| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 引言 | 第13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-23页 |
| 1. 瘤胃古细菌多样性概述 | 第13-16页 |
| ·瘤胃微生物的发现 | 第13-15页 |
| ·瘤胃细菌的分类 | 第15页 |
| ·瘤胃古菌的分类 | 第15-16页 |
| 2. 影响瘤胃微生物菌群的因素 | 第16-18页 |
| ·日粮成份对瘤胃微生物多样性的影响 | 第16页 |
| ·品种对瘤胃微生物多样性的影响 | 第16-17页 |
| ·瘤胃液相固相对微生物多样性的影响 | 第17页 |
| ·个体对瘤胃微生物多样性的影响 | 第17页 |
| ·年龄对瘤胃微生物多样性的影响 | 第17-18页 |
| ·其他因素对瘤胃微生物的影响 | 第18页 |
| 3. 传统技术与现代分子生物学技术在瘤胃微生物多样性研究中的应用 | 第18-20页 |
| ·传统培养技术 | 第19页 |
| ·亨盖特厌氧滚管技术 | 第19页 |
| ·最大技术法(MPN) | 第19页 |
| ·现代分子生物学技术 | 第19-20页 |
| ·变性(温度)梯度凝胶电泳 | 第19页 |
| ·基于16S/18S rRNA的核苷酸(基因)探针杂交技术 | 第19-20页 |
| 4. 高通量测序 | 第20-22页 |
| ·高通量测序平台 | 第20-22页 |
| ·Roche GS FLX Titanium System | 第20-21页 |
| ·AB SOLiD system | 第21页 |
| ·Ion PGM测序技术 | 第21页 |
| ·Illumina Genome Analyzer和Hiseq 2000 | 第21-22页 |
| 5. 本研究的目的意义和主要内容 | 第22-23页 |
| ·存在的问题 | 第22页 |
| ·研究的目的与意义 | 第22页 |
| ·主要内容 | 第22-23页 |
| 第二章：实验研究 | 第23-76页 |
| 1. 材料与方法 | 第23-30页 |
| ·材料 | 第23-24页 |
| ·实验动物 | 第23-24页 |
| ·主要试剂和仪器 | 第24页 |
| ·分析软件和基因数据库 | 第24页 |
| ·瘤胃内容物的收集及总DNA提取 | 第24-25页 |
| ·样品的收集 | 第24页 |
| ·瘤胃液总DNA提取 | 第24-25页 |
| ·瘤胃古菌和细菌16S rRNA基因的扩增 | 第25-29页 |
| ·数据分析 | 第29-30页 |
| 2. 结果 | 第30-70页 |
| ·测序结果统计 | 第30-33页 |
| ·物种组成 | 第33-45页 |
| ·门水平的物种组成 | 第33-37页 |
| ·科水平的物种组成 | 第37-41页 |
| ·属水平的物种组成 | 第41-45页 |
| ·Alpha多样性 | 第45-50页 |
| ·Beta分析 | 第50-52页 |
| ·核心菌群 | 第52-70页 |
| ·不同年龄组内的核心菌群 | 第52-68页 |
| ·不同年龄组间的核心菌群 | 第68-70页 |
| 3. 讨论 | 第70-76页 |
| ·物种组成 | 第70-73页 |
| ·Alpha多样性 | 第73-74页 |
| ·Beta分析 | 第74-75页 |
| ·核心菌群 | 第75-76页 |
| 第三章：结论及创新点 | 第76-77页 |
| 1. 结论 | 第76页 |
| 2. 创新点 | 第76页 |
| 3. 进一步的研究 | 第76-77页 |
| 参考文献 | 第77-83页 |
| 致谢 | 第83-84页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第84页 |
