| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 第1章 绪论 | 第15-49页 |
| 1.1 课题背景和意义 | 第15-17页 |
| 1.1.1 研究背景 | 第15-16页 |
| 1.1.2 研究的目的与意义 | 第16-17页 |
| 1.2 选择性剪接的相关背景知识 | 第17-33页 |
| 1.2.1 基因表达 | 第18页 |
| 1.2.2 选择性剪接 | 第18-22页 |
| 1.2.3 RNA测序 | 第22-26页 |
| 1.2.4 RNA-Seq数据分析 | 第26-33页 |
| 1.3 研究现状概述 | 第33-46页 |
| 1.3.1 识别外显子跳跃事件的研究现状 | 第36-43页 |
| 1.3.2 识别内含子保留事件的研究现状 | 第43-46页 |
| 1.4 所存在的主要问题 | 第46-47页 |
| 1.5 本文的内容安排 | 第47-49页 |
| 第2章 外显子跳跃事件相关特征分析 | 第49-76页 |
| 2.1 引言 | 第49-50页 |
| 2.2 现有外显子跳跃事件识别方法 | 第50-54页 |
| 2.3 外显子跳跃事件相关特征分析方法的设计 | 第54-64页 |
| 2.3.1 外显子跳跃事件相关特征提取 | 第56-60页 |
| 2.3.2 外显子跳跃事件特征正则化方法 | 第60-61页 |
| 2.3.3 外显子跳跃事件特征重要性评估方法 | 第61-62页 |
| 2.3.4 外显子跳跃事件特征集合的构建 | 第62-64页 |
| 2.4 外显子跳跃事件相关特征分析方法的实验结果与分析 | 第64-74页 |
| 2.4.1 实验数据描述和预处理 | 第64-66页 |
| 2.4.2 参考集的构建 | 第66-68页 |
| 2.4.3 实验设置 | 第68-69页 |
| 2.4.4 外显子跳跃事件相关特征重要性 | 第69-71页 |
| 2.4.5 特征不同正则化表述方式对识别外显子跳跃事件结果的影响 | 第71-74页 |
| 2.5 本章小结 | 第74-76页 |
| 第3章 基于多特征分析的外显子跳跃事件识别方法 | 第76-92页 |
| 3.1 引言 | 第76-78页 |
| 3.2 基于多特征分析的外显子跳跃事件识别方法的设计 | 第78-84页 |
| 3.2.1 外显子跳跃事件相关特征提取和正则化方法 | 第79-81页 |
| 3.2.2 外显子跳跃事件得分的计算方法 | 第81-83页 |
| 3.2.3 外显子跳跃事件识别结果的输出 | 第83-84页 |
| 3.3 基于多特征分析的外显子跳跃事件识别方法的实验结果与分析 | 第84-90页 |
| 3.3.1 实验数据描述和预处理 | 第84页 |
| 3.3.2 基于多特征分析的外显子跳跃事件识别方法的性能分析 | 第84-90页 |
| 3.4 本章小结 | 第90-92页 |
| 第4章 基于联合得分的内含子保留事件识别方法 | 第92-117页 |
| 4.1 引言 | 第92-93页 |
| 4.2 现有的内含子保留事件识别方法 | 第93-96页 |
| 4.3 基于联合得分的内含子保留事件识别方法的设计 | 第96-110页 |
| 4.3.1 内含子保留事件相关特征提取 | 第99-102页 |
| 4.3.2 内含子保留事件相关特征正则化方法 | 第102-105页 |
| 4.3.3 内含子保留事件联合得分的计算方法 | 第105-109页 |
| 4.3.4 内含子保留事件识别结果的输出 | 第109-110页 |
| 4.4 基于联合得分的内含子保留事件识别方法的实验结果与分析 | 第110-116页 |
| 4.4.1 实验数据描述 | 第110-111页 |
| 4.4.2 基于联合得分的内含子保留事件识别方法的性能分析 | 第111-116页 |
| 4.5 本章小结 | 第116-117页 |
| 第5章 基于随机森林的内含子保留事件识别方法 | 第117-130页 |
| 5.1 引言 | 第117页 |
| 5.2 基于随机森林的内含子保留事件识别方法的设计 | 第117-121页 |
| 5.2.1 内含子保留事件相关特征提取 | 第118-120页 |
| 5.2.2 随机森林分类器的构建 | 第120-121页 |
| 5.2.3 内含子保留事件识别结果的输出 | 第121页 |
| 5.3 基于随机森林的内含子保留事件识别方法的实验结果与分析 | 第121-128页 |
| 5.3.1 实验数据描述和预处理 | 第121页 |
| 5.3.2 训练集的构建 | 第121-123页 |
| 5.3.3 基于随机森林的内含子保留事件识别方法的性能分析 | 第123-127页 |
| 5.3.4 内含子保留事件相关特征重要性 | 第127-128页 |
| 5.4 本章小结 | 第128-130页 |
| 结论 | 第130-132页 |
| 参考文献 | 第132-143页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文及其他成果 | 第143-146页 |
| 致谢 | 第146-147页 |
| 个人简历 | 第147页 |
