| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第9-15页 |
| 1.1 蛋白质与配体相互作用的研究意义及内容 | 第10-11页 |
| 1.2 过氧化物酶体增殖物激活受体的研究意义及进展 | 第11-13页 |
| 1.2.1 过氧化物酶体增殖物激活受体简介 | 第11-12页 |
| 1.2.2 过氧化物酶体增殖物激活受体的配基 | 第12页 |
| 1.2.3 过氧化物酶体增殖物激活受体的表达和功能 | 第12-13页 |
| 1.3 本论文主要研究内容 | 第13-15页 |
| 第2章 研究方法 | 第15-23页 |
| 2.1 计算机模拟方法研究进展 | 第15页 |
| 2.2 分子动力学模拟方法 | 第15-22页 |
| 2.2.1 分子动力学模拟的基本原理 | 第16-20页 |
| 2.2.2 分子动力学模拟的基本步骤 | 第20-21页 |
| 2.2.3 常用分子动力学模拟软件简介 | 第21-22页 |
| 2.3 随机加速动力学模拟简介 | 第22页 |
| 2.4 拉伸分子动力学模拟简介 | 第22-23页 |
| 第3章 用随机加速动力学方法研究PPARγ-TBBPA的解离路径 | 第23-31页 |
| 3.1 研究背景 | 第23-24页 |
| 3.2 体系与方法 | 第24-26页 |
| 3.2.1 PPARγ–TBBPA复合物体系准备 | 第24-25页 |
| 3.2.2 分子动力学模拟细节 | 第25-26页 |
| 3.2.3 随机加速动力学模拟 | 第26页 |
| 3.3 结果分析 | 第26-30页 |
| 3.3.1 PPARγ-TBBPA复合物的解离路径 | 第26-29页 |
| 3.3.2 蛋白质固有柔性对PPARγ-TBBPA复合物解离的影响 | 第29-30页 |
| 3.4 本章小结 | 第30-31页 |
| 第4章 PPAR γ与TBBPA的拉伸分子动力学研究 | 第31-41页 |
| 4.1 研究背景 | 第31-32页 |
| 4.2 材料与方法 | 第32-34页 |
| 4.2.1 拉伸分子动力学模拟 | 第32页 |
| 4.2.2 拉伸方向的确定 | 第32-33页 |
| 4.2.3 平均力势的计算 | 第33-34页 |
| 4.3 结果分析 | 第34-39页 |
| 4.3.1PPARγ-TBBPA复合物解离过程的拉力变化 | 第34-36页 |
| 4.3.2 PPARγ-TBBPA复合物解离过程的平均力势 | 第36-38页 |
| 4.3.3H键在PPARγ-TBBPA复合物解离过程中的作用 | 第38-39页 |
| 4.4 本章小结 | 第39-41页 |
| 总结与展望 | 第41-43页 |
| 参考文献 | 第43-49页 |
| 攻读硕士期间发表的学术论文 | 第49-51页 |
| 致谢 | 第51-52页 |
