| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-10页 |
| 缩略词表 | 第10-11页 |
| 目录 | 第11-14页 |
| 前言 | 第14-22页 |
| 1. 幽门螺杆菌的致病因子 | 第14-15页 |
| 2. TFSS 分泌系统与CagA 蛋白的转移 | 第15-16页 |
| 3. CagA 蛋白的序列特征 | 第16-18页 |
| ·CagA 蛋白羧基端的EPIYA 基序 | 第16-17页 |
| ·CagA 蛋白羧基端的分泌信号 | 第17页 |
| ·CagA 蛋白氨基端的功能 | 第17页 |
| ·CagA 蛋白的CM 序列 | 第17-18页 |
| 4. CagA 蛋白在细胞内的生物学功能 | 第18-20页 |
| ·CagA 蛋白的磷酸化修饰 | 第18页 |
| ·磷酸化CagA 蛋白的功能 | 第18-19页 |
| ·非磷酸化CagA 蛋白的功能 | 第19-20页 |
| 5. 小结 | 第20-22页 |
| 第一章 cagA 基因的优化、人工合成及分析 | 第22-52页 |
| 第一部分 菌源cagA 98-10 和cagA Ca52 基因的优化 | 第23-36页 |
| 1. 材料 | 第23页 |
| ·CagA 蛋白序列 | 第23页 |
| ·软件及网址 | 第23页 |
| ·人密码子使用频率表 | 第23页 |
| 2. 方法 | 第23-25页 |
| ·基因优化策略示意图 | 第23页 |
| ·GC 含量分析 | 第23-24页 |
| ·密码子偏性分析 | 第24页 |
| ·隐蔽剪接位点分析 | 第24页 |
| ·二核苷酸频率分析 | 第24-25页 |
| 3. 结果 | 第25-35页 |
| ·CagA 蛋白序列的选择 | 第25页 |
| ·cagA 98-10 基因优化前后的生物信息学分析 | 第25-29页 |
| ·cagA Ca52 基因优化前后的生物信息学分析 | 第29-35页 |
| 4. 讨论 | 第35-36页 |
| 第二部分 cagA 98-10~(HS) 和cagA Ca52~(HS)基因的人工全合成 | 第36-44页 |
| 1. 材料 | 第36页 |
| ·质粒和菌种 | 第36页 |
| ·酶及生化试剂 | 第36页 |
| ·寡聚核苷酸片段及引物 | 第36页 |
| 2. 方法 | 第36-40页 |
| ·全基因合成策略 | 第36-37页 |
| ·基因片段的扩增 | 第37-38页 |
| ·基因片段的回收 | 第38页 |
| ·基因片段与载体连接、转化E.coli DH-5α | 第38-39页 |
| ·挑选与鉴定期望重组菌 | 第39-40页 |
| 3. 结果 | 第40-42页 |
| ·寡聚核苷酸片段及引物设计 | 第40页 |
| ·cagA 98-10 ~(HS) 基因的全合成 | 第40-42页 |
| ·cagA Ca52 ~(HS) 基因的全合成 | 第42页 |
| 4. 讨论 | 第42-44页 |
| 第三部分 cagA 98-10~(HS) 和cagA Ca52~(HS)基因的验证 | 第44-52页 |
| 1. 材料 | 第44页 |
| ·质粒、菌种及细胞株 | 第44页 |
| ·酶及生化试剂 | 第44页 |
| 2. 方法 | 第44-46页 |
| ·质粒pcDNA3.1-cagA Ca52~(HS) 和pcDNA3.1- cagA 9810~(HS) 的构建 | 第44页 |
| ·细胞转染用质粒的小量制备 | 第44页 |
| ·AGS 细胞的复苏、培养及冻存 | 第44-45页 |
| ·AGS 细胞的转染 | 第45页 |
| ·cagA ~(HS) 基因转录的鉴定 | 第45-46页 |
| ·cagA~(HS) 基因表达的检测 | 第46页 |
| ·转染cagA ~(HS) 基因的细胞形态观察 | 第46页 |
