| 摘要 | 第6-10页 |
| Abstract | 第10-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第20-41页 |
| 1.1 表观遗传学与营养表观遗传学 | 第21-23页 |
| 1.1.1 表观遗传学 | 第21-22页 |
| 1.1.2 营养表观遗传学 | 第22-23页 |
| 1.2 胚期表观基因组重编程 | 第23-25页 |
| 1.2.1 分子机制 | 第23-24页 |
| 1.2.2 环境敏感性 | 第24-25页 |
| 1.3 DNA甲基化与去甲基化 | 第25-31页 |
| 1.3.1 DNA甲基化 | 第25-28页 |
| 1.3.2 DNA去甲基化 | 第28-31页 |
| 1.4 IOF的研究现状 | 第31-34页 |
| 1.4.1 IOF与免疫 | 第31-32页 |
| 1.4.2 IOF与胚胎发育 | 第32页 |
| 1.4.3 IOF与出雏后生长发育 | 第32页 |
| 1.4.4 IOF的实际应用 | 第32-34页 |
| 1.5 维生素C及其功能 | 第34-37页 |
| 1.5.1 维生素C的合成与代谢 | 第34-35页 |
| 1.5.2 维生素C的抗应激作用 | 第35-36页 |
| 1.5.3 维生素C的抗氧化作用 | 第36页 |
| 1.5.4 维生素C与动物免疫 | 第36-37页 |
| 1.5.5 维生素C与表观遗传学 | 第37页 |
| 1.6 转录组与全基因组甲基化测序 | 第37-39页 |
| 1.6.1 转录组测序 | 第37页 |
| 1.6.2 全基因组甲基化测序 | 第37-38页 |
| 1.6.3 RNA-seq与WGBS组合分析 | 第38-39页 |
| 1.7 研究问题的提出及研究内容 | 第39-41页 |
| 1.7.1 研究问题的提出 | 第39页 |
| 1.7.2 研究内容 | 第39-40页 |
| 1.7.3 技术路线 | 第40-41页 |
| 第二章 鸡胚发育过程中基因组DNA甲基化水平变化规律 | 第41-49页 |
| 2.1 材料与方法 | 第42-43页 |
| 2.1.1 仪器和试剂 | 第42页 |
| 2.1.2 孵化管理与样品采集 | 第42页 |
| 2.1.3 样品处理分析 | 第42-43页 |
| 2.1.4 DNA甲基化水平计算方法 | 第43页 |
| 2.1.5 统计分析 | 第43页 |
| 2.2 结果与分析 | 第43-46页 |
| 2.2.1 DNA酶解效果检测 | 第43页 |
| 2.2.2 DNA甲基化水平计算 | 第43-45页 |
| 2.2.3 最低检测限、最小定量限和回收率的测定 | 第45页 |
| 2.2.4 鸡胚组织DNA甲基化水平测定 | 第45-46页 |
| 2.3 讨论 | 第46-48页 |
| 2.3.1 HPLC法测定DNA甲基化的条件优化及注意事项 | 第46-47页 |
| 2.3.2 鸡胚组织DNA甲基化水平变化规律 | 第47-48页 |
| 2.4 小结 | 第48-49页 |
| 第三章 鸡胚发育过程中特异基因甲基化模式 | 第49-66页 |
| 3.1 材料与方法 | 第49-57页 |
| 3.1.1 主要试剂与仪器 | 第49-51页 |
| 3.1.2 试验动物与样品采集 | 第51页 |
| 3.1.3 特异基因不同位点甲基化水平 | 第51-54页 |
| 3.1.4 相关基因mRNA相对表达量 | 第54-56页 |
| 3.1.5 蛋白表达定量 | 第56-57页 |
| 3.1.6 数据分析 | 第57页 |
| 3.2 结果与分析 | 第57-63页 |
| 3.2.1 TNF-α 与IGF2的甲基化模式 | 第57-61页 |
| 3.2.2 TNF-α、IGF2及DNMTs表达量 | 第61-63页 |
| 3.3 讨论 | 第63-65页 |
| 3.4 小结 | 第65-66页 |
| 第四章 胚期第11天注射维生素C对肉鸡生长性能和免疫功能的影响 | 第66-86页 |
| 4.1 材料与方法 | 第67-72页 |
| 4.1.1 试验设计 | 第67-68页 |
| 4.1.2 样品采集与制备 | 第68-69页 |
| 4.1.3 指标测定 | 第69-72页 |
| 4.1.4 统计分析 | 第72页 |
| 4.2 结果与分析 | 第72-82页 |
| 4.2.1 孵化率 | 第72-73页 |
| 4.2.2 生产性能 | 第73页 |
| 4.2.3 血浆维生素C含量 | 第73-74页 |
| 4.2.4 器官指数 | 第74页 |
| 4.2.5 免疫功能 | 第74-75页 |
| 4.2.6 血浆抗氧化能力 | 第75页 |
| 4.2.7 肠道形态 | 第75-76页 |
| 4.2.8 细胞因子mRNA相对表达量 | 第76-78页 |
| 4.2.9 组蛋白修饰相关基因mRNA相对表达量 | 第78-79页 |
| 4.2.10 SVCTs mRNA相对表达量 | 第79页 |
