第三章 基于文献挖掘和数据库集成构建疾病网络 | 第48-64页 |
| 3.1 引言 | 第48-52页 |
| 3.1.1 研究现状 | 第48-51页 |
| 3.1.2 本章研究内容 | 第51-52页 |
| 3.2 多源数据获取与整合 | 第52-55页 |
| 3.2.1 生物文献获取与预处理 | 第52-53页 |
| 3.2.2 pathways数据库整合以及其他数据获取 | 第53-55页 |
| 3.3 系统架构和功能实现 | 第55-60页 |
| 3.3.1 整体系统架构 | 第55页 |
| 3.3.2 文献挖掘模块 | 第55-56页 |
| 3.3.3 数据库集成模块 | 第56-58页 |
| 3.3.4 疾病网络构建 | 第58-60页 |
| 3.4 应用 | 第60-61页 |
| 3.4.1 应用实例 | 第60-61页 |
| 3.4.2 应用结果 | 第61页 |
| 3.5 本章小结 | 第61-64页 |
| 第四章 TCGA多维数据研究与分析 | 第64-78页 |
| 4.1 引言 | 第64-68页 |
| 4.1.1 相关工作介绍 | 第64-67页 |
| 4.1.2 本章研究内容 | 第67-68页 |
| 4.2 结合通路信息研究不同癌症之间的共性和异质性 | 第68-71页 |
| 4.2.1 数据源及其预处理 | 第68-69页 |
| 4.2.2 数据分析 | 第69-71页 |
| 4.3 结合蛋白相互作用网络分析结肠癌TCGA多维数据 | 第71-76页 |
| 4.3.1 数据源及其预处理 | 第72-74页 |
| 4.3.2 数据分析及结果讨论 | 第74-76页 |
| 4.3.3 文献验证 | 第76页 |
| 4.4 本章小结 | 第76-78页 |
| 第五章 结论 | 第78-82页 |
| 5.1 工作总结 | 第78-79页 |
| 5.2 后续的主要工作 | 第79-82页 |
| 参考文献 | 第82-88页 |
| 致谢 | 第88-90页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第90页 |
