| 摘要 | 第6-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 英文缩写 | 第12-14页 |
| 第一章 课题背景综述介绍 | 第14-48页 |
| 1.1 生物信息学在研究生物过程分子机制中的应用 | 第14-27页 |
| 1.1.1. 基因芯片技术 | 第14-19页 |
| 1.1.1.1 微阵列点样cDNA芯片 | 第16页 |
| 1.1.1.2 光原位合成寡核苷酸芯片 | 第16-17页 |
| 1.1.1.3 Illumina光纤微珠芯片 | 第17-19页 |
| 1.1.2. 基因芯片数据的预处理 | 第19-20页 |
| 1.1.3. 生物信息学的网络构建算法 | 第20-27页 |
| 1.1.3.1 鉴定显著共表达变化的基因对 | 第21-24页 |
| 1.1.3.2 鉴定时间点芯片中受单因素刺激反应的基因 | 第24-27页 |
| 1.2. MIRNA的研究进展 | 第27-37页 |
| 1.2.1.miRNA的基因结构 | 第28页 |
| 1.2.2 miRNA的生成及加工过程 | 第28-30页 |
| 1.2.3. miRNA对靶基因mRNA的作用机制 | 第30-34页 |
| 1.2.3.1. miRNA对靶基因mRNA的翻译抑制机制 | 第31-32页 |
| 1.2.3.2 miRNA对靶基因mRNA的降解机制 | 第32-34页 |
| 1.2.4. 鉴定miRNA调控的靶基因mRNA | 第34-37页 |
| 1.3 前列腺癌的研究背景 | 第37-46页 |
| 1.3.1 前列腺癌的分类、诊断和治疗 | 第37-39页 |
| 1.3.2 前列腺癌的发生发展机制 | 第39-41页 |
| 1.3.3 雄激素通路的研究现状 | 第41-46页 |
| 1.3.3.1 AR的激活 | 第42-43页 |
| 1.3.3.2 AR的靶基因 | 第43-44页 |
| 1.3.3.3 雄激素对免疫系统的影响 | 第44-46页 |
| 1.4 小结 | 第46-48页 |
| 第二章 基于随机行走模型鉴定前列腺癌激素依赖性转变的分子机制 | 第48-87页 |
| 2.1 材料和方法 | 第48-58页 |
| 2.1.1 材料 | 第48-49页 |
| 2.1.2 方法 | 第49-58页 |
| 2.1.2.1 SIG算法概述 | 第49页 |
| 2.1.2.2 随机行走模型 | 第49-50页 |
| 2.1.2.3 基于随机行走模型建立相关系数比值的理论解析分布 | 第50-56页 |
| 2.1.2.4 评估基因对共表达变化的显著性 | 第56-58页 |
| 2.1.2.5 鉴定显著共表达变化的基因对 | 第58页 |
| 2.2 结果 | 第58-73页 |
| 2.2.1 所用数据的预处理 | 第59-60页 |
| 2.2.2 基于癌症的发展过程的角度的分析 | 第60-64页 |
| 2.2.3 基于基因对的角度的分析 | 第64-66页 |
| 2.2.4 基于通路的角度的分析 | 第66-73页 |
| 2.3 讨论 | 第73-86页 |
| 2.3.1 算法特征 | 第73-75页 |
| 2.3.2 基因对共表达差异解释PPARG功能失活 | 第75-76页 |
| 2.3.3 构建基因调控网络 | 第76-86页 |
| 2.3.3.1 花生四烯酸代谢通路 | 第76-80页 |
| 2.3.3.2 肿瘤坏死因子TNF信号通路 | 第80-84页 |
| 2.3.3.3 雄激素受体通路 | 第84-86页 |
| 2.4 小结 | 第86-87页 |
| 第三章 构建MIRNA介导的AR级联调控网络 | 第87-124页 |
| 3.1 实验材料和方法 | 第87-94页 |
| 3.1.1 全基因组表达谱的检测 | 第87页 |
| 3.1.2 芯片数据预处理 | 第87-88页 |
| 3.1.3 鉴定显著的AR调控基因 | 第88-90页 |
| 3.1.3.1 雄激素反应基因的识别 | 第88页 |
| 3.1.3.2 鉴定早期反应与晚期反应的时间分隔点 | 第88-89页 |
| 3.1.3.3 Response Score衡量基因对雄激素刺激的反应强度 | 第89-90页 |
| 3.1.4 鉴定显著的受miRNA调控的靶基因mRNA | 第90-94页 |
| 3.1.4.1 OR统计量 | 第90-91页 |
| 3.1.4.2 Modulation Score精确衡量miRNA对靶基因mRNA的调控 | 第91-92页 |
| 3.1.4.3 评估一个预测的miRNA-mRNA作用对中miRNA调控效应的显著性 | 第92-94页 |
| 3.2 结果 | 第94-113页 |
| 3.2.1 识别雄激素反应基因miRNA和mRNA | 第95-96页 |
| 3.2.2 识别早晚期反应的时间分界点 | 第96-101页 |
| 3.2.3 鉴定AR直接调控的基因 | 第101-106页 |
| 3.2.4 鉴定miRNA对靶基因mRNA的调控作用 | 第106-110页 |
| 3.2.5 整合构建miRNA介导的AR级联调控网络 | 第110-113页 |
| 3.3 讨论 | 第113-123页 |
| 3.3.1 新发现的AR靶基因miRNA的功能 | 第114-116页 |
| 3.3.1.1 miR-19a在癌症中的功能研究 | 第114-115页 |
| 3.3.1.2 miR-27a在癌症中的功能研究 | 第115页 |
| 3.3.1.3 miR-133b在癌症中的功能研究 | 第115-116页 |
| 3.3.1.4 miR-421在癌症中的功能研究 | 第116页 |
| 3.3.2 AR诱导前列腺癌细胞免疫耐受机制的模型探讨 | 第116-118页 |
| 3.3.3 miRNA与宿主基因共表达的关系 | 第118-119页 |
| 3.3.4 miRNA与TF的协同作用初析 | 第119-120页 |
| 3.3.5 miRNA的占优调控效应 | 第120-123页 |
| 3.4 小结 | 第123-124页 |
| 第四章 总结与展望 | 第124-128页 |
| 4.1 本课题研究工作总结 | 第124-125页 |
| 4.2 下期工作展望 | 第125-128页 |
| 参考文献 | 第128-138页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第138-140页 |
| 致谢 | 第140-141页 |