| 4.2.11 DNMTs mRNA相对表达量 | 第79-80页 |
| 4.2.12 DNA去甲基化相关基因mRNA相对表达量 | 第80-82页 |
| 4.3 讨论 | 第82-85页 |
| 4.4 小结 | 第85-86页 |
| 第五章 胚期第15天注射维生素C对肉鸡生长性能和免疫功能的影响 | 第86-98页 |
| 5.1 材料与方法 | 第86页 |
| 5.1.1 试验设计 | 第86页 |
| 5.1.2 样品采集与制备 | 第86页 |
| 5.1.3 指标测定 | 第86页 |
| 5.1.4 统计分析 | 第86页 |
| 5.2 结果与分析 | 第86-96页 |
| 5.2.1 孵化率 | 第86页 |
| 5.2.2 生产性能 | 第86-87页 |
| 5.2.3 血浆维生素C含量 | 第87页 |
| 5.2.4 器官指数 | 第87-88页 |
| 5.2.5 免疫功能 | 第88-89页 |
| 5.2.6 血浆抗氧化能力 | 第89页 |
| 5.2.7 肠道形态 | 第89-90页 |
| 5.2.8 细胞因子mRNA相对表达量 | 第90-91页 |
| 5.2.9 组蛋白修饰相关基因mRNA相对表达量 | 第91-92页 |
| 5.2.10 SVCTs mRNA相对表达量 | 第92-93页 |
| 5.2.11 DNMTs mRNA相对表达量 | 第93-94页 |
| 5.2.12 DNA去甲基化相关基因mRNA相对表达量 | 第94-96页 |
| 5.3 讨论 | 第96-97页 |
| 5.4 小结 | 第97-98页 |
| 第六章 胚期注射维生素C调控脾脏发育的转录组分析 | 第98-109页 |
| 6.1 材料与方法 | 第98-100页 |
| 6.1.1 试验设计 | 第98页 |
| 6.1.2 样品采集与RNA提取 | 第98页 |
| 6.1.3 测序流程 | 第98页 |
| 6.1.4 分析流程 | 第98-100页 |
| 6.2 结果与分析 | 第100-105页 |
| 6.2.1 RNA质量检测 | 第100页 |
| 6.2.2 测序质量控制与数据产出 | 第100-101页 |
| 6.2.3 序列比对 | 第101页 |
| 6.2.4 DEG数目统计 | 第101页 |
| 6.2.5 DEG功能注释和富集分析 | 第101-105页 |
| 6.3 讨论 | 第105-108页 |
| 6.3.1 RNA-seq数据质量 | 第105页 |
| 6.3.2 DEG与免疫调节 | 第105-106页 |
| 6.3.3 DEG与胚胎发育 | 第106-107页 |
| 6.3.4 DEG与表观遗传学修饰 | 第107页 |
| 6.3.5 Gallus gallus基因组的补充完善 | 第107-108页 |
| 6.4 小结 | 第108-109页 |
| 第七章 胚期注射维生素C调控脾脏发育的全基因组甲基化分析 | 第109-123页 |
| 7.1 材料与方法 | 第109-111页 |
| 7.1.1 试验设计 | 第109页 |
| 7.1.2 样品采集与DNA提取 | 第109页 |
| 7.1.3 测序流程 | 第109-110页 |
| 7.1.4 分析流程 | 第110-111页 |
| 7.2 结果与分析 | 第111-119页 |
| 7.2.1 DNA质量检测 | 第111页 |
| 7.2.2 测序数据统计与评估 | 第111页 |
| 7.2.3 序列比对 | 第111-119页 |
| 7.3 讨论 | 第119-122页 |
| 7.3.1 WGBS数据质量 | 第119-120页 |
| 7.3.2 差异甲基化分析 | 第120页 |
| 7.3.3 DMG与相关生物调控 | 第120-122页 |
| 7.4 小结 | 第122-123页 |
| 第八章 胚期注射维生素C调控脾脏发育的RNA-seq与WGBS组合分析 | 第123-130页 |
| 8.1 材料与方法 | 第123页 |
| 8.1.1 试验材料 | 第123页 |
| 8.1.2 分析流程 | 第123页 |
| 8.2 结果与分析 | 第123-128页 |
| 8.2.1 DMG归类 | 第123页 |
| 8.2.2 DMG与DEG组合分析 | 第123-126页 |
| 8.2.3 共有基因功能分析 | 第126-128页 |
| 8.3 讨论 | 第128-129页 |
| 8.3.1 差异甲基化与基因表达 | 第128页 |
| 8.3.2 DMG与DEG共有基因分布 | 第128-129页 |
| 8.3.3 DMG与DEG共有基因功能分析 | 第129页 |
| 8.4 小结 | 第129-130页 |
| 第九章 总体结论与建议 | 第130-131页 |
| 9.1 本研究的主要结论 | 第130页 |
| 9.2 本研究的创新点 | 第130页 |
| 9.3 有待进一步研究的问题 | 第130-131页 |
| 参考文献 | 第131-148页 |
| 附录 | 第148-157页 |
| 致谢 | 第157-159页 |
| 作者简介 | 第159-160页 |
