| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-10页 |
| 第1章 绪论 | 第10-21页 |
| ·课题背景 | 第10-11页 |
| ·RNA二级结构预测的意义 | 第10页 |
| ·课题来源 | 第10-11页 |
| ·国内外研究现状 | 第11-15页 |
| ·基于最小自由能的方法 | 第11-13页 |
| ·基于比较序列分析的方法 | 第13-15页 |
| ·目前主要的预测软件比较 | 第15-17页 |
| ·问题的数学描述及本文的主要研究内容 | 第17-20页 |
| ·问题的数学描述 | 第17-19页 |
| ·本文主要研究内容 | 第19-20页 |
| ·本文的组织结构 | 第20-21页 |
| 第2章 基于Hopfield网络的RNA二级结构预测 | 第21-38页 |
| ·Hopfield网络预测RNA二级结构 | 第21-26页 |
| ·改进的Hopfield网络算法预测RNA二级结构 | 第26-30页 |
| ·初始化的改进 | 第26-29页 |
| ·茎区池的修改 | 第29页 |
| ·改进后的流程 | 第29-30页 |
| ·实验结果 | 第30-37页 |
| ·算法评价准则 | 第30-32页 |
| ·Hopfield网络改进前后的预测结果比较及分析 | 第32-34页 |
| ·算法各阶段的预测结果比较及分析 | 第34-37页 |
| ·本章小结 | 第37-38页 |
| 第3章 基于森林表示和遗传算法预测RNA二级结构 | 第38-60页 |
| ·预处理 | 第38-39页 |
| ·遗传算法跳出局部极优 | 第39-42页 |
| ·群体的初始化 | 第39页 |
| ·交叉操作 | 第39-40页 |
| ·变异操作 | 第40-41页 |
| ·选择操作 | 第41-42页 |
| ·后处理 | 第42-51页 |
| ·RNA二级结构的森林表示法 | 第42-47页 |
| ·RNA二级结构比对 | 第47-51页 |
| ·实验结果及分析 | 第51-59页 |
| ·预测tRNA和RNase P的实验结果 | 第52-54页 |
| ·与其它常用软件的性能比较 | 第54-59页 |
| ·本章小结 | 第59-60页 |
| 第4章 RNA二级结构预测原型系统 | 第60-67页 |
| ·引言 | 第60页 |
| ·系统实现所用技术 | 第60页 |
| ·系统功能模块 | 第60-63页 |
| ·数据输入模块 | 第60-62页 |
| ·二级结构预测模块 | 第62页 |
| ·预测结果分析模块 | 第62页 |
| ·预测结果显示和保存模块 | 第62页 |
| ·可视化用户界面模块 | 第62页 |
| ·系统功能模块小结 | 第62-63页 |
| ·数据处理流程 | 第63-64页 |
| ·系统实现的功能 | 第64-66页 |
| ·本章小结 | 第66-67页 |
| 结论 | 第67-69页 |
| 参考文献 | 第69-74页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第74-76页 |
| 致谢 | 第76页 |