| 3. 结果 | 第46-49页 |
| ·质粒pcDNA3.1- cagA 9810~(HS) 和pcDNA3.1-cagA Ca52~(HS) 的构建 | 第46-47页 |
| ·cagA 9810~(HS) 基因和cagA Ca52~(HS) 基因的转录鉴定 | 第47-48页 |
| ·cagA 9810~(HS) 基因和cagA Ca52~(HS) 基因的表达鉴定 | 第48-49页 |
| 4. 小结 | 第49-52页 |
| 第二章 不同亚型CagA 对胃上皮细胞AGS 转录谱的影响 | 第52-68页 |
| 1. 材料 | 第52页 |
| ·质粒及细胞株 | 第52页 |
| ·试剂 | 第52页 |
| 2. 方法 | 第52-55页 |
| ·AGS 细胞的培养 | 第52-53页 |
| ·细胞转染用质粒的小量制备 | 第53页 |
| ·AGS 细胞的稳定转染 | 第53页 |
| ·稳定转染细胞基因组的提取 | 第53页 |
| ·稳定转染细胞的RT-PCR 鉴定 | 第53页 |
| ·稳定转染细胞的WB 鉴定 | 第53页 |
| ·MTS 检测稳定转染细胞的增殖 | 第53-54页 |
| ·凋亡检测 | 第54页 |
| ·芯片实验 | 第54页 |
| ·RealTime-PCR | 第54-55页 |
| 3. 结果 | 第55-66页 |
| ·cagA Ca52~(HS) 和cagA 9810~(HS) 的稳定转染细胞系 | 第55页 |
| ·MTS 法检测稳定转染细胞增殖 | 第55页 |
| ·稳定转染细胞凋亡检测 | 第55-57页 |
| ·RNA 样品的质量检测 | 第57-58页 |
| ·差异基因的聚类分析 | 第58-59页 |
| ·CagA Ca52 蛋白对AGS 细胞基因表达谱的影响 | 第59-61页 |
| ·CagA 9810 蛋白对AGS 细胞基因表达谱的影响 | 第61-62页 |
| ·不同亚型CagA 蛋白对AGS 表达谱影响的比较 | 第62页 |
| ·RealTime RT-PCR 验证 | 第62-66页 |
| 4. 讨论 | 第66-68页 |
| 第三章 cagA 转基因小鼠的构建 | 第68-82页 |
| 1. 材料 | 第68页 |
| ·菌株和质粒 | 第68页 |
| ·酶和生化试剂 | 第68页 |
| 2. 方法 | 第68-71页 |
| ·质粒DNA 的小量提取 | 第68页 |
| ·cagA Ca52~(HS) 和cagA 9810~(HS) 的转基因载体构建 | 第68-69页 |
| ·显微注射用DNA 片段的制备 | 第69页 |
| ·受精卵的显微注射 | 第69页 |
| ·小鼠基因组DNA 的制备 | 第69页 |
| ·转基因小鼠的基因型鉴定 | 第69-70页 |
| ·小鼠组织总RNA 的提取 | 第70页 |
| ·cagA HS 转基因小鼠的基因表达鉴定 | 第70页 |
| ·组织切片的H.E 染色 | 第70-71页 |
| 3. 结果 | 第71-79页 |
| ·cagA Ca52~(HS) 和cagA 9810~(HS) 的转基因载体构建 | 第71页 |
| ·cagA Ca52~(HS) 和cagA 9810~(HS) 转基因首建鼠的建立 | 第71-73页 |
| ·cagA Ca52~(HS) 和cagA 9810 HS 转基因首建鼠的传代 | 第73页 |
| ·CagA Ca52 在转基因小鼠组织中的表达 | 第73页 |
| ·cagA Ca52~(HS) 转基因小鼠的胃肠病理变化 | 第73-78页 |
| ·cagA Ca52~(HS) 转基因小鼠肝、脾和肾的病理变化 | 第78-79页 |
| 4. 讨论 | 第79-82页 |
| 参考文献 | 第82-88页 |
| 附录 | 第88-98页 |
| 个人简介 | 第98-100页 |
| 致谢 | 第100-102页 |
| 发表文献 | 第102-109页 |
